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- PDB-6xmh: Human aldolase A wild type -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xmh
タイトルHuman aldolase A wild type
要素Fructose-bisphosphate aldolase A
キーワードLYASE / rheostat / allosterism
機能・相同性
機能・相同性情報


fructose binding / sperm head / fructose-bisphosphate aldolase / ATP biosynthetic process / fructose-bisphosphate aldolase activity / binding of sperm to zona pellucida / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / Gluconeogenesis / fructose metabolic process / M band ...fructose binding / sperm head / fructose-bisphosphate aldolase / ATP biosynthetic process / fructose-bisphosphate aldolase activity / binding of sperm to zona pellucida / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / Gluconeogenesis / fructose metabolic process / M band / Glycolysis / I band / muscle cell cellular homeostasis / striated muscle contraction / cytoskeletal protein binding / tubulin binding / platelet alpha granule lumen / actin filament organization / glycolytic process / tertiary granule lumen / Platelet degranulation / actin cytoskeleton / regulation of cell shape / actin binding / secretory granule lumen / protein homotetramerization / ficolin-1-rich granule lumen / cadherin binding / Neutrophil degranulation / extracellular space / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / nucleus / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Fructose-bisphosphate aldolase class-I active site / Fructose-bisphosphate aldolase class-I active site. / Fructose-bisphosphate aldolase, class-I / Fructose-bisphosphate aldolase class-I / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Fructose-bisphosphate aldolase A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Meneely, K.M. / Lamb, A.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute on Alcohol Abuse and Alcoholism (NIH/NIAAA)77619 米国
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2022
タイトル: Substitutions at a rheostat position in human aldolase A cause a shift in the conformational population.
著者: Fenton, K.D. / Meneely, K.M. / Wu, T. / Martin, T.A. / Swint-Kruse, L. / Fenton, A.W. / Lamb, A.L.
履歴
登録2020年6月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年1月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fructose-bisphosphate aldolase A
B: Fructose-bisphosphate aldolase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,96513
ポリマ－78,9402
非ポリマー1,02511
水4,089227
1
A: Fructose-bisphosphate aldolase A
B: Fructose-bisphosphate aldolase A
ヘテロ分子

A: Fructose-bisphosphate aldolase A
B: Fructose-bisphosphate aldolase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,92926
ポリマ－157,8804
非ポリマー2,04922
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_445-x-1,-y-1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)161.885, 161.885, 168.128
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
Space group name HallP642(x,y,z+1/6)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+2/3
#3: y,-x+y,z+1/3
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+2/3
#8: -x,-y,z
#9: y,x,-z+1/3
#10: -y,-x,-z+1/3
#11: -x+y,y,-z
#12: x,x-y,-z+2/3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-592-

HOH

21A-608-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Fructose-bisphosphate aldolase A / Lung cancer antigen NY-LU-1 / Muscle-type aldolase


分子量: 39469.980 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ALDOA, ALDA / プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04075, fructose-bisphosphate aldolase
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 227 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.03 Å3/Da
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.75
詳細: 10% (w/v) PEG 8,000, 18% (v/v) glycerol, 0.04 M potassium phosphate, pH 5.75

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月12日
放射モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→140.2 Å / Num. obs: 549062 / % possible obs: 93.8 % / 冗長度: 9.7 % / Biso Wilson estimate: 34.86 Å2 / Rpim(I) all: 0.046 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 1.95→2.2 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 2830 / Rpim(I) all: 0.356

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC1.16_3549精密化
PHENIX1.16_3549精密化
autoPROCデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ALD

1ald


解像度: 1.95→40.85 Å / SU ML: 0.2805 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 42.4293
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2861 2803 4.95 %
Rwork0.2386 53769 -
obs0.241 56572 60.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 39.93 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→40.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5379 0 62 227 5668
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01595529
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.54287479
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0643846
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0088963
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.85852049
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.95-1.990.343930.23688X-RAY DIFFRACTION1.99
1.99-2.020.3238140.3581258X-RAY DIFFRACTION5.93
2.02-2.060.4164190.349417X-RAY DIFFRACTION9.41
2.06-2.10.3349250.3795394X-RAY DIFFRACTION9.09
2.1-2.150.368340.3333689X-RAY DIFFRACTION15.71
2.15-2.20.366470.3557905X-RAY DIFFRACTION20.57
2.2-2.250.3274430.3668954X-RAY DIFFRACTION21.5
2.25-2.320.3475790.34771353X-RAY DIFFRACTION30.94
2.32-2.380.3763790.33871844X-RAY DIFFRACTION41.27
2.38-2.460.37331570.34212790X-RAY DIFFRACTION63.44
2.46-2.550.38982140.34313907X-RAY DIFFRACTION88.57
2.55-2.650.35072500.33464388X-RAY DIFFRACTION99.02
2.65-2.770.36831790.33234078X-RAY DIFFRACTION91.08
2.77-2.920.36822350.30424456X-RAY DIFFRACTION99.91
2.92-3.10.31272480.28254439X-RAY DIFFRACTION99.98
3.1-3.340.32562310.25074504X-RAY DIFFRACTION100
3.34-3.680.29392020.2234397X-RAY DIFFRACTION96.92
3.68-4.210.24232650.18354490X-RAY DIFFRACTION99.94
4.21-5.30.20882230.16484618X-RAY DIFFRACTION99.9
5.3-40.850.22892560.19444800X-RAY DIFFRACTION99.43

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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