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- PDB-6xma: Crystal structure of iron-bound LSD4 from Sphingobium sp. strain SYK-6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xma
タイトルCrystal structure of iron-bound LSD4 from Sphingobium sp. strain SYK-6
要素Dioxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / lignostilbene dioxygenase / carotenoid cleavage dioxygenase / non-heme iron oxygenase / bacterial aromatic catabolism
機能・相同性酸化還元酵素; 分子状酸素を取り込み一電子供与する; オキシゲナーゼ類; 2分子の酸素を取り込む / Carotenoid oxygenase / Retinal pigment epithelial membrane protein / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen, incorporation of two atoms of oxygen / metal ion binding / : / Dioxygenase
機能・相同性情報
生物種Sphingobium sp.
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Kuatsjah, E. / Chan, A.C. / Katahira, R. / Beckham, G.T. / Murphy, M.E. / Eltis, L.D.
資金援助 カナダ, 2件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)04802 カナダ
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)171359 カナダ
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Structural and functional analysis of lignostilbene dioxygenases from Sphingobium sp. SYK-6.
著者: Kuatsjah, E. / Chan, A.C.K. / Katahira, R. / Haugen, S.J. / Beckham, G.T. / Murphy, M.E.P. / Eltis, L.D.
履歴
登録2020年6月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22021年7月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,1263
ポリマ－54,9741
非ポリマー1522
水15,763875
1
A: Dioxygenase
ヘテロ分子

A: Dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,2526
ポリマ－109,9482
非ポリマー3044
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)86.030, 112.527, 115.384
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-705-

HOH

21A-1337-

HOH

31A-1446-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Dioxygenase / / LSD4


分子量: 54974.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sphingobium sp. (strain NBRC 103272 / SYK-6) (バクテリア)
株: NBRC 103272 / SYK-6 / 遺伝子: SLG_12860 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: G2IQT9, 酸化還元酵素; 分子状酸素を取り込み一電子供与する; オキシゲナーゼ類; 2分子の酸素を取り込む
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION / 鉄


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 875 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.57 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.4 M magnesium acetate and 28% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2019年6月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→50 Å / Num. obs: 190316 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 16.1 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.113 / Χ2: 1.02 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.45-1.484.20.55847520.8290.2910.6330.73397.3
1.48-1.57.50.53348880.9240.2040.5720.72499.9
1.5-1.5310.60.50349000.9560.1610.5290.777100
1.53-1.5611.30.43449020.9710.1350.4550.747100
1.56-1.611.80.40349400.9760.1220.4210.769100
1.6-1.6312.40.34348760.9820.1010.3580.776100
1.63-1.6712.80.31449080.9860.0910.3270.809100
1.67-1.7213.40.28649150.9880.0810.2970.894100
1.72-1.7713.90.24649160.9920.0690.2560.92100
1.77-1.8314.40.21849380.9940.0590.2261.033100
1.83-1.89150.19249180.9950.0510.1981.189100
1.89-1.9715.60.1549270.9960.0390.1551.254100
1.97-2.0616.20.13249330.9960.0340.1361.304100
2.06-2.1716.80.11249520.9970.0280.1151.158100
2.17-2.3180.12249410.9960.0290.1261.23100
2.3-2.4820.10.12749710.9960.0290.1311.136100
2.48-2.73210.11949560.9970.0260.1221.111100
2.73-3.1222.70.10850190.9970.0230.1111.047100
3.12-3.9428.20.11150350.9980.0210.1131.093100
3.94-5033.90.07252030.9990.0120.0730.90499.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14-3260精密化
DENZOデータ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6OJR

6ojr


解像度: 1.45→29.788 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 17.3 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1707 9418 5 %
Rwork0.1492 179097 -
obs0.1503 188515 98.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 82.97 Å2 / Biso mean: 16.9294 Å2 / Biso min: 5.98 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.45→29.788 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3805 0 6 875 4686
Biso mean--24.27 27.91 -
残基数----479
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.45-1.46610.2722690.2732477380
1.4661-1.48330.26612980.2385574794
1.4833-1.50140.22843220.19786087100
1.5014-1.52040.22653200.18066104100
1.5204-1.54040.2243170.17426045100
1.5404-1.56150.18143050.16576053100
1.5615-1.58380.20482970.17146167100
1.5838-1.60750.20293500.16596013100
1.6075-1.63260.17963140.1656114100
1.6326-1.65930.21443060.16336087100
1.6593-1.6880.18573180.16056058100
1.688-1.71860.2133130.16076081100
1.7186-1.75170.19473210.17516062100
1.7517-1.78750.18722890.1666085100
1.7875-1.82630.23143210.1798604699
1.8263-1.86880.19773300.1786598299
1.8688-1.91550.20413010.163600499
1.9155-1.96730.19663070.1521605399
1.9673-2.02520.15943410.1528600199
2.0252-2.09050.14733140.1393598299
2.0905-2.16520.15223420.143600899
2.1652-2.25190.17493430.1344596499
2.2519-2.35430.16232680.1382598698
2.3543-2.47840.15763150.135592697
2.4784-2.63360.16012760.1403591097
2.6336-2.83680.15923390.1403585197
2.8368-3.1220.15393080.1434590697
3.122-3.57310.15862960.1339599799
3.5731-4.49920.11783340.1197600499
4.4992-29.7880.17193440.1445600199
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.11830.2287-0.14970.3575-0.30490.42930.0434-0.02990.01070.0794-0.0805-0.0458-0.11760.0874-0.04760.0953-0.0293-0.00270.09550.00660.094924.680318.9853.1985
20.09040.1358-0.03360.3834-0.1690.3604-0.00320.01510.0146-0.04530.01620.01750.019-0.00290.02410.0594-0.00230.00140.07280.0030.070413.98749.537138.4772
30.14230.1725-0.0450.145-0.1290.2159-0.05150.10770.0066-0.20190.0397-0.01410.0472-0.0073-0.00750.1505-0.010.02230.11940.0150.113920.615317.904819.5098
40.17080.3149-0.07320.2354-0.20560.3763-0.00080.0065-0.045-0.0378-0.0232-0.0809-0.06850.1022-0.00130.0994-0.01120.02480.11520.02110.115930.431523.576129.3565
50.05090.085-0.06370.0762-0.04310.20280.0014-0.0472-0.05740.0143-0.0686-0.0809-0.19270.0947-0.03380.0865-0.05350.00950.11820.0370.131931.660125.457544.4017
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 405 through 489 )A405 - 489
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 2 through 237 )A2 - 237
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 238 through 277 )A238 - 277
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 278 through 358 )A278 - 358
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 359 through 404 )A359 - 404

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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