+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5u8z | |||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Structure of Fe-CAO1 in complex with beta-fluororesveratrol | |||||||||||||||||||||
![]() | Carotenoid oxygenase 1 | |||||||||||||||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / carotenoid cleavage oxygenase beta propeller dioxygenase resveratrol / carotenoid oxygenase | |||||||||||||||||||||
Function / homology | ![]() carotenoid dioxygenase activity / 9-cis-epoxycarotenoid dioxygenase activity / carotene catabolic process / Oxidoreductases; Acting on single donors with incorporation of molecular oxygen (oxygenases); With incorporation of two atoms of oxygen / metal ion binding Similarity search - Function | |||||||||||||||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
![]() | Sui, X. / Palczewski, K. / Kiser, P.D. | |||||||||||||||||||||
Funding support | ![]()
| |||||||||||||||||||||
![]() | ![]() Title: Structure and Spectroscopy of Alkene-Cleaving Dioxygenases Containing an Atypically Coordinated Non-Heme Iron Center. Authors: Sui, X. / Weitz, A.C. / Farquhar, E.R. / Badiee, M. / Banerjee, S. / von Lintig, J. / Tochtrop, G.P. / Palczewski, K. / Hendrich, M.P. / Kiser, P.D. | |||||||||||||||||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 440.8 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 353.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 471.7 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 480.2 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 83.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 124.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5u8xSC ![]() 5u8yC ![]() 5u90C ![]() 5u97C C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / Refine code: _
NCS ensembles :
|
-
Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 59497.934 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC 24698 / 74-OR23-1A / CBS 708.71 / DSM 1257 / FGSC 987 Gene: cao-1, NCU07008 / Production host: ![]() ![]() |
---|
-Non-polymers , 5 types, 1602 molecules ![](data/chem/img/FE2.gif)
![](data/chem/img/83D.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/83D.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-FE2 / #3: Chemical | ChemComp-83D / #4: Chemical | ChemComp-CL / #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.78 Å3/Da / Density % sol: 55.72 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 281 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: Sodium polyacrylate/HEPES pH 6.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Jun 1, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97946 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→49.28 Å / Num. obs: 205626 / % possible obs: 97.7 % / Redundancy: 9.7 % / Rmerge(I) obs: 0.17 / Net I/σ(I): 11.9 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→2.01 Å / Redundancy: 8.8 % / Rmerge(I) obs: 2.1 / Mean I/σ(I) obs: 0.96 / % possible all: 88.5 |
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5U8X Resolution: 1.9→49.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 4.338 / SU ML: 0.114 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.133 / ESU R Free: 0.125 / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.7 Å / Shrinkage radii: 0.7 Å / VDW probe radii: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 35.403 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 1.9→49.28 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
|