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万見
- PDB-6xlr: The 1.23 Angstrom crystal structure of galactose oxidase variant ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xlr
タイトルThe 1.23 Angstrom crystal structure of galactose oxidase variant with genetically incorporated Cl2-Tyr272
要素Galactose oxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Cys-Tyr cofactor
機能・相同性
機能・相同性情報


galactose oxidase / galactose oxidase activity / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Galactose oxidase-like, Early set domain / Galactose oxidase, central domain superfamily / Galactose oxidase-like, Early set domain / Galactose oxidase/kelch, beta-propeller / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain, discoidin domain / Kelch / Kelch repeat type 1 / Kelch motif / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / F5/8 type C domain ...Galactose oxidase-like, Early set domain / Galactose oxidase, central domain superfamily / Galactose oxidase-like, Early set domain / Galactose oxidase/kelch, beta-propeller / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain, discoidin domain / Kelch / Kelch repeat type 1 / Kelch motif / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Galactose-binding-like domain superfamily / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / COPPER (II) ION / Galactose oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Gibberella zeae (ムギノアカカビ病菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.23 Å
データ登録者Liu, A. / Li, J.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM108988 米国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-1808637 米国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2020
タイトル: Formation of Monofluorinated Radical Cofactor in Galactose Oxidase through Copper-Mediated C-F Bond Scission.
著者: Li, J. / Davis, I. / Griffith, W.P. / Liu, A.
履歴
登録2020年6月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Galactose oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,31819
ポリマ－69,8731
非ポリマー1,44518
水14,520806
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, MONOMER
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.204, 88.977, 85.967
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 117.910, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1236-

HOH

21A-1846-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Galactose oxidase / GOase


分子量: 69872.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Gibberella zeae (ムギノアカカビ病菌)
遺伝子: GAOA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0CS93, galactose oxidase

-
非ポリマー , 5種, 824分子

#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 806 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.274 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 10% PEG 6000, 0.1 M CaCl2, 5% glycerol, 10 mM N-Acetylglucosamine and 50 mM acetic acid

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97919 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2019年8月14日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.23→50 Å / Num. obs: 186045 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 12.38 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.092 / Χ2: 1.047 / Net I/σ(I): 6.7 / Num. measured all: 904404
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.23-1.264.20.489123960.7930.2730.5630.36999.9
1.26-1.294.80.439124470.8540.2240.4940.418100
1.29-1.324.90.388123570.880.1960.4370.48100
1.32-1.364.90.331124090.9010.1680.3730.552100
1.36-1.414.90.284124150.9250.1430.3190.644100
1.41-1.464.90.244124010.9350.1230.2740.731100
1.46-1.524.90.205123830.9540.1030.230.896100
1.52-1.594.90.175124510.9640.0880.1961.003100
1.59-1.6750.149124450.970.0760.1681.152100
1.67-1.7750.127124250.980.0640.1431.299100
1.77-1.9150.113124140.9810.0570.1261.602100
1.91-2.150.102124530.9820.0510.1142.044100
2.1-2.4150.089124720.9860.0450.12.075100
2.41-3.034.90.06124830.9940.0310.0671.205100
3.03-504.70.05120940.9910.0270.0571.00695.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1GOG

1gog


解像度: 1.23→31.587 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 16.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1715 2000 1.08 %
Rwork0.155 184037 -
obs0.1552 186037 99.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 85.77 Å2 / Biso mean: 20.3809 Å2 / Biso min: 7.81 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.23→31.587 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4833 0 90 806 5729
Biso mean--40.68 33.69 -
残基数----639
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075142
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1637018
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047754
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007923
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.4861847
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.2303-1.2610.23611420.2461306099
1.261-1.29510.2471430.213713137100
1.2951-1.33320.21491430.201113113100
1.3332-1.37630.211430.185313209100
1.3763-1.42550.19211430.175713138100
1.4255-1.48250.17411430.164713145100
1.4825-1.550.14881420.157413153100
1.55-1.63170.16181430.15213188100
1.6317-1.7340.17721440.150213233100
1.734-1.86780.16011430.149813156100
1.8678-2.05580.1581440.147413221100
2.0558-2.35310.15331430.148213200100
2.3531-2.96440.18251450.151913236100
2.9644-31.5870.16371390.14241284896
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -35.7203 Å / Origin y: -8.0826 Å / Origin z: 20.2401 Å
111213212223313233
T0.0845 Å20.0184 Å2-0.0011 Å2-0.0793 Å20.0019 Å2--0.0843 Å2
L0.4145 °2-0.0883 °2-0.134 °2-0.5709 °20.0287 °2--0.845 °2
S0.008 Å °0.0397 Å °-0.0174 Å °-0.1011 Å °-0.0186 Å °-0.0476 Å °0.0398 Å °0.078 Å °-0.0005 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 1002
2X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 2014

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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