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Yorodumi- PDB-6xlr: The 1.23 Angstrom crystal structure of galactose oxidase variant ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6xlr | |||||||||
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Title | The 1.23 Angstrom crystal structure of galactose oxidase variant with genetically incorporated Cl2-Tyr272 | |||||||||
Components | Galactose oxidase | |||||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / Cys-Tyr cofactor | |||||||||
Function / homology | Function and homology information galactose oxidase / galactose oxidase activity / extracellular region / metal ion binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Gibberella zeae (fungus) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.23 Å | |||||||||
Authors | Liu, A. / Li, J. | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: J.Am.Chem.Soc. / Year: 2020 Title: Formation of Monofluorinated Radical Cofactor in Galactose Oxidase through Copper-Mediated C-F Bond Scission. Authors: Li, J. / Davis, I. / Griffith, W.P. / Liu, A. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6xlr.cif.gz | 298.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6xlr.ent.gz | 237 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6xlr.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6xlr_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6xlr_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | 6xlr_validation.xml.gz | 33.4 KB | Display | |
Data in CIF | 6xlr_validation.cif.gz | 52.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xl/6xlr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xl/6xlr | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6xlsC 6xltC 1gogS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 69872.812 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Gibberella zeae (fungus) / Gene: GAOA / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P0CS93, galactose oxidase |
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-Non-polymers , 5 types, 824 molecules
#2: Chemical | ChemComp-CU / | ||||
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#3: Chemical | ChemComp-CA / | ||||
#4: Chemical | ChemComp-ACT / #5: Chemical | ChemComp-GOL / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.274 Å3/Da / Density % sol: 46 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 Details: 10% PEG 6000, 0.1 M CaCl2, 5% glycerol, 10 mM N-Acetylglucosamine and 50 mM acetic acid |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-BM / Wavelength: 0.97919 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210r / Detector: CCD / Date: Aug 14, 2019 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: double crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97919 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.23→50 Å / Num. obs: 186045 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 12.38 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.092 / Χ2: 1.047 / Net I/σ(I): 6.7 / Num. measured all: 904404 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1GOG Resolution: 1.23→31.587 Å / SU ML: 0.11 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / Phase error: 16.01 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 85.77 Å2 / Biso mean: 20.3809 Å2 / Biso min: 7.81 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.23→31.587 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: -35.7203 Å / Origin y: -8.0826 Å / Origin z: 20.2401 Å
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Refinement TLS group |
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