PDB-6xl7: Structure of a mosquito complement inhibitor from Anopheles freeborni

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6xl7

タイトル

Structure of a mosquito complement inhibitor from Anopheles freeborni

要素

SG7.AF

キーワード

PROTEIN BINDING / Inhibitor / complement / alternative pathway / C3bBb

生物種

Anopheles freeborni (カ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.42 Å

データ登録者

Andersen, J.F. / Strayer, E.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Salivary complement inhibitors from mosquitoes: Structure and mechanism of action.
著者: Strayer, E.C. / Lu, S. / Ribeiro, J. / Andersen, J.F.

履歴

登録	2020年6月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年5月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年7月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年4月3日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6xl7.cif.gz	71 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6xl7.ent.gz	50.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6xl7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6xl7_validation.pdf.gz	432.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6xl7_full_validation.pdf.gz	432.8 KB	表示
XML形式データ	6xl7_validation.xml.gz	9.4 KB	表示
CIF形式データ	6xl7_validation.cif.gz	13.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xl/6xl7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xl/6xl7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6xkeC 6xmbC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2qyw-d 2rpb-d 1yvi-2 7jrq-d 2o90-d 1rsd-d 3bfw-2 2q4f-1 1wn0-3 1or2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: SG7.AF

ヘテロ分子

14.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.980, 85.980, 46.080
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-310- HOH
2	1	A-315- HOH
3	1	A-511- HOH

#1: タンパク質	SG7.AF 分子量: 13843.864 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Anopheles freeborni (カ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 222 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.01 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 1.8 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris HCl

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月20日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.42→31.43 Å / Num. obs: 32895 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 12.925 % / B_iso Wilson estimate: 21.644 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.051 / R_rim(I) all: 0.054 / Χ²: 1.044 / Net I/σ(I): 31.38 / Num. measured all: 425154 / Scaling rejects: 102

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.42-1.46	4.501	0.222	5.34	9655	2421	2145	0.952	0.25	88.6
1.46-1.5	11.375	0.195	10.89	26776	2355	2354	0.99	0.204	100
1.5-1.54	13.605	0.161	14.63	31088	2285	2285	0.994	0.167	100
1.54-1.59	13.557	0.137	17.01	30002	2213	2213	0.995	0.142	100
1.59-1.64	13.487	0.114	20.44	29212	2166	2166	0.996	0.119	100
1.64-1.7	13.4	0.098	23.2	27845	2078	2078	0.997	0.102	100
1.7-1.76	13.659	0.089	25.61	27632	2023	2023	0.998	0.093	100
1.76-1.83	14.007	0.079	29.68	27384	1955	1955	0.998	0.082	100
1.83-1.91	14.178	0.069	33.81	26768	1888	1888	0.999	0.071	100
1.91-2.01	14.123	0.06	38.81	25153	1781	1781	0.999	0.063	100
2.01-2.12	14.038	0.055	42.09	23935	1705	1705	0.999	0.057	100
2.12-2.25	13.956	0.05	45.92	22609	1620	1620	0.999	0.052	100
2.25-2.4	13.861	0.047	47.93	21207	1530	1530	0.999	0.048	100
2.4-2.59	13.846	0.046	49.28	19869	1435	1435	0.999	0.048	100
2.59-2.84	13.864	0.043	50.35	18231	1315	1315	0.999	0.044	100
2.84-3.18	13.724	0.043	52.23	16757	1221	1221	0.999	0.044	100
3.18-3.67	13.541	0.041	53.93	14462	1068	1068	0.998	0.043	100
3.67-4.49	13.239	0.047	54.51	12405	937	937	0.999	0.049	100
4.49-6.35	12.832	0.048	52.86	9419	734	734	0.998	0.05	100
6.35-31.43	10.735	0.058	48.06	4745	443	442	0.997	0.062	99.8

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3 Å	40.61 Å
Translation	3 Å	40.61 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.7.17	位相決定
PHENIX	1.18.2	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: albicin

解像度: 1.42→31.43 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.51 / 位相誤差: 17.44 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1932	1598	4.89 %
R_work	0.1792	31065	-
obs	0.1798	32663	98.47 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 59.27 Å² / B_iso mean: 20.3324 Å² / B_iso min: 6.24 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.42→31.43 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	970	0	21	222	1213
B_iso mean	-	-	39.68	31.54	-
残基数	-	-	-	-	119

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	1052
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.855	1427
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	26.267	407
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.077	157
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	178

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.42-1.47	0.2375	143	0.2178	2433	2576	87
1.47-1.52	0.1945	141	0.1872	2762	2903	98
1.52-1.58	0.1933	148	0.1796	2804	2952	99
1.58-1.65	0.2102	148	0.1799	2809	2957	99
1.65-1.74	0.2225	132	0.1803	2825	2957	100
1.74-1.85	0.2179	145	0.1899	2835	2980	100
1.85-1.99	0.2036	163	0.1787	2835	2998	100
1.99-2.19	0.2004	144	0.1697	2859	3003	100
2.19-2.51	0.1766	156	0.164	2883	3039	100
2.51-3.16	0.1675	134	0.1839	2932	3066	100
3.16-31.43	0.1935	144	0.1804	3088	3232	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 27.3719 Å / Origin y: 0.9709 Å / Origin z: 53.6677 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0865 Å²	0.0121 Å²	-0.0022 Å²	-	0.0791 Å²	0.0051 Å²	-	-	0.0678 Å²
L	0.4778 °²	0.4736 °²	-0.0843 °²	-	4.7739 °²	0.6918 °²	-	-	0.6024 °²
S	-0.0176 Å °	-0.0223 Å °	-0.041 Å °	0.1196 Å °	0.0425 Å °	-0.1155 Å °	0.0502 Å °	-0.0147 Å °	-0.0174 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: (chain 'A' and resid 1 through 119)

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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