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- PDB-6xkd: Structure of ligand-bound mouse cGAMP hydrolase ENPP1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xkd
タイトルStructure of ligand-bound mouse cGAMP hydrolase ENPP1
要素Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 1
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / hydrolase / inhibitor / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, acting on ester bonds / scavenger receptor activity / polysaccharide binding / nucleic acid binding / immune response / extracellular region / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Somatomedin B domain, chordata / Somatomedin B -like domains / Somatomedin B domain / Somatomedin B-like domain superfamily / Somatomedin B domain / Somatomedin B domain (SMB) signature. / Somatomedin B (SMB) domain profile. / Type I phosphodiesterase/nucleotide pyrophosphatase/phosphate transferase / Type I phosphodiesterase / nucleotide pyrophosphatase / Extracellular Endonuclease, subunit A ...Somatomedin B domain, chordata / Somatomedin B -like domains / Somatomedin B domain / Somatomedin B-like domain superfamily / Somatomedin B domain / Somatomedin B domain (SMB) signature. / Somatomedin B (SMB) domain profile. / Type I phosphodiesterase/nucleotide pyrophosphatase/phosphate transferase / Type I phosphodiesterase / nucleotide pyrophosphatase / Extracellular Endonuclease, subunit A / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease superfamily / His-Me finger superfamily / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-IJE / Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Fernandez, D. / Li, L.
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2020
タイトル: Structure-Aided Development of Small-Molecule Inhibitors of ENPP1, the Extracellular Phosphodiesterase of the Immunotransmitter cGAMP.
著者: Carozza, J.A. / Brown, J.A. / Bohnert, V. / Fernandez, D. / AlSaif, Y. / Mardjuki, R.E. / Smith, M. / Li, L.
履歴
登録2020年6月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 1
B: Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)191,81914
ポリマ－189,1202
非ポリマー2,69812
水57632
1
A: Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,3399
ポリマ－94,5601
非ポリマー1,7798
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,4805
ポリマ－94,5601
非ポリマー9204
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.350, 102.350, 172.891
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 1


分子量: 94560.203 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Enpp1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: G3X9S2

-
糖 , 2種, 4分子

#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 5種, 40分子

#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物 ChemComp-IJE / {2-[1-(6,7-dimethoxyquinazolin-4-yl)piperidin-4-yl]ethyl}phosphonic acid


分子量: 381.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H24N3O5P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細The authors state that the zinc-binding group and hydrophobic core of the inhibitor have weak ...The authors state that the zinc-binding group and hydrophobic core of the inhibitor have weak density in the binding pocket of ENPP1. The piperidinyl linker moiety shows very weak density apparently because of high flexibility of the hydrocarbon and it being exposed to the solvent. In polypeptide chain A the inhibitor was modeled with 0.5 occupancy. Trace of inhibitor in the electron density appears to be present in polypeptide B chain but the density is very weak and the inhibitor wasn't modeled there.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.51 % / 解説: Needle
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: PEG 600, sodium acetate, magnesium acetate, polyvinylpyrrolidone

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97741 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97741 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→88.638 Å / Num. all: 30691 / Num. obs: 30691 / % possible obs: 91.8 % / 冗長度: 2.1 % / Rpim(I) all: 0.124 / Rrim(I) all: 0.204 / Rsym value: 0.16 / Net I/av σ(I): 3.8 / Net I/σ(I): 5.4 / Num. measured all: 65417
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
3.2-3.372.10.7230.8906143930.5730.9270.7231.890.6
3.37-3.582.10.4411.4905442640.3390.560.4412.692
3.58-3.822.20.292.1877140410.2230.3680.293.892.8
3.82-4.132.20.1973.3807837160.1510.250.197591.8
4.13-4.532.10.1215.4692033730.0940.1540.1216.491.1
4.53-5.062.20.1016.5673531070.0780.1280.1017.592
5.06-5.842.20.16.6610627530.0750.1250.17.493.5
5.84-7.162.10.0867.4467422760.0680.1110.0867.990.3
7.16-10.122.20.0747.9398318140.0580.0950.07410.193.5
10.12-86.4462.10.0678.620359540.0520.0860.06711.189.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4gtw

4gtw


解像度: 3.2→30.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.848 / SU B: 28.054 / SU ML: 0.457 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.56 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2733 1518 5 %RANDOM
Rwork0.2014 ---
obs0.205 29094 91.66 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 138.87 Å2 / Biso mean: 63.997 Å2 / Biso min: 19.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.25 Å20.63 Å20 Å2
2--1.25 Å20 Å2
3----4.07 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.2→30.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10682 0 161 32 10875
Biso mean--84.25 36.44 -
残基数----1360
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.01911186
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4051.98115278
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4251345
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.00223.875480
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.987151674
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.8831543
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.21700
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0218498
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.282 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.37 111 -
Rwork0.296 2081 -
all-2192 -
obs--90.54 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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