PDB-6xk1: Biuret Hydrolase (BiuH) from Rhodococcus sp. Mel C169S Apo form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6xk1

タイトル

Biuret Hydrolase (BiuH) from Rhodococcus sp. Mel C169S Apo form

要素

Biuret hydrolase

キーワード

HYDROLASE / TrtA / BiuH / triuret / biuret / cysteine hydrolase / nitrogen

機能・相同性

: / Isochorismatase-like / Isochorismatase-like superfamily / Isochorismatase domain / hydrolase activity / Biuret hydrolase

機能・相同性情報

生物種

Rhodococcus sp. Mel (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Tassoulas, L.T. / Elias, M.H. / Wackett, L.P.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
United States Department of Agriculture (USDA)	2019-67019-29403	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	5T32GM008347-28	米国

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Discovery of an ultraspecific triuret hydrolase (TrtA) establishes the triuret biodegradation pathway.
著者: Tassoulas, L.J. / Elias, M.H. / Wackett, L.P.

履歴

登録	2020年6月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年11月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年7月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6xk1.cif.gz	194 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6xk1.ent.gz	147.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6xk1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6xk1_validation.pdf.gz	441.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6xk1_full_validation.pdf.gz	446.3 KB	表示
XML形式データ	6xk1_validation.xml.gz	36.5 KB	表示
CIF形式データ	6xk1_validation.cif.gz	53.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xk/6xk1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xk/6xk1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6xixC 6xj4C 6xjeC 6xjmSC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6xjm-d 6azq-2 3ikl-d 6azn-1 3ml1-d 6azs-d 7c67-d 7c64-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Biuret hydrolase

B: Biuret hydrolase

C: Biuret hydrolase

D: Biuret hydrolase

104 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, dimer of dimers

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.100, 104.400, 135.300
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	Chains AAA BBB
2	1	Chains AAA CCC
3	1	Chains AAA DDD
4	1	Chains BBB CCC
5	1	Chains BBB DDD
6	1	Chains CCC DDD

#1: タンパク質	Biuret hydrolase / cysteine hydrolase 分子量: 26044.336 Da / 分子数: 4 / 変異: C169S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhodococcus sp. Mel (バクテリア) 遺伝子: biuH / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: H8ZKV9
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 509 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.39 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 1uL 10mg/mL protein + 1uL 18% w/v PEG3350, 0.2M MgCl2, 1mM triuret pH 5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.99184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月15日
放射	モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→82.66 Å / Num. obs: 186186 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.85 % / R_merge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 11.55
反射シェル	解像度: 1.7→1.8 Å / 冗長度: 3.77 % / R_merge(I) obs: 0.501 / Mean I/σ(I) obs: 2.96 / Num. unique obs: 29499 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS	BUILT=20200131	データ削減
XSCALE	BUILT=20200131	データスケーリング
MOLREP	11	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6XJM

6xjm

解像度: 1.7→56.837 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / WR_factor R_free: 0.21 / WR_factor R_work: 0.185 / SU B: 2.108 / SU ML: 0.069 / Average fsc free: 0.9342 / Average fsc work: 0.9422 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.109 / ESU R Free: 0.102 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2079	4864	5 %
R_work	0.1844	92409	-
all	0.186	-	-
obs	-	97273	99.858 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.828 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.838 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.422 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.416 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→56.837 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6856	0	0	509	7365

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.013	7013
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	6459
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.647	1.645	9562
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.394	1.575	14926
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.989	5	907
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	26.121	20.575	348
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.261	15	1073
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.882	15	60
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	950
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	7985
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1483
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.207	0.2	1170
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.188	0.2	5675
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.149	0.2	3397
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	2684
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.113	0.2	296
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.112	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.178	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.306	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.535	1.893	3640
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.534	1.892	3639
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.106	2.832	4543
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.106	2.833	4544
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.234	2.08	3373
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.234	2.081	3374
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.206	3.041	5019
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.206	3.042	5020
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.064	22.4	7494
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.043	22.241	7411
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.065	0.05	6958
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.062	0.05	6978
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.067	0.05	6989
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.066	0.05	6973
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.072	0.05	6966
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.071	0.05	7029

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.744	0.295	357	0.279	6788	X-RAY DIFFRACTION	99.958
1.744-1.792	0.255	346	0.23	6575	X-RAY DIFFRACTION	100
1.792-1.844	0.24	339	0.215	6436	X-RAY DIFFRACTION	100
1.844-1.901	0.238	328	0.203	6226	X-RAY DIFFRACTION	99.9542
1.901-1.963	0.26	317	0.229	6036	X-RAY DIFFRACTION	99.9371
1.963-2.032	0.236	308	0.189	5844	X-RAY DIFFRACTION	99.9188
2.032-2.108	0.225	297	0.196	5646	X-RAY DIFFRACTION	99.8824
2.108-2.194	0.236	287	0.197	5444	X-RAY DIFFRACTION	99.8084
2.194-2.292	0.241	275	0.199	5236	X-RAY DIFFRACTION	99.7466
2.292-2.404	0.204	262	0.175	4978	X-RAY DIFFRACTION	99.7146
2.404-2.534	0.213	251	0.172	4766	X-RAY DIFFRACTION	99.7217
2.534-2.687	0.224	238	0.182	4517	X-RAY DIFFRACTION	99.7483
2.687-2.872	0.201	224	0.176	4259	X-RAY DIFFRACTION	99.8219
2.872-3.102	0.2	210	0.187	3983	X-RAY DIFFRACTION	99.8096
3.102-3.398	0.196	192	0.185	3654	X-RAY DIFFRACTION	99.8183
3.398-3.798	0.184	176	0.172	3342	X-RAY DIFFRACTION	99.8581
3.798-4.384	0.142	156	0.143	2973	X-RAY DIFFRACTION	99.6814
4.384-5.366	0.146	133	0.147	2529	X-RAY DIFFRACTION	99.85
5.366-7.572	0.215	106	0.181	2003	X-RAY DIFFRACTION	100

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関連情報:EMDBヘッダ

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