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- PDB-6xjz: Crystal structure of a self-alkylating ribozyme - apo form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xjz
タイトルCrystal structure of a self-alkylating ribozyme - apo form
要素
  • Fab HAVx Heavy Chain
  • Fab HAVx Light Chain
  • Self-alkylating ribozyme (58-MER)
キーワードRNA/IMMUNE SYSTEM / Self-alkylating ribozyme / Antibody-assisted RNA crystallography / RNA catalysis / RNA-Immune System complex
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
Aeropyrum pernix (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.488 Å
データ登録者Koirala, D. / Piccirilli, J.A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)R01AI081987 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)R01GM102489 米国
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2022
タイトル: Structural basis for substrate binding and catalysis by a self-alkylating ribozyme.
著者: Krochmal, D. / Shao, Y. / Li, N.S. / DasGupta, S. / Shelke, S.A. / Koirala, D. / Piccirilli, J.A.
履歴
登録2020年6月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年4月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Self-alkylating ribozyme (58-MER)
B: Self-alkylating ribozyme (58-MER)
C: Fab HAVx Heavy Chain
D: Fab HAVx Light Chain
H: Fab HAVx Heavy Chain
L: Fab HAVx Light Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,2276
ポリマ－145,2276
非ポリマー00
水2,738152
1
A: Self-alkylating ribozyme (58-MER)
H: Fab HAVx Heavy Chain
L: Fab HAVx Light Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,6143
ポリマ－72,6143
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5510 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area28890 Å2
手法PISA
2
B: Self-alkylating ribozyme (58-MER)
C: Fab HAVx Heavy Chain
D: Fab HAVx Light Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,6143
ポリマ－72,6143
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5470 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area28670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.505, 82.419, 105.213
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 111.000, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B
12chain C
22chain H
13chain D
23chain L

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain AA1 - 58
211chain BB1 - 58
112chain CC1 - 227
212chain HH1 - 227
113chain DD1 - 212
213chain LL1 - 212

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

#1: RNA鎖 Self-alkylating ribozyme (58-MER)


分子量: 18674.096 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Aeropyrum pernix (古細菌)
#2: 抗体 Fab HAVx Heavy Chain


分子量: 27588.012 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 抗体 Fab HAVx Light Chain


分子量: 26351.588 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 152 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.57 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 / 詳細: 0.1 M ammonium fluoride, 10% PEG3350, pH 6.2

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月9日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.46→162.73 Å / Num. obs: 47938 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 60.3 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.119 / Rpim(I) all: 0.076 / Rrim(I) all: 0.141 / Net I/av σ(I): 6 / Net I/σ(I): 6
反射 シェル解像度: 2.46→2.5 Å / 冗長度: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 4672 / CC1/2: 0.347 / Rpim(I) all: 1.519 / Rrim(I) all: 2.711 / % possible all: 95.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260)精密化
XDSデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6MWN

6mwn


解像度: 2.488→81.695 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.08 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2638 2008 4.19 %
Rwork0.2001 45900 -
obs0.2029 47908 97.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 204.23 Å2 / Biso mean: 75.7485 Å2 / Biso min: 27.87 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.488→81.695 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6664 2474 0 152 9290
Biso mean---59.54 -
残基数----988
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1386X-RAY DIFFRACTION9.309TORSIONAL
12B1386X-RAY DIFFRACTION9.309TORSIONAL
21C2001X-RAY DIFFRACTION9.309TORSIONAL
22H2001X-RAY DIFFRACTION9.309TORSIONAL
31D1982X-RAY DIFFRACTION9.309TORSIONAL
32L1982X-RAY DIFFRACTION9.309TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.488-2.55020.4261120.3423252376
2.5502-2.61920.40381350.3417333799
2.6192-2.69630.39331420.3509330399
2.6963-2.78330.41991600.3025329699
2.7833-2.88280.30061300.2594334199
2.8828-2.99820.31671600.2507331899
2.9982-3.13470.31161450.2288333899
3.1347-3.29990.3071370.2289326697
3.2999-3.50670.30421440.204335299
3.5067-3.77740.27361480.20153349100
3.7774-4.15760.25691510.19293373100
4.1576-4.75910.21711410.1564331098
4.7591-5.99570.22921500.1646337599
5.9957-81.6950.19941530.1617341999
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5125-0.1611-1.34631.14423.27845.74420.2179-0.74190.4846-0.08320.2804-0.0902-0.66510.5219-0.48060.95410.0260.04741.1489-0.27780.7469-20.2685.9950.83
20.7779-1.229-1.06461.13832.20653.0012-0.31620.4707-0.33070.03740.4443-0.06020.90191.1792-0.03611.00840.23640.16421.3614-0.17720.7998-6.849-55.007-33.739
33.66021.5864-0.85491.1878-0.60950.7797-0.11320.1917-0.0231-0.22310.16870.1140.1493-0.3747-0.04970.528-0.0192-0.04060.50410.01960.3639-56.415-46.507-18.814
42.90461.4513-1.05121.4525-0.82841.3834-0.00840.1283-0.16-0.20050.07830.03950.3375-0.1532-0.06290.56210.0027-0.06530.33670.06450.4047-51.741-57.429-5.577
50.845-0.70761.5521.002-1.62222.874-0.07050.0828-0.05540.1290.19850.215-0.1079-0.3095-0.13680.4747-0.00190.06990.53140.0270.5835-47.054-1.559-43.52
61.0018-0.45731.09651.3029-1.41653.054-0.0434-0.0510.16160.08720.03840.1844-0.0978-0.2390.02360.3546-0.04320.00440.3285-0.02010.4687-34.6179.313-50.197
70.18160.0782-0.0676-0.2867-0.08420.4148-0.0323-0.05050.00620.03120.04440.12490.00120.0385-0.01560.44710.00690.01870.29480.00930.3065-35.443-22.244-21.691
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 1:58 )A1 - 58
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND RESID 1:58 )B1 - 58
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN C AND RESID 4:227 )C4 - 227
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN D AND RESID 1:212 )D1 - 212
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN H AND RESID 4:227 )H4 - 227
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN L AND RESID 1:212 )L1 - 212
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID 101:126 ) OR ( CHAIN C AND RESID 301:338 ) OR ( CHAIN B AND RESID 101:110 ) OR ( CHAIN D AND RESID 301:326 ) OR ( CHAIN H AND RESID 301:322 ) OR ( CHAIN L AND RESID 301:330 )A101 - 126
8X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID 101:126 ) OR ( CHAIN C AND RESID 301:338 ) OR ( CHAIN B AND RESID 101:110 ) OR ( CHAIN D AND RESID 301:326 ) OR ( CHAIN H AND RESID 301:322 ) OR ( CHAIN L AND RESID 301:330 )C301 - 338
9X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID 101:126 ) OR ( CHAIN C AND RESID 301:338 ) OR ( CHAIN B AND RESID 101:110 ) OR ( CHAIN D AND RESID 301:326 ) OR ( CHAIN H AND RESID 301:322 ) OR ( CHAIN L AND RESID 301:330 )B101 - 110
10X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID 101:126 ) OR ( CHAIN C AND RESID 301:338 ) OR ( CHAIN B AND RESID 101:110 ) OR ( CHAIN D AND RESID 301:326 ) OR ( CHAIN H AND RESID 301:322 ) OR ( CHAIN L AND RESID 301:330 )D301 - 326
11X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID 101:126 ) OR ( CHAIN C AND RESID 301:338 ) OR ( CHAIN B AND RESID 101:110 ) OR ( CHAIN D AND RESID 301:326 ) OR ( CHAIN H AND RESID 301:322 ) OR ( CHAIN L AND RESID 301:330 )H301 - 322
12X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID 101:126 ) OR ( CHAIN C AND RESID 301:338 ) OR ( CHAIN B AND RESID 101:110 ) OR ( CHAIN D AND RESID 301:326 ) OR ( CHAIN H AND RESID 301:322 ) OR ( CHAIN L AND RESID 301:330 )L301 - 330

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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