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- PDB-6xjq: Crystal structure of a self-alkylating ribozyme - alkylated form ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6xjq | |||||||||
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Title | Crystal structure of a self-alkylating ribozyme - alkylated form with biotinylated epoxide substrate | |||||||||
![]() |
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![]() | RNA/IMMUNE SYSTEM / Self-alkylating ribozyme / Antibody-assisted RNA crystallography / RNA catalysis / RNA-Immune System complex | |||||||||
Function / homology | Chem-V4J / RNA / RNA (> 10)![]() | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Koirala, D. / Piccirilli, J.A. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural basis for substrate binding and catalysis by a self-alkylating ribozyme. Authors: Krochmal, D. / Shao, Y. / Li, N.S. / DasGupta, S. / Shelke, S.A. / Koirala, D. / Piccirilli, J.A. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 495.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 398 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 6xjwC ![]() 6xjyC ![]() 6xjzC ![]() 6mwnS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
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Components
#1: RNA chain | Mass: 18674.096 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() ![]() ![]() #2: Antibody | Mass: 27588.012 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #3: Antibody | Mass: 26351.588 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.59 Å3/Da / Density % sol: 52.6 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.2 / Details: 0.1 M ammonium fluoride, 10% PEG3350, pH 6.2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Mar 22, 2018 |
Radiation | Monochromator: Cryogenically-cooled single crystal Si(220) side bounce Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.708→83.3 Å / Num. obs: 159200 / % possible obs: 99.3 % / Redundancy: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 26.22 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.066 / Net I/av σ(I): 11.2 / Net I/σ(I): 11.2 |
Reflection shell | Resolution: 1.71→1.74 Å / Redundancy: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 1.848 / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 7389 / CC1/2: 0.235 / Rpim(I) all: 1.16 / Rrim(I) all: 2.187 / % possible all: 93.3 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB entry 6MWN Resolution: 1.708→83.3 Å / SU ML: 0.23 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / Phase error: 26.36 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 173.01 Å2 / Biso mean: 45.5685 Å2 / Biso min: 16.96 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.708→83.3 Å
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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