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- PDB-6xjj: Structure of non-heme iron enzyme TropC: Radical tropolone biosyn... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xjj
タイトルStructure of non-heme iron enzyme TropC: Radical tropolone biosynthesis
要素2-oxoglutarate-dependent dioxygenase tropC
キーワードOXIDOREDUCTASE / Tropolone
機能・相同性
機能・相同性情報


small molecule biosynthetic process / 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する / dioxygenase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Non-haem dioxygenase N-terminal domain / non-haem dioxygenase in morphine synthesis N-terminal / Isopenicillin N synthase-like, Fe(2+) 2OG dioxygenase domain / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Isopenicillin N synthase-like superfamily / Oxoglutarate/iron-dependent dioxygenase / Fe(2+) 2-oxoglutarate dioxygenase domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / : / YTTRIUM (III) ION / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase tropC
類似検索 - 構成要素
生物種Talaromyces stipitatus
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Mallik, L. / Doyon, T.J. / Narayan, A.R.H. / Koutmos, M.
引用ジャーナル: Chemrxiv / 年: 2020
タイトル: Radical Tropolone Biosynthesis
著者: Doyon, T.J. / Skinner, K. / Yang, D. / Mallik, L. / Wymore, T. / Koutmos, M. / Zimmerman, P.M. / Narayan, A.
履歴
登録2020年6月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase tropC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,2674
ポリマ－40,0641
非ポリマー2043
水905
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.014, 111.014, 89.889
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase tropC / Tropolone synthesis protein C


分子量: 40063.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Talaromyces stipitatus (strain ATCC 10500 / CBS 375.48 / QM 6759 / NRRL 1006) (菌類)
株: ATCC 10500 / CBS 375.48 / QM 6759 / NRRL 1006 / 遺伝子: tropC, tsR5, TSTA_117800 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: B8M9K5, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-YT3 / YTTRIUM (III) ION


分子量: 88.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Y
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 0.2 M Magnesium acetate, 20% PEG 8000, 0.01 M Yttrium (III) chloride hexahydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月17日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→48.07 Å / Num. obs: 17040 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 64.9 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.085 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 2.7→2.873 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 1.073 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 2288 / CC1/2: 0.766 / Rpim(I) all: 0.72 / Rrim(I) all: 0.035 / Χ2: 1.04 / % possible all: 97.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5C3Q

5c3q


解像度: 2.7→48.07 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2505 796 4.68 %0.25
Rwork0.2103 ---
obs0.2122 17015 94.89 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 64.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→48.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2308 0 6 5 2319
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052375
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.893221
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.9411947
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055345
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008419
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7001-2.86920.3741410.34962717X-RAY DIFFRACTION97
2.8692-3.09070.30871350.28882638X-RAY DIFFRACTION94
3.0907-3.40160.30831020.25282551X-RAY DIFFRACTION90
3.4016-3.89350.26991210.21752783X-RAY DIFFRACTION98
3.8935-4.90420.23821590.18152766X-RAY DIFFRACTION97
4.9042-42.390.21451380.18422764X-RAY DIFFRACTION93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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