+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6xhd | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of Prolinyl-5'-O-adenosine phosphoramidate | ||||||
![]() | Ribonuclease pancreatic | ||||||
![]() | RNA BINDING PROTEIN / RNase A complex / amino acid release / prodrug | ||||||
機能・相同性 | ![]() pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pallan, P.S. / Egli, M. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: The Enzyme-Free Release of Nucleotides from Phosphoramidates Depends Strongly on the Amino Acid. 著者: Jovanovic, D. / Tremmel, P. / Pallan, P.S. / Egli, M. / Richert, C. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 70.9 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 50.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 827.8 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 833.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||||||
2 | ![]()
| ||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13708.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-K / | #3: 化合物 | ChemComp-V2P / ( | #4: 化合物 | ChemComp-MPD / ( | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.01 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 25% PEG 3350, 20 MM SODIUM CITRATE, PH 5.5 Prolinyl-5'-O-adenosine phosphoramidate soaking was achieved as follows. 1 uL of a stock solution of 100 mM ligand was ...詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 25% PEG 3350, 20 MM SODIUM CITRATE, PH 5.5 Prolinyl-5'-O-adenosine phosphoramidate soaking was achieved as follows. 1 uL of a stock solution of 100 mM ligand was added to 2uL of reservoir solution, to achieve a concentration of ~33 mM in the soaking solution. A few RNase A crystals were soaked for 45 - 90 minutes in the soaking solution |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年2月19日 / 詳細: C(111) |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97857 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.51→50 Å / Num. obs: 31473 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rpim(I) all: 0.034 / Net I/σ(I): 25.76 |
反射 シェル | 解像度: 1.51→1.56 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.588 / Mean I/σ(I) obs: 1.38 / Num. unique obs: 2688 / Rpim(I) all: 0.372 / % possible all: 83 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1AFK (using one molecule) 解像度: 1.51→49.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 2.103 / SU ML: 0.073 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.085 / ESU R Free: 0.092 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 110.46 Å2 / Biso mean: 26.492 Å2 / Biso min: 14.4 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.51→49.31 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.512→1.551 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
|