PDB-6xgs: Crystal Structure of Dihydrodipicolinate synthase (DHDPS) from Br...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6xgs

タイトル

Crystal Structure of Dihydrodipicolinate synthase (DHDPS) from Brucella suis 1330

要素

4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / LYASE / SSGCID / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase / Dihydrodipicolinate synthase / Brucella suis / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase activity / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Brucella suis biovar 1 (ブタ流産菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of Dihydrodipicolinate synthase (DHDPS) from Brucella suis 1330
著者: Abendroth, J. / Sankaran, B. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2020年6月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年7月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6xgs.cif.gz	441.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6xgs.ent.gz	359.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6xgs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6xgs_validation.pdf.gz	484.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6xgs_full_validation.pdf.gz	490.4 KB	表示
XML形式データ	6xgs_validation.xml.gz	45.9 KB	表示
CIF形式データ	6xgs_validation.cif.gz	66.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xg/6xgs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xg/6xgs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4i7uS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4i7v-d 4i7w-1 2vc6-1 7loy-2 4i7u-d 7loy-1 2rfg-d 4xky-d 1xxx-2 5j5d-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: BrsuA.01563.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

B: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

C: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

D: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

ヘテロ分子

137 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.650, 86.650, 142.970
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Refine code: _ / Auth seq-ID: 0 - 293 / Label seq-ID: 21 - 314

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	1	B	B
1	2	A	A
2	2	C	C
1	3	A	A
2	3	D	D
1	4	B	B
2	4	C	C
1	5	B	B
2	5	D	D
1	6	C	C
2	6	D	D

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase / HTPA synthase 分子量: 33926.762 Da / 分子数: 4 / 断片: BsuA.01563.a.A1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Brucella suis biovar 1 (ブタ流産菌) 株: 1330 / 遺伝子: dapA, BR0646, BS1330_I0642 / プラスミド: BrsuA.01563.a.A1 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q8G1R0, 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
#2: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 452 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.2 %
結晶化	温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Qiagen JCSG Core-1 screen, f12: 40% (V/V) MPD, 100mM sodium phosphate dibasic / citric acid pH 4.2: BrsuA.01563.a.A1.PW34594; tray 231309f12, cryo, 20%EG, puck atd2-7

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月3日 / 詳細: Si(220)

放射

モノクロメーター: Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9774 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.643
1	1	K, H, -L	2	0.357

反射

解像度: 2.2→43.33 Å / Num. obs: 60445 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4.633 % / B_iso Wilson estimate: 28.674 Å² / CC_1/2: 0.993 / R_merge(I) obs: 0.125 / R_rim(I) all: 0.141 / Χ²: 0.898 / Net I/σ(I): 11.74 / Num. measured all: 280045 / Scaling rejects: 21

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.2-2.26	4.626	0.566	2.64	20552	4524	4443	0.804	0.639	98.2
2.26-2.32	4.726	0.518	2.87	20504	4396	4339	0.843	0.583	98.7
2.32-2.39	4.74	0.416	3.5	20083	4299	4237	0.887	0.469	98.6
2.39-2.46	4.746	0.367	4.02	19441	4151	4096	0.894	0.413	98.7
2.46-2.54	4.728	0.32	4.65	18824	4019	3981	0.922	0.36	99.1
2.54-2.63	4.717	0.262	5.56	18145	3888	3847	0.948	0.295	98.9
2.63-2.73	4.67	0.241	6.15	17416	3768	3729	0.947	0.272	99
2.73-2.84	4.703	0.208	7.14	16884	3623	3590	0.958	0.235	99.1
2.84-2.97	4.678	0.17	8.74	15979	3448	3416	0.972	0.192	99.1
2.97-3.11	4.657	0.132	11.13	15224	3295	3269	0.981	0.149	99.2
3.11-3.28	4.634	0.112	13.19	14566	3158	3143	0.985	0.127	99.5
3.28-3.48	4.519	0.087	16.59	13521	3010	2992	0.991	0.098	99.4
3.48-3.72	4.503	0.07	20.53	12383	2763	2750	0.994	0.08	99.5
3.72-4.02	4.417	0.059	23.58	11493	2612	2602	0.995	0.068	99.6
4.02-4.4	4.47	0.052	27.06	10794	2423	2415	0.995	0.059	99.7
4.4-4.92	4.403	0.048	29.08	9463	2154	2149	0.996	0.054	99.8
4.92-5.68	4.448	0.053	25.56	8442	1905	1898	0.996	0.061	99.6
5.68-6.96	4.6	0.054	26.05	7484	1633	1627	0.995	0.061	99.6
6.96-9.84	4.622	0.035	36.59	5764	1253	1247	0.998	0.04	99.5
9.84-43.33	4.567	0.033	38.95	3083	685	675	0.998	0.037	98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	5.8.0258	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
MoRDa		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 4i7u as per MORDA

4i7u

解像度: 2.2→43.33 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / SU B: 5.443 / SU ML: 0.076 / SU R Cruickshank DPI: 0.0426 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.043 / ESU R Free: 0.031 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.162	1935	3.2 %	RANDOM
R_work	0.1348	-	-	-
obs	0.1357	58503	99.14 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 50.14 Å² / B_iso mean: 20.617 Å² / B_iso min: 8.52 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-21.39 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-21.39 Å²	-0 Å²
3-	-	-	42.78 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.2→43.33 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8786	0	77	452	9315
B_iso mean	-	-	30.36	27.04	-
残基数	-	-	-	-	1176

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	9037
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	8451
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.625	1.639	12283
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.346	1.568	19569
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.723	5	1178
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.24	22.194	433
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.85	15	1464
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.131	15	60
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	1231
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	10269
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1787

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	9178	0.07
1	2	B	9178	0.07
2	1	A	9190	0.07
2	2	C	9190	0.07
3	1	A	9206	0.07
3	2	D	9206	0.07
4	1	B	9207	0.07
4	2	C	9207	0.07
5	1	B	9179	0.08
5	2	D	9179	0.08
6	1	C	9187	0.08
6	2	D	9187	0.08

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.279	148	-
R_work	0.198	4273	-
all	-	4421	-
obs	-	-	98.18 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6648	-0.0213	0.1325	0.4284	0.0032	0.7145	0.0177	0.0784	0.1267	-0.0483	-0.0177	-0.0311	-0.096	0.0475	-0.0001	0.0463	0.0003	0.0047	0.0314	0.0015	0.0362	-5.0924	36.95	-3.8135
2	0.6324	0.0087	0.3008	0.8101	-0.1222	0.5332	0.0503	0.0356	0.0007	-0.0187	-0.0553	-0.0291	-0.0141	0.0962	0.0049	0.0115	0.0079	-0.0029	0.0718	-0.015	0.0065	13.7232	10.3483	4.6684
3	0.7951	-0.1015	0.0742	0.7254	0.1474	0.3046	0.0355	-0.0153	-0.0924	-0.0056	0.0103	0.0665	0.1054	-0.0402	-0.0458	0.0546	-0.0075	-0.0393	0.0361	0.012	0.0503	-17.3507	-7.4052	12.0599
4	0.463	-0.0993	-0.1511	0.7261	-0.1412	0.6029	0.0056	-0.0892	0.0006	0.0681	0.0213	0.0663	-0.0442	-0.0546	-0.0269	0.0123	0.0125	-0.0008	0.0667	0.0004	0.0482	-32.5503	22.4687	15.4121

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 401
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	0 - 501
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	0 - 401
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	0 - 401

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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