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- PDB-6xg4: X-ray structure of Escherichia coli dihydrofolate reductase L28R ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xg4
タイトルX-ray structure of Escherichia coli dihydrofolate reductase L28R mutant in complex with trimethoprim
要素Dihydrofolate reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / DIHYDROFOLATE REDUCTASE / DHFR / MUTANT / COMPLEX / trimethoprim
機能・相同性
機能・相同性情報


methotrexate binding / dihydrofolic acid binding / 10-formyltetrahydrofolate biosynthetic process / response to methotrexate / NADP+ binding / folic acid biosynthetic process / folic acid binding / dihydrofolate metabolic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity ...methotrexate binding / dihydrofolic acid binding / 10-formyltetrahydrofolate biosynthetic process / response to methotrexate / NADP+ binding / folic acid biosynthetic process / folic acid binding / dihydrofolate metabolic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process / NADPH binding / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding / response to xenobiotic stimulus / response to antibiotic / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate reductase conserved site / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain signature. / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain profile. / Dihydrofolate reductase domain / Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate reductase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NDP / TRIMETHOPRIM / Dihydrofolate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Gaszek, I.K. / Manna, M.S. / Borek, D. / Toprak, E.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R21GM126406 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM125748 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: A trimethoprim derivative impedes antibiotic resistance evolution.
著者: Manna, M.S. / Tamer, Y.T. / Gaszek, I. / Poulides, N. / Ahmed, A. / Wang, X. / Toprak, F.C.R. / Woodard, D.R. / Koh, A.Y. / Williams, N.S. / Borek, D. / Atilgan, A.R. / Hulleman, J.D. / ...著者: Manna, M.S. / Tamer, Y.T. / Gaszek, I. / Poulides, N. / Ahmed, A. / Wang, X. / Toprak, F.C.R. / Woodard, D.R. / Koh, A.Y. / Williams, N.S. / Borek, D. / Atilgan, A.R. / Hulleman, J.D. / Atilgan, C. / Tambar, U. / Toprak, E.
履歴
登録2020年6月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0565
ポリマ－18,8921
非ポリマー1,1634
水2,360131
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2450 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area7880 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)61.548, 61.548, 104.661
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-465-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Dihydrofolate reductase


分子量: 18892.260 Da / 分子数: 1 / 変異: L28R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 MG1655 / 遺伝子: folA, tmrA, b0048, JW0047 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P0ABQ4, dihydrofolate reductase

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非ポリマー , 5種, 135分子

#2: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-TOP / TRIMETHOPRIM / トリメトプリム


分子量: 290.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H18N4O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗生剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.39 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate (pH 5.6), 0.15 M ammonium acetate and 17.5% or 20% PEG 4000; 10 mM NADPH, 2 mM TMP was incubated with the L28R variant of DHFR overnight at 293 K
Temp details: RT

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97919 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月12日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 13880 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.3 % / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.076 / Net I/σ(I): 37.5
反射 シェル解像度: 2.1→2.12 Å / 冗長度: 8.8 % / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 334 / CC1/2: 0.672 / CC star: 0.897 / Rpim(I) all: 3.012 / Rrim(I) all: 8.94 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: WT DHFR solved in the same space group

解像度: 2.1→37.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.908 / SU B: 10.763 / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.369 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED. Due to anisotropic lack of completeness, the model was first refined against all data, and the resulting model was ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED. Due to anisotropic lack of completeness, the model was first refined against all data, and the resulting model was refined twenty times in parallel, with each set of refinements using a different test set, until the twenty models converged. The R-free reported is the average of the twenty R-free values.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2779 --FULL CROSS VALIDATION
Rwork0.2493 ---
obs0.2493 9837 70.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 88.96 Å2 / Biso mean: 35.198 Å2 / Biso min: 13.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.11 Å2-0.05 Å20 Å2
2---0.11 Å20 Å2
3---0.35 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→37.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1271 0 76 131 1478
Biso mean--27.52 31.72 -
残基数----159
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0131413
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171274
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4171.6511934
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1121.5832933
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.565164
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.49821.68877
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.53815219
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.3711511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0540.2181
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021601
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02330
LS精密化 シェル解像度: 2.103→2.157 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.339 212 -
obs--21.72 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -11.393 Å / Origin y: 22.809 Å / Origin z: 16.417 Å
111213212223313233
T0.0775 Å2-0.0178 Å2-0.0459 Å2-0.2198 Å2-0.0707 Å2--0.1881 Å2
L2.6213 °2-0.1271 °2-0.4206 °2-2.2049 °2-0.7783 °2--7.7022 °2
S0.2513 Å °0.3186 Å °-0.2622 Å °-0.133 Å °-0.0206 Å °0.1122 Å °0.4726 Å °0.0346 Å °-0.2307 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 159
2X-RAY DIFFRACTION1A301 - 303

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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