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万見
- PDB-6xfl: Structural characterization of the type III secretion system pilo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xfl
タイトルStructural characterization of the type III secretion system pilotin-secretin complex InvH-InvG by NMR spectroscopy
要素
  • Type 3 secretion system pilotin
  • Type 3 secretion system secretin
キーワードPROTEIN TRANSPORT / pilotin / secretin / chaperone / type III secretion
機能・相同性
機能・相同性情報


type III protein secretion system complex / type II protein secretion system complex / protein secretion by the type III secretion system / protein secretion / cell outer membrane / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
InvH outer membrane lipoprotein / InvH outer membrane lipoprotein / : / SPI-1 type 3 secretion system secretin, N0 domain / Type III secretion system outer membrane pore YscC/HrcC / Bacterial type II secretion system protein D signature. / Type II secretion system protein GspD, conserved site / : / NolW-like / NolW-like superfamily ...InvH outer membrane lipoprotein / InvH outer membrane lipoprotein / : / SPI-1 type 3 secretion system secretin, N0 domain / Type III secretion system outer membrane pore YscC/HrcC / Bacterial type II secretion system protein D signature. / Type II secretion system protein GspD, conserved site / : / NolW-like / NolW-like superfamily / Bacterial type II/III secretion system short domain / Type II/III secretion system / Bacterial type II and III secretion system protein / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
SPI-1 type 3 secretion system pilotin / SPI-1 type 3 secretion system secretin
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法溶液NMR / simulated annealing / torsion angle dynamics
データ登録者Majewski, D.D. / Okon, M. / Heinkel, F. / Robb, C.S. / Vuckovic, M. / McIntosh, L.P. / Strynadka, N.C.J.
資金援助 カナダ, 2件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada) カナダ
引用ジャーナル: Structure / 年: 2021
タイトル: Characterization of the Pilotin-Secretin Complex from the Salmonella enterica Type III Secretion System Using Hybrid Structural Methods.
著者: Majewski, D.D. / Okon, M. / Heinkel, F. / Robb, C.S. / Vuckovic, M. / McIntosh, L.P. / Strynadka, N.C.J.
履歴
登録2020年6月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Type 3 secretion system pilotin
B: Type 3 secretion system secretin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7022
ポリマ－14,7022
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1medoid

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要素

#1: タンパク質 Type 3 secretion system pilotin / Invasion lipoprotein invH


分子量: 9453.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌)
株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 遺伝子: invH, sctG, STM2900 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0CL43
#2: タンパク質・ペプチド Type 3 secretion system secretin / T3SS secretin / Protein InvG


分子量: 5248.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌)
株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 遺伝子: sctC, invG, STM2898 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P35672

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
161isotropic13D HNCO
121isotropic13D HN(CA)CB
131isotropic13D CBCA(CO)NH
141isotropic13D HN(CA)CO
151isotropic13D (H)CCH-TOCSY
171isotropic13D HCC(CO)NH-TOCSY
1121isotropic12D 1H-13C HSQC
1111isotropic13D HBHA(CBCACO)NH
1101isotropic13D (HB)CB(CGCD)HD
191isotropic13D (HB)CB(CGCDCE)HE
181isotropic13D hbCBcgcCH
1211isotropic13D 1H-13C NOESY
1201isotropic13D 1H-15N NOESY
1191isotropic13D 1H-13C NOESY filtered-edited
1181isotropic13D 1H-15N NOESY filtered-edited
1172isotropic22D 1H-15N HSQC
1162isotropic23D HNCO
1152isotropic23D HN(CA)CB
1312isotropic23D CBCA(CO)NH
1302isotropic13D HN(CA)CO
1292isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1282isotropic13D HCC(CO)NH-TOCSY
1272isotropic12D 1H-13C HSQC
1262isotropic13D HBHA(CBCACO)NH
1252isotropic13D (HB)CB(CGCD)HD
1242isotropic13D (HB)CB(CGCDCE)HE
1232isotropic13D hbCBcgcCH
1222isotropic23D 1H-13C NOESY aliphatic
1142isotropic23D 1H-13C NOESY aromatic
1132isotropic23D 1H-15N NOESY
1332isotropic13D 1H-13C NOESY filtered-edited
1322isotropic13D 1H-15N NOESY filtered-edited

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution120 mM NA- MOPS, 150 mM NA- sodium chloride, 0.2 mM NA- TCEP, 10 % v/v NA- D2O, 90% H2O/10% D2O13C-15N-InvH, Unlabelled InvG90% H2O/10% D2O
solution220 mM NA- MOPS, 150 mM NA- sodium chloride, 0.2 mM NA- TCEP, 10 % v/v NA- D2O, 90% H2O/10% D2OUnlabelled InvH, C13-N15-InvG90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
20 mMMOPSNA-1
150 mMsodium chlorideNA-1
0.2 mMTCEPNA-1
10 % v/vD2ONA-1
20 mMMOPSNA-2
150 mMsodium chlorideNA-2
0.2 mMTCEPNA-2
10 % v/vD2ONA-2
試料状態イオン強度: 150 mM / Label: conditions_1 / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE5001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8502

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA3.98.13Guntert P.精密化
CYANA3.98.13Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
NMRFAM-SPARKYLee W, Tonelli M, Markley JLchemical shift assignment
NMRFAM-SPARKYLee W, Tonelli M, Markley JLpeak picking
精密化
手法ソフトェア番号
simulated annealing2
torsion angle dynamics1
代表構造選択基準: medoid
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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