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- PDB-6xfk: Crystal structure of the type III secretion system pilotin-secret... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xfk
タイトルCrystal structure of the type III secretion system pilotin-secretin complex InvH-InvG
要素
  • Type 3 secretion system pilotin
  • Type 3 secretion system secretin
キーワードPROTEIN TRANSPORT / pilotin / secretin / chaperone / type III secretion
機能・相同性
機能・相同性情報


type III protein secretion system complex / type II protein secretion system complex / protein secretion by the type III secretion system / protein secretion / cell outer membrane / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
InvH outer membrane lipoprotein / InvH outer membrane lipoprotein / : / SPI-1 type 3 secretion system secretin, N0 domain / Type III secretion system outer membrane pore YscC/HrcC / Bacterial type II secretion system protein D signature. / Type II secretion system protein GspD, conserved site / NolW-like / Bacterial type II/III secretion system short domain / NolW-like superfamily ...InvH outer membrane lipoprotein / InvH outer membrane lipoprotein / : / SPI-1 type 3 secretion system secretin, N0 domain / Type III secretion system outer membrane pore YscC/HrcC / Bacterial type II secretion system protein D signature. / Type II secretion system protein GspD, conserved site / NolW-like / Bacterial type II/III secretion system short domain / NolW-like superfamily / Type II/III secretion system / Bacterial type II and III secretion system protein / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
SPI-1 type 3 secretion system pilotin / SPI-1 type 3 secretion system secretin
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Majewski, D.D. / Okon, M. / Heinkel, F. / Robb, C.S. / Vuckovic, M. / McIntosh, L.P. / Strynadka, N.C.J.
資金援助 カナダ, 2件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada) カナダ
引用ジャーナル: Structure / 年: 2021
タイトル: Characterization of the Pilotin-Secretin Complex from the Salmonella enterica Type III Secretion System Using Hybrid Structural Methods.
著者: Majewski, D.D. / Okon, M. / Heinkel, F. / Robb, C.S. / Vuckovic, M. / McIntosh, L.P. / Strynadka, N.C.J.
履歴
登録2020年6月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Type 3 secretion system pilotin
B: Type 3 secretion system secretin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,3064
ポリマ－10,1142
非ポリマー1922
水1,24369
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1780 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area4870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.313, 36.313, 221.602
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-359-

HOH

21B-605-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Type 3 secretion system pilotin / Invasion lipoprotein invH


分子量: 8090.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌)
株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 遺伝子: invH, sctG, STM2900 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0CL43
#2: タンパク質・ペプチド Type 3 secretion system secretin / T3SS secretin / Protein InvG


分子量: 2023.296 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌)
参照: UniProt: P35672
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.01 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: 0.5 M lithium sulfate, 8.3% PEG 6000, 100 mM sodium acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→36.93 Å / Num. obs: 8226 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 16.5 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 16.8
反射 シェル解像度: 1.85→1.92 Å / Num. unique obs: 788 / CC1/2: 0.908

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6XFJ

6xfj


解像度: 1.85→36.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 6.794 / SU ML: 0.101 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.155 / ESU R Free: 0.14 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2465 420 5.1 %RANDOM
Rwork0.2175 ---
obs0.2189 7768 99.48 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 139.6 Å2 / Biso mean: 43.558 Å2 / Biso min: 27.51 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.5 Å2-0.25 Å20 Å2
2---0.5 Å20 Å2
3---1.63 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.85→36.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数618 0 10 69 697
Biso mean--59.76 64.57 -
残基数----74
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.013650
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.017587
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7661.658876
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4491.5831360
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.247574
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.53822.2540
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.79315120
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.869155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.279
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.02708
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02143
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 27 -
Rwork0.254 544 -
all-571 -
obs--99.65 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.75972.05650.82922.24431.21933.86150.0493-0.2619-0.1060.0709-0.1899-0.08740.2668-0.0510.14070.1230.01570.00260.1429-0.09470.10452.02513.2446.359
23.61542.3308-1.33346.82681.89458.56150.1954-0.41670.18390.5958-0.3940.47540.3848-0.44350.19870.1215-0.02730.00550.1666-0.08840.08040.65315.06913.957
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A84 - 146
2X-RAY DIFFRACTION2B546 - 556

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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