PDB-6xeq: Crystal structure of the tetrameric 6-phosphogluconate dehydrogen...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6xeq

タイトル

Crystal structure of the tetrameric 6-phosphogluconate dehydrogenase from Gluconobacter oxidans

要素

6-phosphogluconate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Dehydrogenase / pentose phosphate pathway / tetramer

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphogluconate dehydrogenase (NAD+-dependent, decarboxylating) / D-gluconate metabolic process / phosphogluconate dehydrogenase (decarboxylating) activity / pentose-phosphate shunt / NADP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Gluconobacter oxydans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Maturana, P. / Roversi, P. / Castro-Fernandez, V. / Herrera-Morande, A. / Garratt, R.C. / Cabrera, R.

資金援助

チリ, 1件

引用

ジャーナル: Wellcome Open Res / 年: 2021
タイトル: Crystal structure of the 6-phosphogluconate dehydrogenase from Gluconobacter oxydans reveals tetrameric 6PGDHs as the crucial intermediate in the evolution of structure and cofactor ...
著者: Maturana, P. / Tobar-Calfucoy, E. / Fuentealba, M. / Roversi, P. / Garratt, R. / Cabrera, R.

履歴

登録	2020年6月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年12月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年6月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _citation.country / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.country / _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6xeq.cif.gz	581.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6xeq.ent.gz	399.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6xeq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6xeq_validation.pdf.gz	480.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6xeq_full_validation.pdf.gz	492.4 KB	表示
XML形式データ	6xeq_validation.xml.gz	44 KB	表示
CIF形式データ	6xeq_validation.cif.gz	59.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xe/6xeq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xe/6xeq	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4e21S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4my2-1 2pp0-d 3t6a-d 3lvu-d 2oqc-1 6vpb-1 4e21-1 1ypf-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (2) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 6-phosphogluconate dehydrogenase

B: 6-phosphogluconate dehydrogenase

C: 6-phosphogluconate dehydrogenase

D: 6-phosphogluconate dehydrogenase

ヘテロ分子

154 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.061, 125.675, 166.273
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	6-phosphogluconate dehydrogenase / 6PGDH 分子量: 38332.039 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Gluconobacter oxydans (バクテリア) 遺伝子: GOX1705 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: G5EBD7, phosphogluconate dehydrogenase (NAD+-dependent, decarboxylating)
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.53 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2 M (NH4)2SO4 and 5% (v/v) 2-propanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.45866 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.45866 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.2→100.26 Å / Num. obs: 30273 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 1.9 % / B_iso Wilson estimate: 46.51 Å² / CC_1/2: 0.978 / R_merge(I) obs: 0.092 / R_pim(I) all: 0.092 / R_rim(I) all: 0.13 / Χ²: 0.5 / Net I/σ(I): 6.7
反射シェル	解像度: 3.2→3.37 Å / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.327 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 3938 / CC_1/2: 0.757 / R_pim(I) all: 0.327 / R_rim(I) all: 0.462 / Χ²: 0.53 / % possible all: 89.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16_3549	精密化
Coot		モデル構築
XDS		データ削減
pointless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 開始モデル: 4.0E+21 / 解像度: 3.2→100.26 Å / SU ML: 0.4297 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 32.758
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2859	1494	4.96 %
R_work	0.2457	28606	-
obs	0.2477	30100	97.65 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.2→100.26 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9634	0	20	69	9723

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	9832
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4447	13269
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0395	1423
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0035	1755
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.2106	5782

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.2-3.3	0.3901	113	0.3634	2220	X-RAY DIFFRACTION	84.84
3.3-3.42	0.3598	118	0.3168	2546	X-RAY DIFFRACTION	96.45
3.42-3.56	0.2979	162	0.2752	2585	X-RAY DIFFRACTION	99.57
3.56-3.72	0.3099	129	0.2668	2618	X-RAY DIFFRACTION	99.6
3.72-3.92	0.3041	145	0.2422	2632	X-RAY DIFFRACTION	99.75
3.92-4.16	0.3037	127	0.2302	2638	X-RAY DIFFRACTION	99.39
4.16-4.48	0.2389	154	0.2116	2614	X-RAY DIFFRACTION	99.82
4.48-4.93	0.2445	131	0.2127	2670	X-RAY DIFFRACTION	99.86
4.93-5.65	0.2218	135	0.2127	2675	X-RAY DIFFRACTION	99.79
5.65-7.12	0.304	133	0.2406	2693	X-RAY DIFFRACTION	99.61
7.12-10	0.2735	147	0.2299	2715	X-RAY DIFFRACTION	95.53

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.034743129018	-0.0160305723879	-0.051944421761	0.00939644660176	0.0277106164823	0.1039937273	0.0327224819487	-0.014424658768	-0.00723802156882	-0.0274047442144	-0.0150969356041	-0.0386667372546	0.00919375901442	0.117527188212	0.140865779143	0.27963047524	0.0537244230531	-0.0155060608776	0.539687202665	0.244382077962	0.315510179766	38.2456102837	-0.435984810831	46.5844062523
2	0.160837612864	0.0416581367802	0.0132924626846	0.0137470761636	0.00940705290933	0.0187825386875	0.0935813303023	0.0180481737726	-0.173843085307	-0.0983432929998	-0.0437574568576	-0.0581565072292	0.0317306557699	-0.00745112198801	0.0119773339816	0.629363749347	0.170632687118	0.0224835388854	0.185441199273	0.110860274084	0.31088096554	30.3876509485	-5.34096809125	32.7180008073
3	0.0531634545411	-0.0243116272619	-0.0303954780483	0.166333348216	-0.0524948362603	0.06360353415	0.0635365406265	0.017174262479	0.0379426563901	0.0451500628245	0.0185775235558	0.00861996219088	-0.0773860147258	0.00253440329462	0.135288770959	0.240818535914	-0.0180711381617	-0.0550711151624	0.139105225247	0.108437408796	0.254709164988	23.3816256056	7.52868980778	44.5474035284
4	0.17559756813	0.0284894147399	0.130371040507	0.130163301597	0.0666551405759	0.115926568596	-0.056654024985	-0.0597516161543	0.0867636230082	0.00172820092485	-0.0556750713761	0.0883464984205	0.0709443467485	0.00963855199973	-0.09962799635	0.360077621453	-0.0959110116613	0.0251930060865	0.150404127633	0.110947870109	0.398879216103	12.8249460003	8.89439666859	42.0763947436
5	0.201206803029	-0.122922354258	0.054562010403	0.0803272876834	-0.0727002874896	0.357516554427	0.0310369676984	-0.174062708667	0.024410242112	-0.0236570487241	0.136323952159	-0.00391857157291	0.105820745405	0.107037765922	0.141518247482	0.231066356492	0.0879045696033	0.0371205781607	0.211437903983	0.0138541351376	0.243467268114	28.1077416796	26.1385683605	30.3796999606
6	0.0417640443734	-0.0484853694102	0.00633124768813	0.0539230861383	-0.00275283224168	0.00754775573317	0.0666605550919	-0.022201687291	0.0630295688126	0.00441580213575	-0.0204354728964	-0.0685404491991	-0.00463461062407	-0.000606482917444	-0.0439500467419	0.286001914505	0.000941586498019	0.0873177513695	0.327006464517	-0.119936046556	0.229669694619	30.9299075591	42.773582146	37.101576772
7	0.00976669600594	0.00345704018418	-0.0109525927629	0.0077633607629	-0.00509259957532	0.00754812683541	0.00613942167441	-0.0482342245111	0.117637322175	-0.0771194511111	-0.0947333481994	-0.136606903092	0.00204453366291	0.0981114737179	0.000154645064344	0.368244876032	0.0715029854862	-0.0474432471963	0.359536333885	-0.000532751748993	0.208720668436	30.6557394079	22.7530593223	31.273332311
8	0.0211726708678	-0.00491161118045	-0.029804635369	0.0104045843495	0.0251793839246	0.0808392811833	0.0272148328694	-0.00740440626871	-0.0430942022506	0.0054325171571	0.0502348912777	0.00237021496556	0.0248780826992	0.0119388979809	0.062214506656	0.200193038545	0.0944537645652	-0.106070667912	0.277299953937	0.0563390055191	0.259198835542	27.8793435107	23.7902141774	17.6395441128
9	0.00381274173397	-0.00173552802437	0.0013567743226	0.00168222337256	-0.00227546245399	0.00272186237665	0.00102678624307	0.0158335438557	0.0499988166508	0.00335953973657	-0.0659834723716	-0.0388290379681	0.0144502338284	0.0037759600783	-2.48623017982E-6	0.628524181261	0.0113230335575	-0.229798054499	0.819932544574	0.0721449592021	0.486712395847	37.8813042482	38.8556140944	-0.861923322992
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精密化 TLSグループ

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9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 310 through 327 )
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13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 169 through 222 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 223 through 277 )
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21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 252 through 278 )
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26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 169 through 222 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 223 through 279 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 280 through 324 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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