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- PDB-6xep: Crystal structure of Thiamine-monophosphate kinase from Stenotrop... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xep
タイトルCrystal structure of Thiamine-monophosphate kinase from Stenotrophomonas maltophilia K279a
要素Thiamine-monophosphate kinase
キーワードTRANSFERASE / SSGCID / Stenotrophomonas maltophilia / Thiamine-monophosphate kinase / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


thiamine-phosphate kinase / thiamine-phosphate kinase activity / thiamine biosynthetic process / thiamine diphosphate biosynthetic process / magnesium ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Thiamine-monophosphate kinase / Phosphoribosyl-aminoimidazole Synthetase; Chain A, domain 2 / PurM-like C-terminal domain / PurM-like, N-terminal domain / PurM-like, N-terminal domain / AIR synthase related protein, N-terminal domain / PurM-like, C-terminal domain / PurM-like, C-terminal domain superfamily / PurM-like, N-terminal domain superfamily / AIR synthase related protein, C-terminal domain ...Thiamine-monophosphate kinase / Phosphoribosyl-aminoimidazole Synthetase; Chain A, domain 2 / PurM-like C-terminal domain / PurM-like, N-terminal domain / PurM-like, N-terminal domain / AIR synthase related protein, N-terminal domain / PurM-like, C-terminal domain / PurM-like, C-terminal domain superfamily / PurM-like, N-terminal domain superfamily / AIR synthase related protein, C-terminal domain / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Thiamine-monophosphate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Stenotrophomonas maltophilia (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of Thiamine-monophosphate kinase from Stenotrophomonas maltophilia K279a
著者: Abendroth, J. / Horanyi, P.S. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2020年6月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thiamine-monophosphate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,4174
ポリマ－35,2701
非ポリマー1473
水6,449358
1
A: Thiamine-monophosphate kinase
ヘテロ分子

A: Thiamine-monophosphate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,8338
ポリマ－70,5392
非ポリマー2946
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
Buried area5250 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area24930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.440, 88.810, 44.270
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-682-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Thiamine-monophosphate kinase / Thiamine-phosphate kinase


分子量: 35269.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Stenotrophomonas maltophilia (strain K279a) (バクテリア)
株: K279a / 遺伝子: thiL, Smlt0731 / プラスミド: StmaA.00980.a.B1
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B2FNL5, thiamine-phosphate kinase
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 358 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.2 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Microlytic MCSG-1 screen, condition H10: 25% PEG 3350, 100mM HEPES free acid / Sodium hydroxide pH 7.5: StmaA.17905.a.B1.PW38774 at 19mg/ml. the crystal was soaked for 1h with 2.5mM Thiamine ...詳細: Microlytic MCSG-1 screen, condition H10: 25% PEG 3350, 100mM HEPES free acid / Sodium hydroxide pH 7.5: StmaA.17905.a.B1.PW38774 at 19mg/ml. the crystal was soaked for 1h with 2.5mM Thiamine monophosphate and AMPPNP, neither is visible in the electron density; tray: 315043h10: cryo: soak + 15% EG: puck: jfm9-1.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2020年5月28日
放射モノクロメーター: Rigaku Varimax HF / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 29881 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 19.233 % / Biso Wilson estimate: 28.608 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rrim(I) all: 0.056 / Χ2: 0.939 / Net I/σ(I): 36.36
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.8-1.8512.1420.6194.3920910.9260.64595.1
1.85-1.912.4240.5075.4720310.9580.52896.5
1.9-1.9512.4340.377.5720500.9690.38598.1
1.95-2.0113.10.26610.2120360.9860.27699.3
2.01-2.0813.2570.20913.219230.9910.21899.5
2.08-2.1515.2350.16917.1818990.9960.175100
2.15-2.2317.6940.13722.3218520.9970.141100
2.23-2.3218.2330.11726.5417820.9980.12199.8
2.32-2.4319.3080.10928.4616810.9980.11299.9
2.43-2.5520.440.09233.5116360.9990.09499.9
2.55-2.6821.7930.07940.2515500.9990.08199.9
2.68-2.8524.7460.07145.4814720.9990.073100
2.85-3.0428.4280.0657.45139110.06199.9
3.04-3.2928.2110.04770.14130110.048100
3.29-3.627.7250.0483.54120210.041100
3.6-4.0227.1020.03790.82111310.03899.7
4.02-4.6527.3080.03399.3296310.03499.8
4.65-5.6927.3550.03296.884410.033100
5.69-8.0526.4430.03490.2566410.034100
8.05-5023.6420.027103.574000.9980.02899.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
Cootモデル構築
PHENIXモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 5cm7

5cm7


解像度: 1.8→44.41 Å / SU ML: 0.1804 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.7076
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2041 1989 6.66 %0
Rwork0.1657 27889 --
obs0.1683 29878 99.13 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 23.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→44.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2368 0 9 358 2735
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00722494
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.89823408
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0554395
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0046456
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.3699906
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.840.23351470.19491866X-RAY DIFFRACTION95.04
1.85-1.890.27491350.19511879X-RAY DIFFRACTION96.46
1.89-1.950.23551390.18331937X-RAY DIFFRACTION98.11
1.95-2.010.23371630.17391970X-RAY DIFFRACTION99.3
2.01-2.090.2281330.16621956X-RAY DIFFRACTION99.57
2.09-2.170.23231240.16132017X-RAY DIFFRACTION100
2.17-2.270.24421310.16741987X-RAY DIFFRACTION99.95
2.27-2.390.22381350.17471999X-RAY DIFFRACTION99.81
2.39-2.540.23821420.18012007X-RAY DIFFRACTION99.95
2.54-2.730.23861510.17591996X-RAY DIFFRACTION99.91
2.73-3.010.20831330.17652026X-RAY DIFFRACTION99.86
3.01-3.440.18131400.1582041X-RAY DIFFRACTION100
3.44-4.340.16391530.1472046X-RAY DIFFRACTION99.82
4.34-44.410.17971630.15932162X-RAY DIFFRACTION99.87
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.362753852380.0357825623834-0.5579619699321.877411321960.1795680711871.392271104670.04720774936420.0213571096734-0.143287913221-0.123061552919-0.0410248029167-0.109053968930.01693538853410.126159179873-0.006347594755060.1033347460070.020234826603-0.02133764732250.114499062102-0.01219198572840.1219455331136.635329874735.663138298840.9334644901
20.938422210123-0.2154516546250.3208599853911.97311768125-0.8993687320681.164903879810.08519462360120.0199753985078-0.0478802582927-0.0308813076925-0.0511206355350.2323550635480.00399825882049-0.0484581861063-0.02683372107150.08317921174170.0119142340167-0.01359687662930.117212381329-0.04117274150960.1601743818513.155127877947.459298977842.1796293998
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid -3 through 137 )-3 - 1371 - 157
22chain 'A' and (resid 138 through 312 )138 - 312158 - 340

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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