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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6xcu | ||||||||||||
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タイトル | NMR structure of Ost4V23D, a critical mutant of Ost4, in DPC micelles | ||||||||||||
![]() | Oligosaccharyltransferase | ||||||||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / TRANSFERASE | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() oligosaccharyltransferase complex / protein N-linked glycosylation / protein-macromolecule adaptor activity / transferase activity / endoplasmic reticulum membrane / mitochondrion 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||||||||
![]() | Chaudhary, B.P. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: NMR and MD simulations reveal the impact of the V23D mutation on the function of yeast oligosaccharyltransferase subunit Ost4. 著者: Chaudhary, B.P. / Zoetewey, D.L. / McCullagh, M.J. / Mohanty, S. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 280.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 240.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 447.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 559.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6xcrC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5231.000 Da / 分子数: 1 / 変異: V23D / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: YJM789 / 遺伝子: OST4, SCY_0690 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A6ZXA2, UniProt: Q99380*PLUS, EC: 2.4.1.119 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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試料調製
詳細 | タイプ: solution / 内容: 400 uM [U-13C; U-15N] Ost4V23D, 90% H2O/10% D2O 詳細: 100 mM DPC micelle was added to solubilize the sample Label: 13C, 15N_sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料 | 濃度: 400 uM / 構成要素: Ost4V23D / Isotopic labeling: [U-13C; U-15N] |
試料状態 | イオン強度: 50 mM / Label: Condition_1 / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 308 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 | |||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | |||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |