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万見
- PDB-6xcu: NMR structure of Ost4V23D, a critical mutant of Ost4, in DPC micelles -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xcu
タイトルNMR structure of Ost4V23D, a critical mutant of Ost4, in DPC micelles
要素Oligosaccharyltransferase
キーワードMEMBRANE PROTEIN / TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


oligosaccharyltransferase complex / protein N-linked glycosylation / transferase activity / protein-macromolecule adaptor activity / endoplasmic reticulum membrane / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Oligosaccaryltransferase / Oligosaccharyltransferase subunit ost4p superfamily / Oligosaccaryltransferase
類似検索 - ドメイン・相同性
Oligosaccharyltransferase / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit OST4
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Chaudhary, B.P.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-1807722 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DBI-1726397 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DMR-1644779 米国
引用ジャーナル: Glycobiology / 年: 2021
タイトル: NMR and MD simulations reveal the impact of the V23D mutation on the function of yeast oligosaccharyltransferase subunit Ost4.
著者: Chaudhary, B.P. / Zoetewey, D.L. / McCullagh, M.J. / Mohanty, S.
履歴
登録2020年6月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI
改定 1.42025年6月4日Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_entry_details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Oligosaccharyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,2311
ポリマ－5,2311
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Oligosaccharyltransferase / Ost4


分子量: 5231.000 Da / 分子数: 1 / 変異: V23D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain YJM789) (パン酵母)
株: YJM789 / 遺伝子: OST4, SCY_0690 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A6ZXA2, UniProt: Q99380*PLUS, EC: 2.4.1.119
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic22D 1H-15N HSQC
121isotropic23D HN(CA)CB
131isotropic23D CBCA(CO)NH
141isotropic33D H(CCO)NH
151isotropic33D 1H-15N NOESY
161isotropic23D 1H-15N TOCSY
171isotropic23D HNCA
181isotropic23D (H)CCH-TOCSY

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試料調製

詳細タイプ: solution / 内容: 400 uM [U-13C; U-15N] Ost4V23D, 90% H2O/10% D2O
詳細: 100 mM DPC micelle was added to solubilize the sample
Label: 13C, 15N_sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 400 uM / 構成要素: Ost4V23D / Isotopic labeling: [U-13C; U-15N]
試料状態イオン強度: 50 mM / Label: Condition_1 / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 308 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6001
Bruker AVANCE IIBrukerAVANCE II8002
Varian INOVAVarianINOVA9003

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
NMRFAM-SPARKYLee, W., Tonelli, M., and Markley, J. L.chemical shift assignment
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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