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- PDB-6xcj: Crystal Structure of DH650 Fab from a Rhesus Macaque in Complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xcj
タイトルCrystal Structure of DH650 Fab from a Rhesus Macaque in Complex with HIV-1 gp120 Core
要素
  • DH650 Fab Heavy Chain
  • DH650 Fab Light Chain
  • Envelope Glycoprotein gp120Gp120 (HIV)
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM (ウイルス性) / HIV (ヒト免疫不全ウイルス) / Fab / antibody (抗体) / neutralizing (中和抗体) / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex (ウイルス性)
機能・相同性
機能・相同性情報


: / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane ...: / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Gp120 (HIV) / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
Macaca mulatta (アカゲザル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Raymond, D.D. / Chug, H. / Harrison, S.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI144371 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2021
タイトル: Recapitulation of HIV-1 Env-antibody coevolution in macaques leading to neutralization breadth.
著者: Ryan S Roark / Hui Li / Wilton B Williams / Hema Chug / Rosemarie D Mason / Jason Gorman / Shuyi Wang / Fang-Hua Lee / Juliette Rando / Mattia Bonsignori / Kwan-Ki Hwang / Kevin O Saunders / ...著者: Ryan S Roark / Hui Li / Wilton B Williams / Hema Chug / Rosemarie D Mason / Jason Gorman / Shuyi Wang / Fang-Hua Lee / Juliette Rando / Mattia Bonsignori / Kwan-Ki Hwang / Kevin O Saunders / Kevin Wiehe / M Anthony Moody / Peter T Hraber / Kshitij Wagh / Elena E Giorgi / Ronnie M Russell / Frederic Bibollet-Ruche / Weimin Liu / Jesse Connell / Andrew G Smith / Julia DeVoto / Alexander I Murphy / Jessica Smith / Wenge Ding / Chengyan Zhao / Neha Chohan / Maho Okumura / Christina Rosario / Yu Ding / Emily Lindemuth / Anya M Bauer / Katharine J Bar / David Ambrozak / Cara W Chao / Gwo-Yu Chuang / Hui Geng / Bob C Lin / Mark K Louder / Richard Nguyen / Baoshan Zhang / Mark G Lewis / Donald D Raymond / Nicole A Doria-Rose / Chaim A Schramm / Daniel C Douek / Mario Roederer / Thomas B Kepler / Garnett Kelsoe / John R Mascola / Peter D Kwong / Bette T Korber / Stephen C Harrison / Barton F Haynes / Beatrice H Hahn / George M Shaw /
要旨: Neutralizing antibodies elicited by HIV-1 coevolve with viral envelope proteins (Env) in distinctive patterns, in some cases acquiring substantial breadth. We report that primary HIV-1 envelope ...Neutralizing antibodies elicited by HIV-1 coevolve with viral envelope proteins (Env) in distinctive patterns, in some cases acquiring substantial breadth. We report that primary HIV-1 envelope proteins-when expressed by simian-human immunodeficiency viruses in rhesus macaques-elicited patterns of Env-antibody coevolution very similar to those in humans, including conserved immunogenetic, structural, and chemical solutions to epitope recognition and precise Env-amino acid substitutions, insertions, and deletions leading to virus persistence. The structure of one rhesus antibody, capable of neutralizing 49% of a 208-strain panel, revealed a V2 apex mode of recognition like that of human broadly neutralizing antibodies (bNAbs) PGT145 and PCT64-35S. Another rhesus antibody bound the CD4 binding site by CD4 mimicry, mirroring human bNAbs 8ANC131, CH235, and VRC01. Virus-antibody coevolution in macaques can thus recapitulate developmental features of human bNAbs, thereby guiding HIV-1 immunogen design.
履歴
登録2020年6月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.year ..._citation.journal_volume / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: Envelope Glycoprotein gp120
H: DH650 Fab Heavy Chain
L: DH650 Fab Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,13412
ポリマ－88,1433
非ポリマー1,9919
水37821
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8390 Å2
ΔGint10 kcal/mol
Surface area33430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)138.52, 122.1, 53.4
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Envelope Glycoprotein gp120 / Gp120 (HIV)


分子量: 39710.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
細胞株 (発現宿主): HEK 293S / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A0A7I3C6*PLUS
#2: 抗体 DH650 Fab Heavy Chain


分子量: 24290.428 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 DH650 Fab Light Chain


分子量: 24142.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 20% PEG 8K, 100mM Tris pH 8, 500mM NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.999919 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2017年12月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→49.9 Å / Num. obs: 23016 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.5 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 13.99
反射 シェル解像度: 2.8→2.97 Å / Num. unique obs: 3659 / CC1/2: 0.644

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4LST

4lst


解像度: 2.8→48.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.904 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.844 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU Rfree Blow DPI: 0.437
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.284 1009 -RANDOM
Rwork0.2267 ---
obs0.2296 20060 87 %-
原子変位パラメータBiso mean: 58.88 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.8219 Å20 Å20 Å2
2--0.8741 Å20 Å2
3----1.696 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.43 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→48.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5565 0 126 21 5712
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00811408HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0220583HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3451SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1785HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5824HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion805SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7793SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.96
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.57
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.87 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4196 14 -
Rwork0.3292 --
obs0.3321 402 26.38 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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