PDB-6xbf: Structure of NDM-1 in complex with macrocycle inhibitor NDM1i-1G

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6xbf

タイトル

Structure of NDM-1 in complex with macrocycle inhibitor NDM1i-1G

要素

BlaNDM-4_1_JQ348841
macrocycle inhibitor NDM1i-1G

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Cyclic peptide / macrocycle inhibitor / ANTIBIOTIC / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Worrall, L.J. / Sun, T. / Mulligan, V.K. / Strynadka, N.C.J.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: Computationally designed peptide macrocycle inhibitors of New Delhi metallo-beta-lactamase 1.
著者: Mulligan, V.K. / Workman, S. / Sun, T. / Rettie, S. / Li, X. / Worrall, L.J. / Craven, T.W. / King, D.T. / Hosseinzadeh, P. / Watkins, A.M. / Renfrew, P.D. / Guffy, S. / Labonte, J.W. / ...

履歴

登録	2020年6月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年3月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6xbf.cif.gz	200.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6xbf.ent.gz	157 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6xbf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6xbf_validation.pdf.gz	472.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6xbf_full_validation.pdf.gz	477.2 KB	表示
XML形式データ	6xbf_validation.xml.gz	38.4 KB	表示
CIF形式データ	6xbf_validation.cif.gz	54.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xb/6xbf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xb/6xbf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6xbeC 6xciC 4exsS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6ttc-d 3cn9-2 5ypk-8 6xbe-4 5zio-d 5ypk-6 6op6-d 1gcd-d 2bfk-2 6tma-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (3) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2)

登録構造単位

A: BlaNDM-4_1_JQ348841

F: macrocycle inhibitor NDM1i-1G

B: BlaNDM-4_1_JQ348841

G: macrocycle inhibitor NDM1i-1G

C: BlaNDM-4_1_JQ348841

H: macrocycle inhibitor NDM1i-1G

D: BlaNDM-4_1_JQ348841

I: macrocycle inhibitor NDM1i-1G

ヘテロ分子

110 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: BlaNDM-4_1_JQ348841

F: macrocycle inhibitor NDM1i-1G

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
27.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: BlaNDM-4_1_JQ348841

G: macrocycle inhibitor NDM1i-1G

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: BlaNDM-4_1_JQ348841

H: macrocycle inhibitor NDM1i-1G

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: BlaNDM-4_1_JQ348841

I: macrocycle inhibitor NDM1i-1G

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.615, 74.190, 76.650
Angle α, β, γ (deg.)	95.750, 103.460, 106.430
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	A	42 - 1008
2	1	B	42 - 1008
1	2	A	42 - 1008
2	2	C	42 - 1008
1	3	A	42 - 1008
2	3	D	42 - 1008
1	4	B	42 - 1008
2	4	C	42 - 1008
1	5	B	42 - 1008
2	5	D	42 - 1008
1	6	C	42 - 1008
2	6	D	42 - 1008

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	BlaNDM-4_1_JQ348841 / Metallo beta-lactamase / Metallo-beta-lactamase NDM-1 / Metallo-beta-lactamase / NDM-1 / NDM1 ...Metallo beta-lactamase / Metallo-beta-lactamase NDM-1 / Metallo-beta-lactamase / NDM-1 / NDM1 metallo-beta-lactamase / New Delhi Metallo carbapenemase-1 / New Delhi metallo-beta-lactamase NDM-1 / New Delhi metallo-beta-lactamse 1 分子量: 26273.607 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: NDM-1, bla NDM-1, blaNDM-1, blaNDM1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E9NWK5
#2: タンパク質・ペプチド	macrocycle inhibitor NDM1i-1G タイプ: Cyclic peptide / クラス: 阻害剤 / 分子量: 985.205 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: Inhibitor, Cyclic peptide
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 378 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.71 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 25% (w/v) PEG 2000 monomethyl ether, 0.1M MES, pH 6.5 and 200mM NaCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→46.71 Å / Num. obs: 41538 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 5.2
反射シェル	解像度: 2.2→2.27 Å / 冗長度: 1.8 % / R_merge(I) obs: 0.798 / Num. unique obs: 3472 / % possible all: 91.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
xia2		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4EXS

4exs

解像度: 2.2→46.71 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / SU B: 11.204 / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.388 / ESU R Free: 0.242 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.245	2077	5 %	RANDOM
R_work	0.194	-	-	-
obs	0.197	39451	94.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 157.82 Å² / B_iso mean: 45.6 Å² / B_iso min: 8.04 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.57 Å²	0.38 Å²	1.55 Å²
2-	-	-0.76 Å²	-1.81 Å²
3-	-	-	1.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.2→46.71 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7016	0	12	386	7414
B_iso mean	-	-	42.61	46.37	-
残基数	-	-	-	-	948

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	7216
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	6542
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.398	1.63	9840
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.279	1.573	15155
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.802	5	953
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.546	22.798	336
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.817	15	1047
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.246	15	33
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.064	0.2	969
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	8319
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	7469	0.07
1	2	B	7469	0.07
2	1	A	7355	0.07
2	2	C	7355	0.07
3	1	A	7403	0.08
3	2	D	7403	0.08
4	1	B	7401	0.08
4	2	C	7401	0.08
5	1	B	7432	0.07
5	2	D	7432	0.07
6	1	C	7414	0.08
6	2	D	7414	0.08

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.26 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.353	150	-
R_work	0.35	2830	-
all	-	2980	-
obs	-	-	91.66 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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