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- PDB-6xbb: Crystal structure of Streptomyces sviceus SsDesB in complex with NADP+ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xbb
タイトルCrystal structure of Streptomyces sviceus SsDesB in complex with NADP+
要素Monooxigenase
キーワードFLAVOPROTEIN / N-hydroxylase / flavin-dependent monooygenase / desferrioxamine biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


L-lysine N6-monooxygenase (NADPH) / L-lysine 6-monooxygenase (NADPH) activity / biosynthetic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
L-lysine 6-monooxygenase/L-ornithine 5-monooxygenase / L-lysine 6-monooxygenase/L-ornithine 5-monooxygenase / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / L-lysine N6-monooxygenase MbtG
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces sviceus ATCC 29083 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.366 Å
データ登録者Lountos, G.T. / Giddings, L.A. / Waugh, D.S.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2021
タイトル: Characterization of a broadly specific cadaverine N-hydroxylase involved in desferrioxamine B biosynthesis in Streptomyces sviceus.
著者: Giddings, L.A. / Lountos, G.T. / Kim, K.W. / Brockley, M. / Needle, D. / Cherry, S. / Tropea, J.E. / Waugh, D.S.
履歴
登録2020年6月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Monooxigenase
B: Monooxigenase
C: Monooxigenase
D: Monooxigenase
E: Monooxigenase
F: Monooxigenase
G: Monooxigenase
H: Monooxigenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)398,16724
ポリマ－385,9358
非ポリマー12,23216
水21,6361201
1
A: Monooxigenase
B: Monooxigenase
C: Monooxigenase
D: Monooxigenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)199,08312
ポリマ－192,9684
非ポリマー6,1168
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area29130 Å2
ΔGint-169 kcal/mol
Surface area58270 Å2
手法PISA
2
E: Monooxigenase
F: Monooxigenase
G: Monooxigenase
H: Monooxigenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)199,08312
ポリマ－192,9684
非ポリマー6,1168
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area29170 Å2
ΔGint-170 kcal/mol
Surface area58330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.125, 153.433, 141.314
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.440, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Monooxigenase


分子量: 48241.914 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces sviceus ATCC 29083 (バクテリア)
遺伝子: SSEG_08523 / プラスミド: pGL3070 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B5HNG5
#2: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1201 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.9 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, 0.2M NaCl, 20% PEG3350, 10 mM sarcosine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年7月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.366→50 Å / Num. obs: 139487 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 3.7 % / CC1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rpim(I) all: 0.089 / Rrim(I) all: 0.103 / Rsym value: 0.053 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 2.366→2.41 Å / Rmerge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 6996 / CC1/2: 0.729 / CC star: 0.918 / Rpim(I) all: 0.418 / Rrim(I) all: 0.809 / Rsym value: 0.692

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
HKL-2000データ削減
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5o8p

5o8p


解像度: 2.366→37.016 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.18 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2395 6786 4.97 %
Rwork0.1894 129711 -
obs0.1919 136497 93.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 83.13 Å2 / Biso mean: 35.2461 Å2 / Biso min: 11.09 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.366→37.016 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数26775 0 808 1201 28784
Biso mean--34.5 33.58 -
残基数----3336
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.366-2.39290.30331640.2521302065
2.3929-2.42110.30692000.2457345976
2.4211-2.45060.33592040.2412374783
2.4506-2.48160.29572450.2321407589
2.4816-2.51430.30482210.2375430093
2.5143-2.54870.32151960.2231442595
2.5487-2.58510.2862110.228440196
2.5851-2.62370.2942170.2383444896
2.6237-2.66470.28652240.2264437896
2.6647-2.70830.31312320.2227447296
2.7083-2.7550.29892390.233433396
2.755-2.80510.28462430.2189442096
2.8051-2.8590.28592170.2213439396
2.859-2.91740.29162460.2197442996
2.9174-2.98080.26122260.2136435895
2.9808-3.05010.2731980.2219446196
3.0501-3.12630.30422350.2205443796
3.1263-3.21080.26542210.2161438595
3.2108-3.30520.28962410.212438395
3.3052-3.41180.28092190.2061436995
3.4118-3.53370.24022370.1913442395
3.5337-3.6750.23432370.1838439095
3.675-3.84210.21822470.1742437295
3.8421-4.04450.19642110.1597442295
4.0445-4.29750.19282070.1568446196
4.2975-4.62880.17362610.1442452098
4.6288-5.09350.17572680.1452456499
5.0935-5.82810.18922630.15644612100
5.8281-7.33340.23312280.17814683100
7.3334-370.19362280.1623457197

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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