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- PDB-6xaz: Structure of the PR domain from human PRDM5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xaz
タイトルStructure of the PR domain from human PRDM5
要素PR domain zinc finger protein 5
キーワードTRANSCRIPTION / PRDM5 / TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of extracellular matrix organization / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / cellular response to leukemia inhibitory factor / methyltransferase activity / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / mitotic cell cycle / chromatin organization / methylation / DNA-binding transcription factor binding ...regulation of extracellular matrix organization / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / cellular response to leukemia inhibitory factor / methyltransferase activity / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / mitotic cell cycle / chromatin organization / methylation / DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / nuclear body / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
PR-domain zinc finger protein PRDM5-like / PRDM5, PR/SET domain / PR domain zinc finger protein 2, PR domain / C2H2-type zinc finger / Zinc-finger of C2H2 type / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain superfamily / SET domain profile. / SET domain / Zinc finger, C2H2 type ...PR-domain zinc finger protein PRDM5-like / PRDM5, PR/SET domain / PR domain zinc finger protein 2, PR domain / C2H2-type zinc finger / Zinc-finger of C2H2 type / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain superfamily / SET domain profile. / SET domain / Zinc finger, C2H2 type / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PR domain zinc finger protein 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Mou, T.C. / Kerchner, K.M. / Sprang, S.R. / Briknarova, K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)NIH P20 GM103546 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the PR domain from human PRDM5
著者: Mou, T.C. / Kerchner, K.M. / Sprang, S.R. / Briknarova, K.
履歴
登録2020年6月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月23日Group: Derived calculations / Experimental preparation
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_struct_assembly ...exptl_crystal_grow / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id / _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PR domain zinc finger protein 5
B: PR domain zinc finger protein 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1745
ポリマ－29,8562
非ポリマー3183
水2,702150
1
A: PR domain zinc finger protein 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,0342
ポリマ－14,9281
非ポリマー1061
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PR domain zinc finger protein 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1403
ポリマ－14,9281
非ポリマー2122
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.527, 56.083, 105.307
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 PR domain zinc finger protein 5 / PR domain-containing protein 5


分子量: 14927.752 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRDM5, PFM2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9NQX1, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.67 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 2.0 M ammonium sulfate, 0.2 M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 1.19 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.19 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→23.83 Å / Num. obs: 31092 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 9.8 % / Biso Wilson estimate: 26.3 Å2 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 32.6
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 2929 / Rsym value: 0.49

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4C1Q

4c1q


解像度: 1.7→23.83 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2593 2000 -
Rwork0.2114 --
obs-31092 98.1 %
原子変位パラメータBiso mean: 38.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→23.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1975 0 21 150 2146
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01222033
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.28932725
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0792280
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071356
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d29.1715781
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.76 Å
Rfactor反射数%反射
Rwork0.3217 --
obs0.3123 2729 88.1 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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