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- PDB-6xa9: SARS CoV-2 PLpro in complex with ISG15 C-terminal domain propargy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xa9
タイトルSARS CoV-2 PLpro in complex with ISG15 C-terminal domain propargylamide
要素
  • ISG15 CTD-propargylamide
  • Non-structural protein 3
キーワードHYDROLASE/SUBSTRATE / SARS CoV-2 / papain-like protease / ISG15CTD activity based probe / COVID19 / HYDROLASE-SUBSTRATE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ISG15-protein conjugation / positive regulation of protein oligomerization / regulation of type II interferon production / NS1 Mediated Effects on Host Pathways / protein localization to mitochondrion / response to type I interferon / Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of viral genome replication / RSV-host interactions ...ISG15-protein conjugation / positive regulation of protein oligomerization / regulation of type II interferon production / NS1 Mediated Effects on Host Pathways / protein localization to mitochondrion / response to type I interferon / Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of viral genome replication / RSV-host interactions / positive regulation of interleukin-10 production / positive regulation of bone mineralization / negative regulation of protein ubiquitination / positive regulation of interferon-beta production / positive regulation of erythrocyte differentiation / integrin-mediated signaling pathway / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / Termination of translesion DNA synthesis / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / PKR-mediated signaling / modification-dependent protein catabolic process / ISG15 antiviral mechanism / response to virus / protein tag activity / positive regulation of type II interferon production / integrin binding / Interferon alpha/beta signaling / protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity producing 3'-phosphomonoesters, hydrolytic mechanism / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Maturation of replicase proteins / TRAF3-dependent IRF activation pathway / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / snRNP Assembly / Replication of the SARS-CoV-2 genome / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / double membrane vesicle viral factory outer membrane / SARS coronavirus main proteinase / 5'-3' DNA helicase activity / 3'-5'-RNA exonuclease activity / host cell endosome / symbiont-mediated degradation of host mRNA / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / omega peptidase activity / defense response to virus / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / host cell Golgi apparatus / symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / DNA helicase / methyltransferase cap1 activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / single-stranded RNA binding / defense response to bacterium / regulation of autophagy / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing / lyase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host gene expression / copper ion binding / viral translational frameshifting / symbiont-mediated activation of host autophagy / innate immune response / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / lipid binding / ubiquitin protein ligase binding / host cell nucleus / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / extracellular region / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / membrane
類似検索 - 分子機能
Papain-like viral protease, N-terminal domain / Papain-like viral protease, thumb domain / Jelly Rolls - #1680 / : / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin domain / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues ...Papain-like viral protease, N-terminal domain / Papain-like viral protease, thumb domain / Jelly Rolls - #1680 / : / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin domain / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / RNA-dependent RNA polymerase, SARS-CoV-like / Ubiquitin domain profile. / Nonstructural protein 14, betacoronavirus / Ubiquitin-like domain / NSP15, NendoU domain, coronavirus / Nonstructural protein 15, middle domain, alpha/betacoronavirus / Nonstructural protein 15, N-terminal domain, alpha/beta-coronavirus / NSP14, guanine-N7-methyltransferase domain, coronavirus / Coronavirus (CoV) guanine-N7-methyltransferase (N7-MTase) domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp15 N-terminal oligomerization domain profile. / NSP12 RNA-dependent RNA polymerase, coronavirus / : / Coronavirus Nsp12 RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) domain profile. / Coronavirus Nsp12 Interface domain profile. / : / : / Coronavirus Nonstructural protein 13, 1B domain / Coronavirus Non-structural protein 13, zinc-binding domain / Coronavirus Nonstructural protein 13, stalk domain / Nidovirus 2-O-methyltransferase / Nidovirus 2'-O-methyltransferase (2'-O-MTase) domain profile. / Non-structural protein NSP15, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP15, middle domain superfamily / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerization / Nonstructural protein 15, middle domain, coronavirus / Nonstructural protein 13, 1B domain, coronavirus / Coronavirus replicase NSP15, middle domain / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerisation / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease domain / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease (ExoN) domain profile. / Non-structural protein NSP16, coronavirus-like / Non-structural protein 14, coronavirus / RNA polymerase, N-terminal, coronavirus / Coronavirus 2'-O-methyltransferase / Coronavirus proofreading exoribonuclease / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase, N-terminal / Nonstructural protein 13, zinc-binding domain, coronavirus-like / Coronaviridae zinc-binding (CV ZBD) domain profile. / Arterivirus Nsp11 N-terminal/Coronavirus NSP15 middle domain / Arterivirus Nsp11 N-terminal/coronavirus NSP15 middle (AV-Nsp11N/CoV-Nsp15M) domain profile. / Nidoviral uridylate-specific endoribonuclease (NendoU) domain profile. / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain profile. / Endoribonuclease EndoU-like / NendoU domain, nidovirus / Coronavirus replicase NSP15, uridylate-specific endoribonuclease / : / Lipocalin signature. / DNA2/NAM7 helicase-like, C-terminal / AAA domain / (+) RNA virus helicase core domain / (+)RNA virus helicase core domain profile. / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain, betacoronavirus / Sarbecovirus Nsp3c-N domain profile. / Non-structural protein NSP3, N-terminal, betacoronavirus / Polyprotein cleavage domain PL2pro superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus SUD-C domain / Betacoronavirus replicase NSP3, N-terminal / NSP1 globular domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 2, SARS-CoV-like / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 2. / Betacoronavirus Nsp3c-M domain profile. / NSP1, globular domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus replicase NSP1 / Betacoronavirus single-stranded poly(A) binding domain / NSP1, C-terminal domain, betacoronavirus / : / Betacoronavirus (BetaCoV) Nsp1 C-terminal domain profile. / Betacoronavirus Nsp3e group 2-specific marker (G2M) domain profile. / Betacoronavirus Nsp3c-C domain profile. / Betacoronavirus Nsp3e nucleic acid-binding (NAB) domain profile. / DPUP/SUD, C-terminal, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3A domain-like superfamily / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 6, betacoronavirus / Betacoronavirus nucleic acid-binding (NAB) / Papain-like viral protease, palm and finger domains, coronavirus / Papain-like protease, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Coronavirus replicase NSP2, N-terminal / : / Coronavirus replicase NSP2, C-terminal / Coronavirus (CoV) Nsp2 middle domain profile. / NSP1, globular domain, alpha/betacoronavirus / Coronavirus (CoV) Nsp1 globular domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 N-terminal domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 C-terminal domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin-like protein ISG15 / Replicase polyprotein 1ab
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Klemm, T. / Calleja, D.J. / Richardson, L.W. / Lechtenberg, B.C. / Komander, D.
資金援助 オーストラリア, 2件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)GNT1178122 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)GNT2002119 オーストラリア
引用
ジャーナル: Embo J. / 年: 2020
タイトル: Mechanism and inhibition of the papain-like protease, PLpro, of SARS-CoV-2.
著者: Klemm, T. / Ebert, G. / Calleja, D.J. / Allison, C.C. / Richardson, L.W. / Bernardini, J.P. / Lu, B.G. / Kuchel, N.W. / Grohmann, C. / Shibata, Y. / Gan, Z.Y. / Cooney, J.P. / Doerflinger, M. ...著者: Klemm, T. / Ebert, G. / Calleja, D.J. / Allison, C.C. / Richardson, L.W. / Bernardini, J.P. / Lu, B.G. / Kuchel, N.W. / Grohmann, C. / Shibata, Y. / Gan, Z.Y. / Cooney, J.P. / Doerflinger, M. / Au, A.E. / Blackmore, T.R. / van der Heden van Noort, G.J. / Geurink, P.P. / Ovaa, H. / Newman, J. / Riboldi-Tunnicliffe, A. / Czabotar, P.E. / Mitchell, J.P. / Feltham, R. / Lechtenberg, B.C. / Lowes, K.N. / Dewson, G. / Pellegrini, M. / Lessene, G. / Komander, D.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / 年: 2010
タイトル: PHENIX: a comprehensive Python-based system for macromolecular structure solution.
著者: Paul D Adams / Pavel V Afonine / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Ian W Davis / Nathaniel Echols / Jeffrey J Headd / Li-Wei Hung / Gary J Kapral / Ralf W Grosse-Kunstleve / Airlie J McCoy ...著者: Paul D Adams / Pavel V Afonine / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Ian W Davis / Nathaniel Echols / Jeffrey J Headd / Li-Wei Hung / Gary J Kapral / Ralf W Grosse-Kunstleve / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / Robert Oeffner / Randy J Read / David C Richardson / Jane S Richardson / Thomas C Terwilliger / Peter H Zwart /
要旨: Macromolecular X-ray crystallography is routinely applied to understand biological processes at a molecular level. However, significant time and effort are still required to solve and complete many ...Macromolecular X-ray crystallography is routinely applied to understand biological processes at a molecular level. However, significant time and effort are still required to solve and complete many of these structures because of the need for manual interpretation of complex numerical data using many software packages and the repeated use of interactive three-dimensional graphics. PHENIX has been developed to provide a comprehensive system for macromolecular crystallographic structure solution with an emphasis on the automation of all procedures. This has relied on the development of algorithms that minimize or eliminate subjective input, the development of algorithms that automate procedures that are traditionally performed by hand and, finally, the development of a framework that allows a tight integration between the algorithms.
履歴
登録2020年6月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月11日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / citation_author / struct_conn
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.22020年12月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32021年1月27日Group: Structure summary / カテゴリ: entity / entity_name_com
Item: _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec / _entity_name_com.name
改定 1.42023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.52024年10月16日Group: Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Non-structural protein 3
B: ISG15 CTD-propargylamide
C: Non-structural protein 3
D: ISG15 CTD-propargylamide
E: Non-structural protein 3
F: ISG15 CTD-propargylamide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,95517
ポリマ－135,0226
非ポリマー93311
水54030
1
A: Non-structural protein 3
B: ISG15 CTD-propargylamide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3496
ポリマ－45,0072
非ポリマー3424
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2460 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area18130 Å2
手法PISA
2
C: Non-structural protein 3
D: ISG15 CTD-propargylamide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3496
ポリマ－45,0072
非ポリマー3424
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2330 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area18000 Å2
手法PISA
3
E: Non-structural protein 3
F: ISG15 CTD-propargylamide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2575
ポリマ－45,0072
非ポリマー2503
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2000 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area17380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.172, 124.172, 238.169
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
12
22
32

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ILEILEHISHIS(chain 'A' and ((resid 5 through 7 and (name N...AA5 - 508 - 53
12LYSLYSASNASN(chain 'A' and ((resid 5 through 7 and (name N...AA53 - 26756 - 270
13GLNGLNTHRTHR(chain 'A' and ((resid 5 through 7 and (name N...AA269 - 313272 - 316
14HOHHOHHOHHOH(chain 'A' and ((resid 5 through 7 and (name N...AR503 - 504
25ILEILEHISHIS(chain 'C' and ((resid 5 through 7 and (name N...CC5 - 508 - 53
26LYSLYSASNASN(chain 'C' and ((resid 5 through 7 and (name N...CC53 - 26756 - 270
27GLNGLNTHRTHR(chain 'C' and ((resid 5 through 7 and (name N...CC269 - 313272 - 316
28HOHHOHHOHHOH(chain 'C' and ((resid 5 through 7 and (name N...CT503 - 504
39ILEILEHISHIS(chain 'E' and (resid 5 through 142 or (resid 143...EE5 - 508 - 53
310LYSLYSASNASN(chain 'E' and (resid 5 through 142 or (resid 143...EE53 - 26756 - 270
311GLNGLNTHRTHR(chain 'E' and (resid 5 through 142 or (resid 143...EE269 - 313272 - 316
312GOLGOLGOLGOL(chain 'E' and (resid 5 through 142 or (resid 143...EP - Q502 - 503

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Non-structural protein 3 / nsp3 / PL2-PRO / Papain-like protease / Papain-like proteinase / PL-PRO


分子量: 35982.863 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 1563-1878 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: rep, 1a-1b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0DTD1, EC: 3.4.19.121, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
#2: タンパク質 ISG15 CTD-propargylamide / Interferon-induced 15 kDa protein / Interferon-induced 17 kDa protein / IP17 / Ubiquitin cross- ...Interferon-induced 15 kDa protein / Interferon-induced 17 kDa protein / IP17 / Ubiquitin cross-reactive protein / hUCRP


分子量: 9024.344 Da / 分子数: 3 / 断片: C-terminal domain (UNP residues 79-157) / Mutation: G176 replaced with propargylamide / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ISG15, G1P2, UCRP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05161
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M lithium sulfate, 25% PEG3350, 0.1 M Bis-Tris chloride, pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月27日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→49.28 Å / Num. obs: 42170 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.7 % / Biso Wilson estimate: 91.38 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.163 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 2.9→3.01 Å / 冗長度: 14.2 % / Rmerge(I) obs: 2.876 / Num. unique obs: 4344 / CC1/2: 0.496 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
XDSdata processing
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 6WRH & 6FFA

6wrh

6ffa


解像度: 2.9→49.28 Å / SU ML: 0.3948 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.3839
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2305 1978 4.7 %
Rwork0.1997 40081 -
obs0.2011 42059 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 102.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→49.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8876 0 51 30 8957
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00599139
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.939212464
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05281414
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00721609
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.36515344
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-2.970.38341390.36732800X-RAY DIFFRACTION99.76
2.97-3.050.32891400.31072824X-RAY DIFFRACTION99.9
3.05-3.140.32741380.28892798X-RAY DIFFRACTION100
3.14-3.240.26431400.2472821X-RAY DIFFRACTION99.97
3.24-3.360.30561410.22482836X-RAY DIFFRACTION99.87
3.36-3.490.24951380.21092798X-RAY DIFFRACTION100
3.49-3.650.24151420.20532860X-RAY DIFFRACTION99.9
3.65-3.850.20931380.18842825X-RAY DIFFRACTION99.93
3.85-4.090.20221400.17632841X-RAY DIFFRACTION100
4.09-4.40.19481410.16212868X-RAY DIFFRACTION100
4.4-4.840.18211420.15292863X-RAY DIFFRACTION99.97
4.84-5.550.18181440.17262910X-RAY DIFFRACTION100
5.55-6.980.26761440.22432937X-RAY DIFFRACTION100
6.98-49.280.24391510.20623100X-RAY DIFFRACTION99.63
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.583951245280.140067721447-0.1580614760772.496626501720.5257514781532.205510143050.05799587017650.120426857165-0.0392660018475-0.08361707101420.0050589296180.05746595732070.2082783036390.2145323070634.64685769085E-50.4542505941060.0956398704758-0.008997265818270.6178727228650.005410079641680.47586332468-25.79546570265.97780845652-38.6640764189
20.5332754923410.2461872029390.9068935344810.7728867974750.5600230107451.727793124910.16307722139-0.215472590830.244947844305-0.701806812013-0.04769931379390.4586734711340.28465311494-0.04140109761692.34724088371E-60.7935356892580.0137152688848-0.05268473566640.746759768976-0.08214180676590.739070060988-39.23598416088.4374083094-56.7224800703
32.57226148738-1.41703784951-0.4829474655162.901148705080.2548424397571.32443580554-0.169350595906-0.271487477794-0.4107591271030.06558386593470.1634363464260.3144139466580.0731193859045-0.170498801489-0.03875687003850.398586073439-0.05861031098280.0232868852390.5742803528490.1029449599750.578366210671-61.20671403146.46262063651-24.5142412392
40.668240467437-0.2506438019940.1568376363471.245692716950.6273392444251.1340351082-0.0113349252493-1.085147209970.01095215141920.2051931590630.329443961615-0.1334654560780.0298214373529-0.6807589137940.2139351440390.6278893448510.2235396555050.05519114741291.261937521810.249525093160.677966978982-47.93771340354.25367989904-6.55263518674
52.50350392667-0.1092980379-0.05221639476531.27639296392-1.535493572072.41763152281-0.181677760998-0.5939644523440.1354937798970.5226934913950.2117511347540.0481879925855-0.491045748046-0.009406367264130.1091482621760.8804674391320.282737385624-0.09171319127530.931957456731-0.01867779147310.610048085891-19.99256583281.080456454974.48285645127
60.989002865029-0.4910910262840.5426647743320.462503992477-0.2147658609540.5253273942820.386398488737-0.6593127208070.370181587820.08284569421940.2425142115490.709573508803-1.37739944189-0.9796617190940.3040504186121.590421756770.2864708459130.1969809463861.21353916525-0.2718616147260.926915708394-28.245515357616.327979626917.9277134471
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 2 through 314)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 78 through 156)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 2 through 314)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D' and resid 79 through 157)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain 'E' and resid 5 through 313)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain 'F' and resid 79 through 157)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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