PDB-6x9g: Structure of the malonate-bound form of ArrX from Chrysiogenes ar...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6x9g

タイトル

Structure of the malonate-bound form of ArrX from Chrysiogenes arsenatis

要素

ArrX

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Periplasmic binding protein

機能・相同性

MALONATE ION

機能・相同性情報

生物種

Chrysiogenes arsenatis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.68 Å

データ登録者

Maher, M.J. / Poddar, N.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2021
タイトル: Structural and Functional Investigation of the Periplasmic Arsenate-Binding Protein ArrX from Chrysiogenes arsenatis .
著者: Poddar, N. / Badilla, C. / Maghool, S. / Osborne, T.H. / Santini, J.M. / Maher, M.J.

履歴

登録	2020年6月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年2月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年2月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6x9g.cif.gz	74.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6x9g.ent.gz	51.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6x9g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6x9g_validation.pdf.gz	442 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6x9g_full_validation.pdf.gz	443.7 KB	表示
XML形式データ	6x9g_validation.xml.gz	14 KB	表示
CIF形式データ	6x9g_validation.cif.gz	20 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x9/6x9g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x9/6x9g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6x6bSC 6x8wC 6xabC 6xadC 6xl2C 7l22C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7l22-d 6x6b-d 6x8w-d 5lq1-1 5aaf-d 5ayg-1 3d15-d 4ueu-d 6eu7-1 4zjr-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ArrX

ヘテロ分子

34.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.406, 55.602, 91.440
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	ArrX 分子量: 34338.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chrysiogenes arsenatis (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト分子量: 102.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₂O₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7 / 詳細: 0.1 M sodium malonate pH 6.7, 18% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95372 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.68→47.51 Å / Num. obs: 31216 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.7 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 15.6
反射シェル	解像度: 1.68→1.71 Å / Num. unique obs: 1496 / CC_1/2: 0.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0253	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6X6B

6x6b

解像度: 1.68→47.508 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU B: 1.953 / SU ML: 0.065 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.099 / ESU R Free: 0.096 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2007	1529	4.907 %
R_work	0.1704	29630	-
all	0.172	-	-
obs	-	29630	99.734 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.632 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.178 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.624 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.446 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.68→47.508 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2030	0	7	207	2244

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.013	2182
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2035
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.27	1.647	2986
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.302	1.566	4722
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.806	5	289
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.01	20.787	127
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.112	15	368
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.681	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.066	0.2	285
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	2499
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	500
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.193	0.2	411
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.171	0.2	1927
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.163	0.2	1056
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.092	0.2	894
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.257	0.2	170
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.02	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.153	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.201	0.2	54
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.197	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.064	2.091	1057
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.061	2.088	1056
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.745	3.129	1328
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.745	3.132	1329
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.77	2.355	1125
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.769	2.353	1122
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.816	3.443	1641
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.815	3.444	1642
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.148	40.428	9215
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.839	39.98	9042

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.679-1.722	0.267	112	0.236	2092	0.237	2265	0.864	0.876	97.3068	0.219
1.722-1.769	0.212	108	0.206	2100	0.206	2209	0.909	0.918	99.9547	0.187
1.769-1.821	0.218	94	0.193	2070	0.194	2165	0.936	0.926	99.9538	0.175
1.821-1.877	0.191	105	0.181	1998	0.182	2103	0.93	0.942	100	0.162
1.877-1.938	0.231	109	0.176	1917	0.178	2027	0.927	0.95	99.9507	0.157
1.938-2.006	0.209	90	0.175	1875	0.176	1965	0.942	0.949	100	0.157
2.006-2.082	0.216	83	0.17	1818	0.172	1901	0.938	0.95	100	0.155
2.082-2.166	0.203	99	0.163	1736	0.165	1835	0.953	0.96	100	0.146
2.166-2.262	0.213	100	0.173	1656	0.175	1757	0.937	0.954	99.9431	0.153
2.262-2.373	0.169	94	0.163	1604	0.163	1698	0.964	0.965	100	0.148
2.373-2.501	0.156	88	0.169	1532	0.168	1621	0.968	0.963	99.9383	0.155
2.501-2.652	0.241	78	0.169	1442	0.173	1522	0.933	0.951	99.8686	0.157
2.652-2.834	0.178	62	0.17	1380	0.171	1445	0.961	0.961	99.7924	0.161
2.834-3.06	0.182	75	0.16	1278	0.162	1353	0.962	0.965	100	0.157
3.06-3.351	0.199	54	0.171	1176	0.172	1231	0.954	0.961	99.9188	0.171
3.351-3.744	0.192	41	0.16	1109	0.161	1150	0.962	0.968	100	0.164
3.744-4.319	0.159	40	0.154	968	0.154	1008	0.974	0.973	100	0.163
4.319-5.279	0.186	42	0.147	820	0.149	865	0.972	0.975	99.6532	0.159
5.279-7.42	0.241	33	0.204	657	0.206	694	0.949	0.965	99.4236	0.214
7.42-47.508	0.32	22	0.185	401	0.192	427	0.942	0.961	99.0632	0.213

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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