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- PDB-6x9f: Pseudomonas aeruginosa MurC with AZ8074 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6x9f
タイトルPseudomonas aeruginosa MurC with AZ8074
要素UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase
キーワードLIGASE / MurC / AZ8074 / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-N-acetylmuramate-L-alanine ligase / UDP-N-acetylmuramate-L-alanine ligase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell division / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase / : / Mur ligase, N-terminal catalytic domain / Mur ligase family, catalytic domain / Mur ligase, C-terminal / Mur ligase, C-terminal domain superfamily / Mur ligase, glutamate ligase domain / Mur ligase, central / Mur-like, catalytic domain superfamily / Mur ligase middle domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-UXP / UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Horanyi, P.S. / Mayclin, S.J. / Durand-Reville, T.F. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Pseudomonas aeruginosa MurC with AZ8074
著者: Horanyi, P.S. / Mayclin, S.J. / Durand-Reville, T.F. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2020年6月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase
B: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase
C: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase
D: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase
E: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase
F: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase
G: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase
H: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)409,25066
ポリマ-403,2358
非ポリマー6,01458
10,557586
1
A: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,1478
ポリマ-50,4041
非ポリマー7437
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,52213
ポリマ-50,4041
非ポリマー1,11712
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,0697
ポリマ-50,4041
非ポリマー6656
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,1999
ポリマ-50,4041
非ポリマー7948
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,1999
ポリマ-50,4041
非ポリマー7948
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,0597
ポリマ-50,4041
非ポリマー6546
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
G: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,9976
ポリマ-50,4041
非ポリマー5925
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
H: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,0597
ポリマ-50,4041
非ポリマー6546
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)284.690, 109.050, 108.200
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.260, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine synthetase


分子量: 50404.387 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: murC, PA4411
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q9HW02, UDP-N-acetylmuramate-L-alanine ligase

-
非ポリマー , 5種, 644分子

#2: 化合物
ChemComp-UXP / [(2R)-1-{4-[(5-cyclopropyl-1H-pyrazol-3-yl)amino]-2H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-6-yl}piperidin-2-yl]methanol


分子量: 354.410 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / : C17H22N8O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 合成 / : C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / : C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / : Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 586 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.18 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Morpheus A2, 60mM Divalents, (0.3M Magnesium chloride hexahydrate; 0.3M Calcium chloride dehydrate), 100mM Imidazole; MES monohydrate (acid), 20% v/v Ethylene glycol; 10 % w/v PEG 8000. 1mM ...詳細: Morpheus A2, 60mM Divalents, (0.3M Magnesium chloride hexahydrate; 0.3M Calcium chloride dehydrate), 100mM Imidazole; MES monohydrate (acid), 20% v/v Ethylene glycol; 10 % w/v PEG 8000. 1mM compound was soaked over 4 days

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→47.67 Å / Num. obs: 126323 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.216 % / Biso Wilson estimate: 48.651 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rrim(I) all: 0.077 / Χ2: 1.026 / Net I/σ(I): 11.42 / Num. measured all: 406260 / Scaling rejects: 17
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.35-2.413.2350.5842.0429938936792540.8280.70198.8
2.41-2.483.2380.4822.4629220912590230.8810.57998.9
2.48-2.553.2380.3992.9428699896288620.9110.47998.9
2.55-2.633.240.3153.6227700863985490.9440.37899
2.63-2.713.2270.2674.326815839983090.9560.32198.9
2.71-2.813.2370.2045.4725852806779870.9730.24599
2.81-2.913.2340.1656.5625148785477770.9810.19799
2.91-3.033.2220.1278.1124111755074830.990.15299.1
3.03-3.173.2280.1059.7623257726272050.9910.12699.2
3.17-3.323.2190.07612.7422074692768570.9950.09199
3.32-3.53.2060.06114.9320855656465040.9970.07399.1
3.5-3.723.2080.0517.619907625762060.9980.0699.2
3.72-3.973.20.04320.118543584257940.9980.05199.2
3.97-4.293.1960.03622.6717335546254240.9980.04499.3
4.29-4.73.2050.03225.0916179508050480.9980.03999.4
4.7-5.253.1940.03125.5614515457045440.9990.03899.4
5.25-6.073.1910.03423.4212778404440040.9990.04199
6.07-7.433.1640.03125.1310702341133820.9990.03799.1
7.43-10.513.1210.02430.998309267926620.9990.02999.4
10.51-47.672.9830.02431.814323152214490.9990.02995.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXPHENIX (dev_2733: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5vvw
解像度: 2.35→47.67 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.7 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2185 1999 1.59 %
Rwork0.1834 124105 -
obs0.184 126104 98.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 130.79 Å2 / Biso mean: 48.6931 Å2 / Biso min: 21.67 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.35→47.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17873 0 393 586 18852
Biso mean--66.81 50.41 -
残基数----2434
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.35-2.410.38861370.29158782891999
2.41-2.470.28791380.26838763890199
2.47-2.550.22941460.2438859900599
2.55-2.630.27811390.238840897999
2.63-2.720.2441440.21468821896599
2.72-2.830.2411440.20888807895199
2.83-2.960.2651410.2058868900999
2.96-3.120.2471430.20238884902799
3.12-3.310.26741390.19818871901099
3.31-3.570.2281490.198861901099
3.57-3.930.22531350.16578931906699
3.93-4.490.20451500.14189439093100
4.49-5.660.14181480.14918957910599
5.66-47.670.17571460.16838918906498
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.01141.499-3.59588.07750.98337.65630.0868-0.0584-0.82570.3809-0.22850.40620.5402-0.46830.19730.3849-0.0439-0.09350.37760.13850.3895-32.9279.685-34.704
23.76120.8621-1.50072.6689-1.60794.829-0.0510.0287-0.1890.1198-0.10330.1199-0.1437-0.16140.16110.35290.0695-0.04160.35740.03840.2596-32.26921.757-45.803
33.0567-0.33330.15751.2746-0.00432.63-0.0390.30010.1080.0129-0.0271-0.1003-0.0156-0.0790.04880.40610.0167-0.07960.42420.1060.2648-32.31634.194-60.795
47.2447-3.6648-0.22328.6229-2.79356.4703-0.2798-1.0195-0.18050.67440.29240.04240.2654-0.15960.02510.3807-0.03320.00970.4389-0.05060.3249-37.63-23.33434.494
51.4859-0.84780.57275.7126-2.08932.5442-0.0914-0.09-0.05090.25960.1899-0.04790.11640.086-0.10330.3126-0.00790.03090.3466-0.1260.2918-30.268-12.36624.727
63.1498-0.12610.31183.8779-0.79221.77-0.07260.06740.01090.1901-0.0199-0.36770.0946-0.01620.0810.2764-0.072-0.00560.3211-0.09990.2723-15.448-3.42215.483
75.96390.17830.89874.3488-0.09322.8333-0.1627-0.18850.44730.21310.01260.0274-0.2242-0.23120.18320.2709-0.0677-0.01550.2716-0.04420.3053-28.0099.17314.886
82.40210.2849-3.38147.64060.43876.5551-0.0823-0.234-0.82510.34620.07980.42120.6931-0.3183-0.05370.4291-0.0294-0.11010.3657-0.01620.5044-52.264-44.8814.629
92.65520.0318-1.74951.6437-0.60613.3481-0.12760.1389-0.22430.00220.03990.1913-0.0509-0.27650.07310.3542-0.0317-0.05620.2931-0.07670.3024-51.338-32.734-6.601
104.3156-0.2869-0.75391.6233-0.48992.4659-0.09660.4153-0.00810.02-0.01540.03720.0815-0.27160.12730.3624-0.0202-0.10220.3609-0.06680.2329-51.423-20.24-21.331
115.0865-1.98180.30338.2466-0.87648.8271-0.0120.24490.6104-0.285-0.08740.0825-0.726-0.17310.09970.2705-0.0397-0.03140.3289-0.02330.4405-50.8563.6350.264
121.61260.5037-0.41842.6141-1.76215.4559-0.10380.0479-0.0691-0.09040.01110.1873-0.1519-0.22020.07350.2254-0.02740.03670.3053-0.08620.3116-57.871-8.5398.721
133.07010.53110.60071.44820.44234.199-0.0037-0.2254-0.1090.00030.008-0.1488-0.0624-0.3427-0.00680.23540.00430.0570.3897-0.0110.3967-68.405-21.09719.413
147.43583.005-1.28837.04180.28346.7289-0.02920.45530.0623-0.3738-0.0013-0.3039-0.14670.3099-0.02050.25520.0354-0.03470.2867-0.01740.2317-19.077-17.575-10.355
150.88071.322-0.72544.7965-1.69081.9073-0.080.05480.0048-0.01470.1288-0.0819-0.00320.1681-0.07120.3270.0262-0.0160.3407-0.10.2909-20.752-28.5951.934
162.64740.00750.58433.86510.09622.13490.03310.0338-0.0679-0.0578-0.0203-0.2369-0.0503-0.0275-0.03040.32310.0602-0.0040.2873-0.02860.2818-20.217-42.6915.45
177.0257-3.5273-0.57195.8103-1.87558.6995-0.1889-0.734-0.08620.31190.0238-0.0990.5695-0.16180.08930.36-0.14110.03090.40590.03750.3069-18.34631.041-4.746
181.8389-0.38440.236.0169-2.25152.6369-0.1418-0.14110.1015-0.01570.0763-0.14970.0341-0.00440.08330.2404-0.04730.04860.2475-0.02320.2509-10.72941.964-14.555
193.4219-0.68050.37983.503-0.16972.0704-0.10970.08090.25420.003-0.0215-0.06250.0479-0.14250.1440.3052-0.1049-0.00170.27730.06430.3233-0.96356.038-24.276
204.7243-1.03812.85996.8236-1.22888.68-0.15480.32850.7223-0.6006-0.15520.2896-0.8102-0.12950.26730.4151-0.0022-0.02420.36920.11030.5097-31.61658.132-39.058
211.44580.7975-1.06952.9346-2.02676.2043-0.03670.19710.1494-0.1777-0.01320.1875-0.1304-0.41540.06460.24810.00760.01220.35140.01010.3597-38.51146.067-30.533
222.35390.54470.18091.5827-0.18485.54160.0748-0.052-0.0282-0.0099-0.05230.0051-0.1872-0.37670.00920.2102-0.00380.05270.36640.03260.3674-49.0333.366-20.051
235.08643.071-1.44118.7981.18767.05020.10330.63690.3725-0.28580.1835-0.5381-0.49830.404-0.28910.41530.02130.01070.56630.19780.38890.17236.873-49.988
243.05531.3584-0.66255.2753-1.00851.74640.01490.0310.05440.02280.0861-0.0698-0.13380.1917-0.09080.31590.0286-0.01610.34920.07770.195-1.44125.85-37.663
252.17060.63570.79433.18040.2181.85190.03090.0674-0.04890.03260.065-0.14830.0087-0.0009-0.09750.27750.05650.00590.2980.10890.2495-0.75611.899-23.992
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 8:81 )A8 - 81
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 82:170 )A82 - 170
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 171:311 )A171 - 311
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND RESID 8:81 )B8 - 81
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN B AND RESID 82:170 )B82 - 170
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN B AND RESID 171:257 )B171 - 257
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN B AND RESID 258:311 )B258 - 311
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN C AND RESID 8:81 )C8 - 81
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN C AND RESID 82:170 )C82 - 170
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN C AND RESID 171:312 )C171 - 312
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN D AND RESID 8:81 )D8 - 81
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN D AND RESID 82:170 )D82 - 170
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN D AND RESID 171:311 )D171 - 311
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN E AND RESID 8:81 )E8 - 81
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN E AND RESID 82:170 )E82 - 170
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN E AND RESID 171:311 )E171 - 311
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN F AND RESID 8:81 )F8 - 81
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN F AND RESID 82:170 )F82 - 170
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN F AND RESID 171:312 )F171 - 312
20X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN G AND RESID 8:81 )G8 - 81
21X-RAY DIFFRACTION21( CHAIN G AND RESID 82:170 )G82 - 170
22X-RAY DIFFRACTION22( CHAIN G AND RESID 171:311 )G171 - 311
23X-RAY DIFFRACTION23( CHAIN H AND RESID 8:81 )H8 - 81
24X-RAY DIFFRACTION24( CHAIN H AND RESID 82:170 )H82 - 170
25X-RAY DIFFRACTION25( CHAIN H AND RESID 171:311 )H171 - 311

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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