PDB-6x8w: Structure of ArrX Y138A mutant protein bound to sulfate from Chry...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6x8w

タイトル

Structure of ArrX Y138A mutant protein bound to sulfate from Chrysiogenes arsenatis

要素

ArrX

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Periplasmic binding protein

生物種

Chrysiogenes arsenatis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.972 Å

データ登録者

Maher, M.J. / Poddar, N.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2021
タイトル: Structural and Functional Investigation of the Periplasmic Arsenate-Binding Protein ArrX from Chrysiogenes arsenatis .
著者: Poddar, N. / Badilla, C. / Maghool, S. / Osborne, T.H. / Santini, J.M. / Maher, M.J.

履歴

登録	2020年6月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年2月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年2月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6x8w.cif.gz	70.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6x8w.ent.gz	48.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6x8w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6x8w_validation.pdf.gz	434.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6x8w_full_validation.pdf.gz	435.9 KB	表示
XML形式データ	6x8w_validation.xml.gz	12.1 KB	表示
CIF形式データ	6x8w_validation.cif.gz	16.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x8/6x8w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x8/6x8w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6x6bSC 6x9gC 6xabC 6xadC 6xl2C 7l22C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7l22-d 6x6b-d 6x9g-d 4zjr-3 6br3-3 5lq1-1 6o98-2 3daj-d 6eu7-1 5lv1-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ArrX

ヘテロ分子

32 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.153, 53.492, 90.184
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	ArrX 分子量: 31760.098 Da / 分子数: 1 / 変異: Y138A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chrysiogenes arsenatis (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.06 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.7 詳細: 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.7, 27% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.97→46.01 Å / Num. obs: 18755 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.6 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 11
反射シェル	解像度: 1.97→2.02 Å / Num. unique obs: 1266 / CC_1/2: 0.802

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0253	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6X6B

6x6b

解像度: 1.972→46.008 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU B: 4.154 / SU ML: 0.115 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.17 / ESU R Free: 0.145 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.207	970	5.185 %
R_work	0.1746	17737	-
all	0.176	-	-
obs	-	17737	99.792 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.71 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.065 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.526 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.539 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.972→46.008 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2013	0	15	85	2113

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	2110
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1960
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.434	1.643	2875
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.301	1.568	4535
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.701	5	268
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.887	21.008	119
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.142	15	351
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.96	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	274
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2385
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	472
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.192	0.2	418
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.175	0.2	1826
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.165	0.2	1050
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	971
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.212	0.2	106
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.075	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.187	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.203	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.466	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.648	2.794	1036
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.646	2.792	1035
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.332	4.184	1298
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.333	4.186	1299
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.817	3.226	1074
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.748	3.214	1063
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.282	4.684	1571
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.279	4.668	1554
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.699	54.613	8856
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.57	54.586	8823

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.972-2.023	0.245	69	0.234	1255	0.234	1359	0.902	0.888	97.4246	0.233
2.023-2.078	0.216	75	0.219	1233	0.219	1308	0.897	0.891	100	0.219
2.078-2.138	0.263	83	0.211	1229	0.214	1312	0.851	0.903	100	0.208
2.138-2.204	0.226	59	0.192	1171	0.194	1230	0.907	0.908	100	0.189
2.204-2.276	0.223	80	0.186	1140	0.189	1220	0.927	0.917	100	0.181
2.276-2.356	0.248	64	0.173	1116	0.177	1180	0.905	0.932	100	0.165
2.356-2.444	0.208	59	0.168	1101	0.17	1160	0.928	0.937	100	0.155
2.444-2.544	0.186	46	0.176	1047	0.177	1093	0.947	0.934	100	0.16
2.544-2.656	0.213	58	0.179	996	0.181	1054	0.912	0.936	100	0.15
2.656-2.786	0.239	37	0.186	971	0.188	1009	0.917	0.943	99.9009	0.15
2.786-2.936	0.19	59	0.171	908	0.172	967	0.912	0.947	100	0.141
2.936-3.113	0.246	46	0.177	875	0.18	921	0.932	0.944	100	0.139
3.113-3.327	0.248	42	0.186	822	0.189	865	0.922	0.943	99.8844	0.154
3.327-3.592	0.181	47	0.17	766	0.17	813	0.958	0.954	100	0.147
3.592-3.932	0.177	33	0.151	713	0.152	746	0.96	0.968	100	0.137
3.932-4.392	0.17	37	0.14	649	0.142	686	0.969	0.978	100	0.132
4.392-5.064	0.159	27	0.144	578	0.145	605	0.978	0.974	100	0.137
5.064-6.184	0.237	15	0.19	513	0.191	528	0.978	0.965	100	0.177
6.184-8.667	0.193	20	0.18	402	0.181	422	0.964	0.969	100	0.174
8.667-46.008	0.216	14	0.181	252	0.183	268	0.95	0.971	99.2537	0.204

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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