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- PDB-6x8n: Crystal Structure of H49A ABLE mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6x8n
タイトルCrystal Structure of H49A ABLE mutant
要素De novo designed ABLE protein
キーワードDE NOVO PROTEIN / 4-helix bundle / de novo / ligand-binding
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Polizzi, N.F.
資金援助2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)
National Science Foundation (NSF, United States)
引用ジャーナル: Science / 年: 2020
タイトル: A defined structural unit enables de novo design of small-molecule-binding proteins.
著者: Polizzi, N.F. / DeGrado, W.F.
履歴
登録2020年6月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: De novo designed ABLE protein
B: De novo designed ABLE protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5012
ポリマ－27,5012
非ポリマー00
水4,738263
1
A: De novo designed ABLE protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7501
ポリマ－13,7501
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: De novo designed ABLE protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7501
ポリマ－13,7501
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.750, 46.440, 47.000
Angle α, β, γ (deg.)90.130, 117.660, 106.890
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 De novo designed ABLE protein


分子量: 13750.420 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pET11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 263 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.58 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: 0.03 M Citric acid, 0.07 M BIS-TRIS propane / pH 7.6 with 20% w/v Polyethylene glycol 3,350 (Hampton PEG/Ion 2 screen condition 40)

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.04457 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.04457 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→43.851 Å / Num. obs: 32545 / % possible obs: 94.73 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 7.91
反射 シェル解像度: 1.6→1.657 Å / Num. unique obs: 3202 / CC1/2: 0.612

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: apo ABLE

解像度: 1.6→43.851 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 33.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2404 1381 4.25 %
Rwork0.2052 31098 -
obs0.2067 32479 94.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 114.94 Å2 / Biso mean: 35.8251 Å2 / Biso min: 16.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→43.851 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1885 0 0 263 2148
Biso mean---39.56 -
残基数----252
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.6-1.65720.42891310.3819306893
1.6572-1.72360.41881310.3417307294
1.7236-1.8020.32431420.3019311195
1.802-1.8970.35661460.2759310795
1.897-2.01590.33061340.2577310994
2.0159-2.17150.23921370.2128313096
2.1715-2.390.21681380.1872305393
2.39-2.73580.19181370.1749318296
2.7358-3.44670.20011420.1781313396
3.4467-43.8510.22451430.1782313395

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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