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- PDB-6x7q: Chloramphenicol acetyltransferase type III in complex with chlora... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6x7q
タイトルChloramphenicol acetyltransferase type III in complex with chloramphenicol and acetyl-oxa(dethia)-CoA
要素Chloramphenicol acetyltransferase 3
キーワードTRANSFERASE / Chloramphenicol acetyltransferase / Antibiotic resistance
機能・相同性
機能・相同性情報


chloramphenicol O-acetyltransferase activity / chloramphenicol O-acetyltransferase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Chloramphenicol acetyltransferase, active site / Chloramphenicol acetyltransferase active site. / Chloramphenicol acetyltransferase / Chloramphenicol acetyltransferase / Chloramphenicol acetyltransferase / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CHLORAMPHENICOL / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / acetyl-oxa(dethia)-CoA / Chloramphenicol acetyltransferase 3
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.68 Å
データ登録者Benjamin, A.B. / Stunkard, L.M. / Ling, J. / Nice, J.N. / Lohman, J.R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM140290 米国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2023
タイトル: Structures of chloramphenicol acetyltransferase III and Escherichia coli beta-keto-acylsynthase III co-crystallized with partially hydrolysed acetyl-oxa(de-thia)CoA
著者: Benjamin, A.B. / Stunkard, L.M. / Ling, J. / Nice, J.N. / Lohman, J.R.
履歴
登録2020年5月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02022年7月20日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / database_2 ...atom_site / database_2 / entity / entity_poly / entity_poly_seq / pdbx_audit_support / pdbx_contact_author / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_planes / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_symm_contact / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / software / struct_asym / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_poly_seq.mon_id / _pdbx_contact_author.id / _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_special_symmetry.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id / _pdbx_validate_torsion.phi / _pdbx_validate_torsion.psi / _refine.B_iso_max / _refine.B_iso_mean / _refine.B_iso_min / _refine.aniso_B[1][1] / _refine.aniso_B[1][2] / _refine.aniso_B[1][3] / _refine.aniso_B[2][2] / _refine.aniso_B[2][3] / _refine.aniso_B[3][3] / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_percent_reflns_obs / _refine.ls_wR_factor_R_free / _refine.ls_wR_factor_R_work / _refine.overall_FOM_work_R_set / _refine.overall_SU_B / _refine.overall_SU_ML / _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI / _refine.overall_SU_R_free / _refine.pdbx_overall_ESU_R / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_ligand / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_solvent / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _refine_ls_shell.number_reflns_R_work / _refine_ls_shell.percent_reflns_obs / _software.classification / _software.name / _software.version / _struct_asym.entity_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_beg
解説: Sequence discrepancy
詳細: N-terminal residues from cloning artifacts were improperly modeled
Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12023年3月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chloramphenicol acetyltransferase 3
B: Chloramphenicol acetyltransferase 3
C: Chloramphenicol acetyltransferase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,05613
ポリマ－75,2743
非ポリマー3,78110
水14,520806
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9960 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area25740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.918, 106.918, 126.596
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-303-

ZN

21A-624-

HOH

31B-666-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Chloramphenicol acetyltransferase 3 / Chloramphenicol acetyltransferase III / CAT-III


分子量: 25091.480 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: cat3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P00484, chloramphenicol O-acetyltransferase

-
非ポリマー , 6種, 816分子

#2: 化合物 ChemComp-UTA / acetyl-oxa(dethia)-CoA / (3R,5R,9R)-1-[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-4-hydroxy-3-(phosphonooxy)tetrahydrofuran-2-yl]-3,5,9-trihydroxy-8,8-dimethyl-3,5-dioxido-10,14-dioxo-2,4,6-trioxa-11,15-diaza-3lambda~5~,5lambda~5~-diphosphaheptadecan-17-yl acetate


分子量: 793.505 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H38N7O18P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-CLM / CHLORAMPHENICOL


分子量: 323.129 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H12Cl2N2O5 / コメント: 抗生剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 806 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.05 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 100 mM magnesium chloride, 100 mM sodium citrate:citric acid, pH 5.5, 46% PEG400
Temp details: Room Temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Ambient temp details: liquid nitrogen / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年4月5日
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.68→50 Å / Num. obs: 84122 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.5 % / Biso Wilson estimate: 20.371 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.147 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.152 / Rsym value: 0.092 / Χ2: 1.047 / Net I/av σ(I): 19.583 / Net I/σ(I): 23.5
反射 シェル解像度: 1.68→1.74 Å / 冗長度: 14.3 % / Rmerge(I) obs: 1.261 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 8292 / CC1/2: 0.813 / CC star: 0.947 / Rpim(I) all: 0.343 / Rrim(I) all: 1.308 / Rsym value: 1.231 / Χ2: 1.001 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0352精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
ARP/wARPモデル構築
Cootモデル構築
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3CLA

3cla


解像度: 1.68→34.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / WRfactor Rfree: 0.192 / WRfactor Rwork: 0.1508 / FOM work R set: 0.8509 / SU B: 2.217 / SU ML: 0.071 / SU R Cruickshank DPI: 0.0945 / SU Rfree: 0.0981 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.095 / ESU R Free: 0.098 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2013 4005 4.8 %RANDOM
Rwork0.1592 ---
obs0.1612 80050 99.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 104.15 Å2 / Biso mean: 18.716 Å2 / Biso min: 8.69 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.01 Å2-0 Å2
3----0.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.68→34.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5276 0 236 809 6321
Biso mean--34.21 32.51 -
残基数----638
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0125900
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0165161
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6771.6728074
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5771.58212075
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3865700
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg8.9299.530
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.35910961
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2867
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.026679
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021257
LS精密化 シェル解像度: 1.68→1.722 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.267 278 -
Rwork0.266 5743 -
obs--98.33 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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