[日本語] English
万見
- PDB-6x7l: LnmK in complex with 2-nitronate-propionyl-CoA -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6x7l
タイトルLnmK in complex with 2-nitronate-propionyl-CoA
要素Bifunctional methylmalonyl-CoA:ACP acyltransferase/decarboxylase
キーワードtransferase/transferase inhibitor / transferase / lyase / inhibitor / isostere / transferase-transferase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


S-acyltransferase activity
類似検索 - 分子機能
: / LnmK, N-terminal / LnmK N-terminal Hot Dog Fold domain / Hotdog Thioesterase / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / HotDog domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ALANINE / Chem-KFV / Conserved hypthetical protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces atroolivaceus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.77 Å
データ登録者Stunkard, L.M. / Kick, B.J. / Lohman, J.R.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2021
タイトル: Structures of LnmK, a Bifunctional Acyltransferase/Decarboxylase, with Substrate Analogues Reveal the Basis for Selectivity and Stereospecificity.
著者: Stunkard, L.M. / Kick, B.J. / Lohman, J.R.
履歴
登録2020年5月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22021年2月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Bifunctional methylmalonyl-CoA:ACP acyltransferase/decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,9139
ポリマ－35,3801
非ポリマー1,5338
水5,621312
1
A: Bifunctional methylmalonyl-CoA:ACP acyltransferase/decarboxylase
ヘテロ分子

A: Bifunctional methylmalonyl-CoA:ACP acyltransferase/decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,82718
ポリマ－70,7612
非ポリマー3,06616
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_555x,x-y,-z+1/61
Buried area5820 Å2
ΔGint-175 kcal/mol
Surface area23380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.975, 60.975, 310.859
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

-
要素

#1: タンパク質 Bifunctional methylmalonyl-CoA:ACP acyltransferase/decarboxylase


分子量: 35380.387 Da / 分子数: 1 / 変異: M1S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces atroolivaceus (バクテリア)
遺伝子: LnmK / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8GGP1
#2: 化合物 ChemComp-ALA / ALANINE / アラニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 89.093 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO2
#3: 化合物 ChemComp-KFV / [1-[2-[3-[[(2~{R})-4-[[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-oxidanyl-3-phosphonooxy-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-3,3-dimethyl-2-oxidanyl-butanoyl]amino]propanoylamino]ethylsulfanyl]-1-oxidanylidene-propan-2-ylidene]-bis(oxidanidyl)azanium


分子量: 867.587 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H38N8O19P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 312 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.11 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 150 mM lithium sulfate, 100 mM Bis-Tris pH 7.0, 28% PEG 3350
Temp details: room temperature

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Ambient temp details: liquid nitrogen / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2016年2月17日 / 詳細: MD2 microdifractometer
回折測定詳細: 1.00 degrees, -1.0 sec, detector distance 180.26 mm / 手法: \w scans
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
ReflectionAv R equivalents: 0.079 / 数: 709330
反射解像度: 1.77→30 Å / Num. obs: 34783 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 20.4 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.081 / Rsym value: 0.079 / Χ2: 1.035 / Net I/av σ(I): 38.674 / Net I/σ(I): 11.1 / Num. measured all: 709330
反射 シェル解像度: 1.77→1.83 Å / 冗長度: 20.5 % / Rmerge(I) obs: 0.257 / Mean I/σ(I) obs: 14.583 / Num. unique obs: 3310 / Rsym value: 0.257 / % possible all: 98.3
Cell measurementReflection used: 709330

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4HZO

4hzo


解像度: 1.77→29.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 2.141 / SU ML: 0.069 / SU R Cruickshank DPI: 0.108 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.108 / ESU R Free: 0.106 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.199 1706 4.9 %RANDOM
Rwork0.1639 ---
obs0.1657 32959 99.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 95.75 Å2 / Biso mean: 23.525 Å2 / Biso min: 10.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.74 Å20.37 Å20 Å2
2--0.74 Å2-0 Å2
3----2.41 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.77→29.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2379 0 68 312 2759
Biso mean--40.01 33.53 -
残基数----303
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0132617
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172367
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8441.6663584
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.6661.5945450
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7495331
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.62919.264163
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.02215399
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.7821535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2322
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.023026
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02633
LS精密化 シェル解像度: 1.771→1.817 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.224 123 -
Rwork0.177 2297 -
all-2420 -
obs--97.74 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る