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万見
- PDB-6x7a: Crystal structure of acetyltransferase Eis from Mycobacterium tub... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6x7a
タイトルCrystal structure of acetyltransferase Eis from Mycobacterium tuberculosis in complex with inhibitor SGT572
要素N-acetyltransferase Eis
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE Inhibitor / Aminoglycoside / Drug resistance / Repurposing / Acetylation / Inhibitor / TRANSFERASE / TRANSFERASE-TRANSFERASE Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


effector-mediated defense to host-produced reactive oxygen species / symbiont-mediated perturbation of host inflammatory response / symbiont-mediated suppression of host defense-related programmed cell death / aminoglycoside antibiotic catabolic process / aminoglycoside N-acetyltransferase activity / symbiont-mediated perturbation of host innate immune response / Suppression of autophagy / symbiont-mediated perturbation of host programmed cell death / bacterial extracellular vesicle / biological process involved in interaction with host ...effector-mediated defense to host-produced reactive oxygen species / symbiont-mediated perturbation of host inflammatory response / symbiont-mediated suppression of host defense-related programmed cell death / aminoglycoside antibiotic catabolic process / aminoglycoside N-acetyltransferase activity / symbiont-mediated perturbation of host innate immune response / Suppression of autophagy / symbiont-mediated perturbation of host programmed cell death / bacterial extracellular vesicle / biological process involved in interaction with host / host cell cytoplasmic vesicle / N-acetyltransferase activity / peptide-lysine-N-acetyltransferase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / host extracellular space / response to antibiotic / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
N-acetyltransferase Eis / Enhanced intracellular survival protein domain / Eis-like, acetyltransferase domain / Sterol carrier protein domain / Acetyltransferase (GNAT) domain / Acetyltransferase (GNAT) domain / SCP2 sterol-binding domain superfamily / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Chem-UTD / N-acetyltransferase Eis
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.08 Å
データ登録者Punetha, A. / Garneau-Tsodikova, S. / Tsodikov, O.V.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI090048 米国
引用ジャーナル: Rsc Med Chem / 年: 2021
タイトル: Structure-based design of haloperidol analogues as inhibitors of acetyltransferase Eis from Mycobacterium tuberculosis to overcome kanamycin resistance
著者: Punetha, A. / Green, K.D. / Garzan, A. / Willby, M.J. / Pang, A.H. / Hou, C. / Holbrook, S.Y.L. / Krieger, K. / Posey, J.E. / Parish, T. / Tsodikov, O.V. / Garneau-Tsodikova, S.
履歴
登録2020年5月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: N-acetyltransferase Eis
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,29913
ポリマ－45,9991
非ポリマー1,30012
水6,251347
1
AAA: N-acetyltransferase Eis
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)283,79778
ポリマ－275,9956
非ポリマー7,80272
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
crystal symmetry operation5_556x-y,-y,-z+11
crystal symmetry operation6_556-x,-x+y,-z+11
Buried area39400 Å2
ΔGint-86 kcal/mol
Surface area85720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)175.108, 175.108, 123.740
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11AAA-866-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質 N-acetyltransferase Eis / Aminoglycoside N-acetyltransferase / Enhanced intracellular survival protein / Protein-lysine N- ...Aminoglycoside N-acetyltransferase / Enhanced intracellular survival protein / Protein-lysine N-acetyltransferase


分子量: 45999.113 Da / 分子数: 1 / 変異: C204A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: eis, Rv2416c, MTCY253.04 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P9WFK7, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの

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非ポリマー , 6種, 359分子

#2: 化合物 ChemComp-UTD / 4-(4-cyclohexyl-3,4-dihydro-2~{H}-pyridin-1-yl)-1-(4-$l^{2}-fluoranylcyclohexa-1,3,5-trien-1-yl)butan-1-one / HPTP


分子量: 357.849 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H21ClFNO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 347 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.93 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 13% PEG 8000 and 0.4 M (NH4)2SO4, 5 mM kanamycin, 4 mM CoA. Kanamycin, CoA and (NH4)2SO4 were replaced by 0.5 mM inhibitor on soaking.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.08→50 Å / Num. obs: 43424 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.4 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 2.2
反射 シェル解像度: 2.08→2.12 Å / Rmerge(I) obs: 0.77 / Num. unique obs: 2160 / CC1/2: 0.85

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6X10

6x10


解像度: 2.08→40.003 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / WRfactor Rfree: 0.182 / WRfactor Rwork: 0.16 / SU B: 3.678 / SU ML: 0.093 / Average fsc free: 0.9263 / Average fsc work: 0.9291 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.129 / ESU R Free: 0.118 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.192 2138 4.931 %
Rwork0.1706 41221 -
all0.172 --
obs-43359 99.258 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 31.775 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.313 Å2-0.656 Å2-0 Å2
2---1.313 Å2-0 Å2
3---4.259 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.08→40.003 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3028 0 78 347 3453
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.0133167
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0172981
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.251.6544286
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1521.5756826
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7895389
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg26.01918.743183
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.29115481
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9061541
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0520.2396
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023562
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02745
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1820.2500
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1830.22631
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1530.21461
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0770.21465
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1410.2271
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1510.215
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1840.273
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1480.225
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3863.1341566
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3843.1341565
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4054.6891953
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.4054.6891954
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6513.4821601
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.6513.4841602
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8035.0682333
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.8025.072334
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it5.56637.353431
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other5.28736.5343342
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.08-2.1340.2521490.24930280.24932160.8310.82698.78730.222
2.134-2.1920.2311650.22329370.22331020.8780.8791000.197
2.192-2.2560.2491550.22628880.22730460.8730.87899.90150.198
2.256-2.3250.2431360.20527980.20729350.9020.90899.96590.176
2.325-2.4010.2171410.19227080.19428510.920.92299.92980.162
2.401-2.4850.2141230.18726370.18927970.9250.9398.67720.161
2.485-2.5780.2091420.18325140.18526580.9350.93899.92480.154
2.578-2.6830.1831300.18224330.18225700.9470.94599.72760.155
2.683-2.8020.2421080.18123590.18424680.9160.93799.95950.159
2.802-2.9380.1861060.17622550.17723660.9480.94999.78870.169
2.938-3.0960.21190.15921110.16122340.9490.95999.82090.141
3.096-3.2820.1871130.15220130.15421340.9610.96699.62510.137
3.282-3.5070.159850.14719150.14720150.9680.97299.25560.14
3.507-3.7860.151790.15217790.15218710.9710.97199.30520.147
3.786-4.1430.177900.15516090.15617230.9680.96498.60710.156
4.143-4.6260.169910.14414370.14515760.970.97396.95430.155
4.626-5.330.145760.13612800.13613940.9810.97797.2740.146
5.33-6.4990.221560.17811220.1811970.9570.96598.41270.192
6.499-9.0720.207440.1628700.1649360.9580.96397.64960.177
9.072-40.0030.192300.1915180.1915700.9580.96296.14040.219

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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