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- PDB-6x6u: WOR5 from Pyrococcus furiosus, taurine-bound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6x6u
タイトルWOR5 from Pyrococcus furiosus, taurine-bound
要素
  • Formaldehyde:ferredoxin oxidoreductase wor5
  • Oxidoreductase, Fe-S subunit
キーワードCYTOSOLIC PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


aldehyde ferredoxin oxidoreductase / oxidoreductase activity, acting on the aldehyde or oxo group of donors, iron-sulfur protein as acceptor / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / electron transfer activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, C-terminal / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, N-terminal / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, domain 2 / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, domain 3 / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase-like, C-terminal / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, N-terminal domain superfamily / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, domains 2 & 3 / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, N-terminal domain / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, N-terminal domain / 4Fe-4S binding domain ...Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, C-terminal / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, N-terminal / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, domain 2 / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, domain 3 / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase-like, C-terminal / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, N-terminal domain superfamily / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, domains 2 & 3 / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, N-terminal domain / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, N-terminal domain / 4Fe-4S binding domain / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / TUNGSTOPTERIN COFACTOR / IRON/SULFUR CLUSTER / 2-AMINOETHANESULFONIC ACID / Oxidoreductase, Fe-S subunit / aldehyde ferredoxin oxidoreductase
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus COM1 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.944 Å
データ登録者Lanzilotta, W.N. / Mathew, L.G.
引用ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 2022
タイトル: An unprecedented function for a tungsten-containing oxidoreductase.
著者: Mathew, L.G. / Haja, D.K. / Pritchett, C. / McCormick, W. / Zeineddine, R. / Fontenot, L.S. / Rivera, M.E. / Glushka, J. / Adams, M.W.W. / Lanzilotta, W.N.
履歴
登録2020年5月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Formaldehyde:ferredoxin oxidoreductase wor5
B: Oxidoreductase, Fe-S subunit
C: Formaldehyde:ferredoxin oxidoreductase wor5
D: Oxidoreductase, Fe-S subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)184,23832
ポリマ－177,5404
非ポリマー6,69928
水15,277848
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22440 Å2
ΔGint-435 kcal/mol
Surface area46700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.148, 127.501, 140.712
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Formaldehyde:ferredoxin oxidoreductase wor5


分子量: 69851.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus COM1 (古細菌) / 遺伝子: PFC_06635 / 発現宿主: Pyrococcus furiosus COM1 (古細菌) / 参照: UniProt: I6V2C3
#2: タンパク質 Oxidoreductase, Fe-S subunit


分子量: 18917.922 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus COM1 (古細菌) / 遺伝子: PFC_06630 / 発現宿主: Pyrococcus furiosus COM1 (古細菌) / 参照: UniProt: I6U881

-
非ポリマー , 7種, 876分子

#3: 化合物 ChemComp-PTE / TUNGSTOPTERIN COFACTOR


分子量: 1031.855 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H29MgN10O14P2S4W
#4: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-TAU / 2-AMINOETHANESULFONIC ACID / タウリン


分子量: 125.147 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H7NO3S
#7: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#8: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 848 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.37 %
結晶化温度: 298 K / 手法: counter-diffusion / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES sodium pH 7.5, 2% v/v Polyethylene glycol 400, 2.0 M Ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.944→50 Å / Num. obs: 300670 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 15 % / CC1/2: 0.986 / CC star: 0.996 / Rpim(I) all: 0.069 / Rrim(I) all: 0.293 / Net I/σ(I): 16.42
反射 シェル解像度: 2.02→2.1 Å / 冗長度: 11.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.97 / Num. unique obs: 27757 / CC1/2: 0.307 / CC star: 0.685 / Rpim(I) all: 0.318 / Rrim(I) all: 0.875 / % possible all: 87.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.944→38.162 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1963 2006 1.28 %
Rwork0.1704 --
obs0.1707 156696 94.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.944→38.162 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12528 0 56 848 13432
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01312938
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.87717615
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.410449
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0661913
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0082209
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.944-1.99240.3028980.29436976X-RAY DIFFRACTION61
1.9924-2.04630.28091300.26489920X-RAY DIFFRACTION86
2.0463-2.10650.29821380.23110586X-RAY DIFFRACTION92
2.1065-2.17450.24481420.209411062X-RAY DIFFRACTION96
2.1745-2.25220.23291500.198211313X-RAY DIFFRACTION98
2.2522-2.34240.21021430.18811405X-RAY DIFFRACTION98
2.3424-2.44890.23131530.182411526X-RAY DIFFRACTION99
2.4489-2.5780.21891470.176711481X-RAY DIFFRACTION99
2.578-2.73950.20711510.173211592X-RAY DIFFRACTION100
2.7395-2.95090.19591460.168511633X-RAY DIFFRACTION100
2.9509-3.24780.18381560.169811663X-RAY DIFFRACTION100
3.2478-3.71740.16351470.158211714X-RAY DIFFRACTION100
3.7174-4.68220.13311510.128911774X-RAY DIFFRACTION100
4.6822-38.1620.19261540.145812045X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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