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万見
- PDB-6x6n: NMR structure of the putative GTPase-Activating (GAP) domain of VopE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6x6n
タイトルNMR structure of the putative GTPase-Activating (GAP) domain of VopE
要素Outer membrane virulence protein yopE
キーワードTOXIN / GTPase / GAP / ToxGAP / mitochondria / Miro / Vibrio cholerae
機能・相同性Virulence factor YopE, GAP domain / Virulence factor YopE, GAP domain superfamily / Yersinia virulence determinant (YopE) / Outer membrane virulence protein yopE
機能・相同性情報
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法溶液NMR / 溶液散乱 / simulated annealing
データ登録者Smith, K.P. / Lee, W. / Tonelli, M.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41 GM103399 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41 GM66326 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32GM008382
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)NCI-CCSG-P30-CA060553
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-06CH11357
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2022
タイトル: Solution structure and dynamics of the mitochondrial-targeted GTPase-activating protein (GAP) VopE by an integrated NMR/SAXS approach.
著者: Smith, K.P. / Lee, W. / Tonelli, M. / Lee, Y. / Light, S.H. / Cornilescu, G. / Chakravarthy, S.
履歴
登録2020年5月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Outer membrane virulence protein yopE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9281
ポリマ－14,9281
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Outer membrane virulence protein yopE


分子量: 14927.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 遺伝子: yopE, ERS013201_01720
発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)
参照: UniProt: A0A655XAV0

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実験情報

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実験

実験
手法
溶液NMR
溶液散乱
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111anisotropic12D 1H-15N HSQC
121anisotropic13D HN(CA)CB
131anisotropic13D CBCA(CO)NH
141anisotropic13D HNCO
151anisotropic13D C(CO)NH
181anisotropic13D HBHA(CO)NH
171anisotropic13D (H)CCH-COSY
161anisotropic13D (H)CCH-TOCSY
191anisotropic12D 1H-13C HSQC
1101anisotropic12D Aromatic 1H-13C HSQC
1111anisotropic12D CBHD aromatic
1141anisotropic12D CBHDHE aromatic
1131anisotropic13D H(C)CH-TOCSY aromatic
1121isotropic22D ARTSY
1161anisotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
1181anisotropic13D 1H-15N NOESY
1171anisotropic13D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 0.960 mM [U-13C; U-15N] VopE GAP Domain, 10 mM HEPES pH 6.0, 150 mM sodium chloride, 0.5 mM TCEP, 10 v/v D2O, 90% H2O/10% D2O
Label: 13C_15N / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.960 mMVopE GAP Domain[U-13C; U-15N]1
10 mMHEPES pH 6.0natural abundance1
150 mMsodium chloridenatural abundance1
0.5 mMTCEPnatural abundance1
10 v/vD2Onatural abundance1
試料状態イオン強度: 150 mM / Label: 1 / pH: 6.0 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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データ収集

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Agilent Varian VNMRSAgilentVarian VNMRS6001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III7502
Soln scatterタイプ: neutron
Buffer name: 10 mM HEPES*HCl pH 7.4, 150 mM NaCl, 0.5 mM TCEP
Conc. range: 19.5 mg/ml / Data analysis software list: GNOM / Data reduction software list: GNOM / Detector specific: Dectris / 検出器タイプ: Pilatus 3X 1M / Mean guiner radius: 20.23 nm / Mean guiner radius esd: 0.09 nm / Num. of time frames: 640 / Protein length: 7.8 / Sample pH: 7.4 / Source beamline: APS / Source beamline instrument: 18D / Source class: Y / Source type: APS Beamline 18D / 温度: 298.15 K

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR4.2Variancollection
TopSpin3.5Bruker Biospincollection
NMRFAM-SPARKYWoonghee Lee, Marco Tonelli, John L Markleypeak picking
PONDEROSA-C/SWoonghee Lee, Jaime L. Stark, John L. Markleystructure calculation
TALOS-NCornilescu, Delaglio and Baxstructure calculation
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
PyMOLSchroedinger精密化
NMRFAM-SPARKYWoonghee Lee, Marco Tonelli, John L Markleychemical shift assignment
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 6
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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