PDB-6x6m: Peptide-bound structure of Marinomonas primoryensis peptide-bindi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6x6m

タイトル

Peptide-bound structure of Marinomonas primoryensis peptide-binding domain

要素

Antifreeze protein
peptide

キーワード

PROTEIN BINDING / peptide-binding domain / protein-binding domain

機能・相同性

機能・相同性情報

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Marinomonas primoryensis (バクテリア)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Guo, S. / Davies, P.L.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Molecular basis for a bacterial adhesins peptide-binding module
著者: Davies, P.L. / Guo, S.

履歴

登録	2020年5月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年9月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年4月3日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6x6m.cif.gz	348.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6x6m.ent.gz	250.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6x6m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x6/6x6m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x6/6x6m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6x5vC 6x5wC 6x6qC 58kgS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6x5v-d 5k8g-d 6x5w-d 6x6q-d 2298 3vgo-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Antifreeze protein

B: peptide

ヘテロ分子

54.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.240, 60.868, 63.609
Angle α, β, γ (deg.)	66.403, 72.742, 68.354
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

#1: タンパク質	Antifreeze protein 分子量: 52963.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Marinomonas primoryensis (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A1YIY3
#2: タンパク質・ペプチド	peptide 分子量: 436.372 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 447 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 20.14 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 4.6 詳細: ~0.1 M calcium chloride, ~0.1 M sodium acetate (pH 4.6), ~30% (w/v) PEG 400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→57.42 Å / Num. obs: 48424 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 23.98 Å² / R_merge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 12.8
反射シェル	解像度: 2→2.05 Å / R_merge(I) obs: 1.697 / Num. unique obs: 20688

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
xia2		データ削減
DIALS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 58kg

58kg

解像度: 1.9→57.39 Å / SU ML: 0.2053 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 24.9194
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2185	2453	5.07 %
R_work	0.1958	45924	-
obs	0.197	48377	97.09 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.85 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→57.39 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3760	0	32	447	4239

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0045	3931
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6234	5385
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0514	632
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0033	731
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.1457	1359

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.94	0.3154	124	0.2742	2303	X-RAY DIFFRACTION	87.46
1.94-1.98	0.2791	113	0.2509	2534	X-RAY DIFFRACTION	96.01
1.98-2.02	0.2722	135	0.2273	2544	X-RAY DIFFRACTION	96.3
2.02-2.07	0.274	143	0.2214	2516	X-RAY DIFFRACTION	96.59
2.07-2.12	0.2478	139	0.2129	2573	X-RAY DIFFRACTION	97.03
2.12-2.17	0.2548	139	0.2079	2557	X-RAY DIFFRACTION	97.05
2.17-2.24	0.2453	130	0.1984	2514	X-RAY DIFFRACTION	96.74
2.24-2.31	0.2141	149	0.1965	2534	X-RAY DIFFRACTION	97.03
2.31-2.39	0.2302	126	0.1845	2567	X-RAY DIFFRACTION	97.47
2.39-2.49	0.2239	142	0.1969	2558	X-RAY DIFFRACTION	97.54
2.49-2.6	0.2049	127	0.1954	2581	X-RAY DIFFRACTION	97.83
2.6-2.74	0.2395	140	0.1932	2601	X-RAY DIFFRACTION	97.93
2.74-2.91	0.2186	132	0.1936	2562	X-RAY DIFFRACTION	98.32
2.91-3.14	0.2287	144	0.2004	2582	X-RAY DIFFRACTION	98.34
3.14-3.45	0.2029	147	0.1854	2559	X-RAY DIFFRACTION	98.65
3.45-3.95	0.1952	144	0.1885	2608	X-RAY DIFFRACTION	98.78
3.95-4.98	0.1773	138	0.1711	2607	X-RAY DIFFRACTION	99.2
4.98-57.39	0.2182	141	0.2002	2624	X-RAY DIFFRACTION	99.53

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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