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- PDB-6x6f: The structure of Pf6r from the filamentous phage Pf6 of Pseudomon... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6x6f
タイトルThe structure of Pf6r from the filamentous phage Pf6 of Pseudomonas aeruginosa PA01
要素Pf6r
キーワードDNA BINDING PROTEIN
機能・相同性NITRATE ION
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.735 Å
データ登録者Michie, K.A. / Norrian, P. / Duggin, I.G. / McDougald, D. / Rice, S.A.
資金援助 シンガポール, オーストラリア, 2件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Singapore) シンガポール
Australian Research Council (ARC)FT160100010 オーストラリア
引用ジャーナル: Viruses / 年: 2021
タイトル: The Repressor C Protein, Pf4r, Controls Superinfection of Pseudomonas aeruginosa PAO1 by the Pf4 Filamentous Phage and Regulates Host Gene Expression.
著者: Ismail, M.H. / Michie, K.A. / Goh, Y.F. / Noorian, P. / Kjelleberg, S. / Duggin, I.G. / McDougald, D. / Rice, S.A.
履歴
登録2020年5月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22021年9月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pf6r
B: Pf6r
C: Pf6r
D: Pf6r
F: Pf6r
H: Pf6r
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,7649
ポリマ－66,5786
非ポリマー1863
水6,810378
1
A: Pf6r
B: Pf6r


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Protein elutes in biological buffer as a dimer., light scattering, Protein elutes from gel filtration as a singles species with the molecular mass of a dimer
  • 22.2 kDa, 2 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1932
ポリマ－22,1932
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1850 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area9220 Å2
手法PISA
2
C: Pf6r
D: Pf6r
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3795
ポリマ－22,1932
非ポリマー1863
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2230 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area7860 Å2
手法PISA
3
F: Pf6r
H: Pf6r


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1932
ポリマ－22,1932
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1970 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area9340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.880, 160.310, 45.670
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.28, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Pf6r


分子量: 11096.414 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PA01 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta T1R
#2: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 378 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.41 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 20% Polyethylene glycol mono-methyl ether 5000, 200 mM Ammonium nitrate 10 mM HEPES, ph 7.5, 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM TCEP. 25% PEG 200 final cryoprotectant

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2018年7月26日
放射モノクロメーター: silicon double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.735→40.95 Å / Num. obs: 59270 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rpim(I) all: 0.061 / Rrim(I) all: 0.087 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 1.735→1.797 Å / Rmerge(I) obs: 0.527 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 5818 / CC1/2: 0.751 / CC star: 0.926 / Rpim(I) all: 0.522 / Rrim(I) all: 0.742 / % possible all: 97.52

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
MOSFLMデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6WNM

6wnm


解像度: 1.735→40.95 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.51 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1988 1953 -random selection
Rwork0.1728 ---
obs0.1736 59242 99.44 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.735→40.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3974 0 12 378 4364
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0054168
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8545636
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.4482564
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048601
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006738
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.735-1.77840.27491320.26214008X-RAY DIFFRACTION97
1.7784-1.82650.25381240.23434098X-RAY DIFFRACTION99
1.8265-1.88020.22261470.21684036X-RAY DIFFRACTION99
1.8802-1.94090.24221400.19574056X-RAY DIFFRACTION99
1.9409-2.01030.22531350.18794097X-RAY DIFFRACTION99
2.0103-2.09070.20151410.17494104X-RAY DIFFRACTION100
2.0907-2.18590.24891500.16864069X-RAY DIFFRACTION100
2.1859-2.30110.19461480.15454087X-RAY DIFFRACTION100
2.3011-2.44530.16141370.14784089X-RAY DIFFRACTION100
2.4453-2.63410.19671380.15724131X-RAY DIFFRACTION100
2.6341-2.89910.19581370.17464099X-RAY DIFFRACTION100
2.8991-3.31840.17771370.17184114X-RAY DIFFRACTION100
3.3184-4.18020.1991430.15884149X-RAY DIFFRACTION100
4.1802-40.950.17021440.16944152X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.75160.6731-0.41986.62121.55393.5554-0.22830.159-0.09190.0933-0.1580.55010.5856-0.424-0.14590.1049-0.04210.0060.1491-0.04850.186-6.2081-25.2259-34.1688
25.0906-3.54171.87786.6874-1.76236.0901-0.1368-0.2305-0.21860.2788-0.02860.02220.48080.04640.08710.2057-0.01030.02650.0867-0.01960.13833.3646-22.7327-22.4825
31.60321.1758-0.07095.14540.64421.0513-0.08390.0841-0.07290.1985-0.01150.12830.213-0.14020.04370.1571-0.03050.03750.1471-0.03060.1083-1.3629-28.2141-33.1483
44.28774.68970.0077.5993-2.12318.30980.2111-0.43390.6185-0.29130.01720.5533-0.13-0.3105-0.22460.203-0.03770.05610.1795-0.05720.2334-17.9081-36.6602-27.7565
52.5692-1.1223-0.9992.72852.39922.5456-0.3056-0.0594-0.15050.04970.0403-0.22690.3940.18170.16320.2311-0.03050.05140.1356-0.0170.207312.0811-33.4267-43.3615
66.6418-0.40523.34275.3206-2.01366.1162-0.05380.3059-0.5182-0.42840.08750.26720.4041-0.58160.03240.2812-0.08550.02950.2712-0.0380.13095.0505-29.3588-55.8739
71.4431-0.0895-0.47022.6765-0.57111.6152-0.07180.1312-0.0838-0.1510.0673-0.12760.0856-0.1117-0.01190.2081-0.0380.04210.1585-0.04580.1367.067-29.6587-45.4703
84.0861-2.26790.08487.93991.80484.46520.0560.1972-0.2767-0.12060.0235-0.3673-0.00870.0456-0.02170.2189-0.05330.0420.1226-0.02920.22328.9045-48.865-40.9215
94.9216-0.6186-0.63741.5749-0.13483.7979-0.01940.022-0.21190.0038-0.08310.22840.1342-0.13590.00940.0819-0.0029-0.03180.0929-0.00080.0846-2.3918-11.45478.3128
101.58640.88180.08176.78412.05134.06880.0671-0.1271-0.01330.0916-0.04940.0225-0.0009-0.0473-0.01050.0640.0048-0.00410.1365-0.00290.1033-10.2807-1.68678.4219
112.93360.17880.61681.79370.62011.82830.0308-0.0725-0.00140.1278-0.0301-0.20350.1122-0.0169-0.00690.0879-0.0038-0.01410.1198-0.01240.10190.1148-5.67954.5712
124.49071.51070.88033.49780.78370.2550.0332-0.48670.08210.96140.3123-0.370.21350.15210.10320.27720.0722-0.14160.2917-0.03620.271312.5597-10.447512.0282
134.74121.0008-1.39881.9681.08245.11440.0846-0.18320.2412-0.08530.0667-0.1367-0.330.3568-0.11560.0919-0.0112-0.00510.1064-0.00340.11756.2158-2.0473-9.9407
142.6892-1.4076-1.74136.3461.49812.869-0.01490.0532-0.0163-0.12910.0039-0.03160.04140.04830.01060.1042-0.0062-0.01990.1616-0.00380.09690.3095-9.9267-14.3217
152.97040.99540.47862.7690.31461.25370.08150.01260.04630.0971-0.0337-0.5219-0.08480.6145-0.03870.1483-0.0365-0.0160.3369-0.01510.242312.5087-6.24-2.7731
162.0017-2.4031-0.41515.17443.11843.1020.1359-0.06220.07570.45110.0749-0.1909-0.61840.0576-0.19130.29030.05210.0250.14410.02570.163918.736619.446933.1474
175.6362-0.6887-0.49392.95051.39270.97180.0886-0.04570.22250.1772-0.05530.1393-0.2348-0.3716-0.04610.31760.07960.08670.21890.04270.14978.436213.003436.4642
181.0501-0.0048-0.51452.3253-0.02531.8421-0.0260.02080.04380.03140.14230.0082-0.2425-0.1868-0.09470.24020.05570.05680.16040.0140.153514.380417.83327.4577
195.1295-4.55213.85848.2773-0.85374.7269-0.04860.37460.3615-0.2380.0445-0.4319-0.43590.03510.05220.33760.02490.06980.17770.03430.214718.468331.965522.5206
205.27183.063.07361.92511.05246.27290.0242-0.35050.24760.8313-0.205-0.002-0.0514-0.09920.14660.3690.07670.00730.1803-0.00810.147318.796637.310334.522
212.8313-0.31060.4473.0485-0.38653.26560.27630.01820.2056-0.286-0.03380.3098-0.3174-0.4108-0.15220.16920.049-0.00630.11780.02360.126614.902111.226412.833
224.77931.7152-1.06365.6133-0.98212.34570.13050.04920.1633-0.1534-0.0385-0.0393-0.2309-0.0455-0.02090.12130.01880.01330.0693-0.00820.092926.14135.795814.2705
234.68985.01542.22426.78293.17075.20030.1006-0.3590.12870.79910.14210.38350.1465-0.08880.17920.12470.00210.00470.12480.04740.157915.25542.942621.1843
242.3394-1.60.88384.2362-1.22961.508-0.00660.00680.2597-0.14360.0349-0.219-0.3575-0.14510.01470.27050.04780.05180.13920.00940.136618.502820.922215.283
256.3304-1.92352.64847.3714-5.68436.1735-0.04410.4127-0.4672-0.65430.02360.45250.8980.0862-0.02840.39180.06380.02410.18460.00550.21112.900522.6884-0.2247
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 15 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 16 through 27 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 28 through 73 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 74 through 85 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 2 through 15 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 16 through 27 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 28 through 62 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 63 through 85 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 2 through 15 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 16 through 36 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 37 through 62 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 63 through 77 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 2 through 15 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 16 through 42 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 43 through 77 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'F' and (resid 2 through 15 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'F' and (resid 16 through 36 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'F' and (resid 37 through 62 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'F' and (resid 63 through 73 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'F' and (resid 74 through 85 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'H' and (resid 2 through 15 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'H' and (resid 16 through 36 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'H' and (resid 37 through 42 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'H' and (resid 43 through 73 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'H' and (resid 74 through 85 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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