PDB-6x61: Crystal structure of the N-terminal thioredoxin domain of SasA in...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6x61

タイトル

Crystal structure of the N-terminal thioredoxin domain of SasA in complex with the N-terminal CI domain of KaiC from Thermosynchococcus elongatus

要素

Adaptive-response sensory-kinase SasA
Circadian clock protein kinase KaiC

キーワード

TRANSCRIPTION/TRANSFERASE / Transcription regulator / complex / circadian clock / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION-TRANSFERASE complex

機能・相同性

機能・相同性情報

histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / regulation of circadian rhythm / circadian rhythm / kinase activity / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine kinase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Swan, J.A. / Tripathi, S.M. / Partch, C.L.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM121507	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM107521	米国

引用

ジャーナル: Science / 年: 2021
タイトル: Reconstitution of an intact clock reveals mechanisms of circadian timekeeping.
著者: Chavan, A.G. / Swan, J.A. / Heisler, J. / Sancar, C. / Ernst, D.C. / Fang, M. / Palacios, J.G. / Spangler, R.K. / Bagshaw, C.R. / Tripathi, S. / Crosby, P. / Golden, S.S. / Partch, C.L. / LiWang, A.

履歴

登録	2020年5月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年6月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年12月15日	Group: Database references / Source and taxonomy カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / entity_src_gen Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6x61.cif.gz	782 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6x61.ent.gz	659.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6x61.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x6/6x61 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x6/6x61	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5jwoS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6x61-4 6ys9-3 6x61-3 6x61-2 1s8e-1 1mow-2 5n2i-1 6tus-2 1dde-d 1s8e-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (9) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (8) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Circadian clock protein kinase KaiC

B: Adaptive-response sensory-kinase SasA

C: Circadian clock protein kinase KaiC

D: Adaptive-response sensory-kinase SasA

E: Circadian clock protein kinase KaiC

F: Adaptive-response sensory-kinase SasA

G: Circadian clock protein kinase KaiC

H: Adaptive-response sensory-kinase SasA

I: Circadian clock protein kinase KaiC

J: Adaptive-response sensory-kinase SasA

K: Circadian clock protein kinase KaiC

L: Adaptive-response sensory-kinase SasA

ヘテロ分子

243 kDa, 12 ポリマー
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1

A: Circadian clock protein kinase KaiC

B: Adaptive-response sensory-kinase SasA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering
40.5 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Circadian clock protein kinase KaiC

D: Adaptive-response sensory-kinase SasA

ヘテロ分子

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40.5 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Circadian clock protein kinase KaiC

F: Adaptive-response sensory-kinase SasA

ヘテロ分子

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4

G: Circadian clock protein kinase KaiC

H: Adaptive-response sensory-kinase SasA

ヘテロ分子

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5

I: Circadian clock protein kinase KaiC

J: Adaptive-response sensory-kinase SasA

ヘテロ分子

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40.5 kDa, 2 ポリマー
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6

K: Circadian clock protein kinase KaiC

L: Adaptive-response sensory-kinase SasA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40.5 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	107.600, 121.580, 133.590
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 108.78, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Circadian clock protein kinase KaiC 分子量: 27738.166 Da / 分子数: 6 / 断片: N-terminal CI domain / 変異: R41A, K173A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) 株: BP-1 / 遺伝子: kaiC, tlr0483 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q79V60, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質	Adaptive-response sensory-kinase SasA 分子量: 12629.217 Da / 分子数: 6 / 断片: N-terminal thioredoxin domain / 変異: P16A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) 株: BP-1 / 遺伝子: sasA, tlr0029 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8DMT2, histidine kinase
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.41 % / 解説: flat plates
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 1.26 M NaH2PO4, 0.54 M K2HPO4 (pH unadjusted), 0.1 M Glycine pH 10.5, 0.2 M Li2SO4, 22 degrees C

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0331 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0331 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.2→49.05 Å / Num. obs: 53267 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 2.9 % / CC_1/2: 0.95 / R_merge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 5.5
反射シェル	解像度: 3.2→3.3 Å / R_merge(I) obs: 0.75 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 4635 / CC_1/2: 0.58

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5JWO

5jwo

解像度: 3.2→49.049 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.69 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2653	2634	4.95 %
R_work	0.2217	-	-
obs	0.2239	53220	98.71 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.2→49.049 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15469	0	30	0	15499

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	15818
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.778	21460
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.059	9460
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	2422
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	2774

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.2-3.2582	0.3539	135	0.3009	2692	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2582-3.3209	0.3145	141	0.2891	2637	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3209-3.3886	0.2989	136	0.2874	2679	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3886-3.4623	0.347	143	0.278	2671	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4623-3.5428	0.3167	122	0.27	2657	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5428-3.6314	0.342	141	0.2544	2638	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6314-3.7295	0.301	137	0.2389	2671	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7295-3.8393	0.2598	133	0.2357	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8393-3.9631	0.2833	161	0.228	2625	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9631-4.1047	0.2862	141	0.2215	2638	X-RAY DIFFRACTION	99
4.1047-4.269	0.2474	148	0.2027	2680	X-RAY DIFFRACTION	99
4.269-4.4631	0.2603	152	0.1881	2659	X-RAY DIFFRACTION	99
4.4631-4.6982	0.2042	141	0.1815	2655	X-RAY DIFFRACTION	99
4.6982-4.9923	0.2468	142	0.1785	2637	X-RAY DIFFRACTION	99
4.9923-5.3774	0.2368	160	0.1941	2644	X-RAY DIFFRACTION	98
5.3774-5.9177	0.2492	122	0.2145	2656	X-RAY DIFFRACTION	98
5.9177-6.7721	0.2351	118	0.2201	2702	X-RAY DIFFRACTION	98
6.7721-8.5248	0.2451	136	0.2111	2660	X-RAY DIFFRACTION	97
8.5248-49	0.2147	125	0.2041	2684	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.2888	-0.2402	0.2225	0.9934	-0.4823	0.2559	-0.1614	-0.2806	0.6378	0.1224	0.1745	-0.2912	0.3119	0.3535	0.1117	1.1437	0.0255	-0.2973	0.5603	-0.0123	0.3828	72.285	90.348	126.004
2	2.7258	0.1033	0.8894	0.0071	0.0611	0.7674	-0.1232	-0.1516	0.419	0.3237	0.0693	-0.3554	-0.1234	0.1607	0.0608	1.0184	0.2464	-0.7997	0.7423	-0.1935	0.1797	76.457	84.501	128.817
3	5.8874	-2.4122	4.9989	3.7108	-3.4194	8.916	0.0852	0.4423	-0.2582	0.3266	0.4194	-0.1768	-0.2408	0.7828	-0.4493	0.655	0.1263	-0.0574	0.4052	-0.0253	0.2402	67.116	82.076	111.503
4	3.1824	0.2989	2.8035	0.0995	-0.3042	8.2424	-0.2959	0.1563	0.148	1.1411	0.284	-0.0305	-0.5965	0.0953	0.1668	0.8654	-0.0224	-0.0304	0.3726	-0.014	0.1183	58.661	84.495	116.379
5	2.1673	-2.589	1.1204	3.5598	-1.7017	1.0347	0.2654	0.0535	-0.043	0.4262	-0.5065	0.4343	-0.2697	-0.3959	0.1187	1.0635	0.1712	-0.148	0.5746	-0.0516	0.3669	54.189	94.761	122.503
6	3.5668	-0.1476	-1.827	0.6811	-0.1862	5.9718	-0.146	-0.153	0.0256	-0.4576	-0.6621	0.7216	0.1108	-0.7785	0.7181	0.7403	0.1114	-0.0227	0.412	-0.1256	0.2049	52.25	96.102	127.542
7	8.0102	-3.7456	-3.7607	3.6209	-1.3316	6.9937	-0.1693	-0.3685	-0.3736	0.7547	-0.5009	-0.0557	-0.2442	-0.0619	0.6983	0.797	0.0801	-0.0922	0.4057	0.0048	0.2898	51.888	96.985	135.415
8	1.5438	-0.462	0.4619	1.6988	-2.1166	3.1611	-0.0453	-0.291	-0.0326	0.1654	0.0564	0.1364	-0.0838	-0.2078	-0.1096	1.8931	0.0958	-0.414	0.2393	0.2826	0.1707	59.118	98.626	140.796
9	7.8233	4.8295	-0.1211	5.6563	-1.9919	1.4857	0.1103	-0.319	-0.9475	0.3153	-0.3328	-0.5962	-0.1401	-0.2467	0.2454	0.3259	0.0252	-0.0995	0.1893	-0.054	0.2589	70.235	76.706	99.523
10	3.8364	2.6665	-0.5262	3.5876	-3.3477	5.2025	-0.1725	0.7896	-0.5444	0.3253	0.1494	-0.3599	-0.31	-1.1818	-0.1499	0.2889	0.0413	-0.1247	0.4783	-0.0451	0.319	65.172	73.98	93.412
11	4.4479	0.0126	-1.429	2.1337	3.4891	6.172	-0.4355	-0.2164	-0.2263	0.4894	-0.2744	-0.5694	-0.1726	0.6132	0.4671	0.3472	0.0094	-0.1655	0.3312	0.1742	0.3721	75.397	76.493	98.902
12	4.7831	-0.6319	-3.2369	5.5138	-2.3078	3.5432	0.2635	0.0806	0.0474	0.4114	0.0628	-0.458	-0.0239	-0.0797	-0.2759	0.4028	-0.0331	-0.0865	0.2145	-0.0157	0.2809	71.297	86.306	96.611
13	6.0969	0.419	-3.3199	3.4155	-1.5005	6.2904	-0.3083	0.2725	-0.2471	0.2358	0.2126	-0.6825	0.5627	-0.0972	0.2567	0.5519	0.0536	-0.2513	0.3396	-0.1326	0.5394	42.365	48.464	71.801
14	2.8218	-0.5991	-1.255	2.7602	-2.1368	2.9213	0.0857	0.0099	-0.0767	0.033	0.0346	0.2479	0.0122	-0.1068	-0.0895	0.2964	-0.0912	-0.156	0.3584	-0.0371	0.4516	32.791	59.457	78.167
15	7.8885	6.164	5.6021	7.8423	6.6976	8.1782	0.5872	-0.4544	0.1375	0.3407	-0.738	0.4229	0.1646	-0.6974	0.1091	0.3051	0.005	-0.0066	0.2964	-0.0211	0.2114	32.47	64.77	89.216
16	8.1805	5.1636	-1.1025	5.1435	-1.0682	4.7662	0.4238	-0.2324	0.0247	0.5712	-0.0805	0.2006	-0.0873	0.0172	-0.282	0.4104	0.0237	-0.1073	0.1969	-0.016	0.305	43.602	61.766	89.547
17	7.211	4.6422	-0.0135	5.3875	3.12	5.1613	-0.0825	0.5404	0.3547	-0.4399	-0.012	-0.396	-0.714	0.4234	0.2192	0.3276	-0.0579	-0.0253	0.3951	-0.0528	0.4104	46.891	65.415	72.991
18	6.4676	-4.3272	4.8272	4.0545	-4.9649	8.5584	-0.4427	0.1709	0.133	-0.8824	0.1867	-0.2513	0.0787	-0.2931	0.0721	0.5275	-0.1395	-0.0273	0.3826	-0.1468	0.4842	45.251	58.975	63.761
19	6.983	-0.5092	3.5749	6.464	-0.0153	3.6151	-0.2874	0.4243	-0.0404	0.0603	-0.2186	0.1672	-0.8122	-0.1867	0.5022	0.9508	0.0189	-0.1588	0.3959	-0.0803	0.4204	36.565	56.548	61.6
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62	5.872	2.7463	-3.2404	8.0655	-1.1344	7.4298	-0.0904	-0.4283	-0.2123	-0.4648	-0.169	-0.5751	0.2443	0.6718	0.3203	0.7342	-0.1044	-0.272	0.391	-0.0773	0.5775	71.809	117.357	115.605
63	0.0534	0.4549	-0.1766	5.8564	1.2028	7.1298	0.5775	-0.2577	-0.2413	0.4304	-0.4242	-0.227	-0.4645	0.6908	0.0081	1.2197	-0.0214	-0.405	0.5097	0.0077	0.6244	68.593	119.776	124.022
64	6.1617	-4.0024	-2.4887	5.6719	-0.2868	8.4359	0.558	-0.2416	1.2488	0.2142	0.6273	0.2104	-0.0171	-0.252	-1.0234	0.657	-0.1309	-0.2031	0.5281	-0.1926	0.5113	35.408	107.705	92.363
65	4.97	5.7241	1.1182	7.2686	1.3593	7.4731	0.1799	-0.0431	1.5244	0.6249	-0.2056	0.6587	0.3166	0.0053	0.192	0.5819	0.1286	-0.0081	0.3432	-0.1351	0.6544	34.138	103.813	84.727
66	6.4832	-0.065	2.6676	2.1777	3.8725	8.9509	-0.4866	-0.6724	0.0352	-0.1862	-0.3566	0.7431	-0.282	-1.5003	0.7671	0.7344	0.0424	-0.0829	0.5774	-0.1291	0.5497	31.753	103.855	97.988
67	7.5179	2.6019	-1.8848	6.7386	-4.0951	2.5079	0.1959	-1.6098	-0.295	0.0286	-0.1668	0.6267	1.6053	-0.8698	0.0817	0.601	-0.3287	0.0266	0.7049	0.0724	0.3581	32.813	91.493	94.759
68	3.2368	1.8593	3.1086	4.5897	1.499	4.0517	-0.1066	-0.8734	0.1181	0.8527	-0.4769	0.0149	-0.1988	-1.0603	0.3306	1.5359	0.0356	0.0556	0.823	0.0602	0.2217	56.067	84.524	138.179
69	0.8578	0.1233	-0.5302	0.7966	0.426	2.0759	-0.2173	-0.2484	-0.1333	0.5023	-0.1508	0.0062	0.0827	0.3802	-0.1811	1.2739	0.0653	-0.262	0.4372	-0.0674	0.0247	63.704	89.943	131.419

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN K AND RESID 51:73 )	K	51 - 73
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN K AND RESID 74:90 )	K	74 - 90
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN K AND RESID 91:120 )	K	91 - 120
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN K AND RESID 121:157 )	K	121 - 157
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN K AND RESID 158:180 )	K	158 - 180
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN K AND RESID 181:195 )	K	181 - 195
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN K AND RESID 196:216 )	K	196 - 216
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN K AND RESID 217:231 )	K	217 - 231
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN L AND RESID 15:21 )	L	15 - 21
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN L AND RESID 22:34 )	L	22 - 34
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN L AND RESID 35:58 )	L	35 - 58
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN L AND RESID 59:94 )	L	59 - 94
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN A AND RESID 19:23 )	A	19 - 23
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN A AND RESID 24:73 )	A	24 - 73
15	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN A AND RESID 74:106 )	A	74 - 106
16	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN A AND RESID 107:157 )	A	107 - 157
17	X-RAY DIFFRACTION	17	( CHAIN A AND RESID 158:195 )	A	158 - 195
18	X-RAY DIFFRACTION	18	( CHAIN A AND RESID 196:216 )	A	196 - 216
19	X-RAY DIFFRACTION	19	( CHAIN A AND RESID 217:231 )	A	217 - 231
20	X-RAY DIFFRACTION	20	( CHAIN B AND RESID 15:21 )	B	15 - 21
21	X-RAY DIFFRACTION	21	( CHAIN B AND RESID 22:93 )	B	22 - 93
22	X-RAY DIFFRACTION	22	( CHAIN B AND RESID 94:98 )	B	94 - 98
23	X-RAY DIFFRACTION	23	( CHAIN C AND RESID 19:48 )	C	19 - 48
24	X-RAY DIFFRACTION	24	( CHAIN C AND RESID 49:90 )	C	49 - 90
25	X-RAY DIFFRACTION	25	( CHAIN C AND RESID 91:106 )	C	91 - 106
26	X-RAY DIFFRACTION	26	( CHAIN C AND RESID 107:175 )	C	107 - 175
27	X-RAY DIFFRACTION	27	( CHAIN C AND RESID 176:186 )	C	176 - 186
28	X-RAY DIFFRACTION	28	( CHAIN C AND RESID 187:207 )	C	187 - 207
29	X-RAY DIFFRACTION	29	( CHAIN C AND RESID 208:232 )	C	208 - 232
30	X-RAY DIFFRACTION	30	( CHAIN D AND RESID 15:21 )	D	15 - 21
31	X-RAY DIFFRACTION	31	( CHAIN D AND RESID 22:34 )	D	22 - 34
32	X-RAY DIFFRACTION	32	( CHAIN D AND RESID 35:44 )	D	35 - 44
33	X-RAY DIFFRACTION	33	( CHAIN D AND RESID 45:99 )	D	45 - 99
34	X-RAY DIFFRACTION	34	( CHAIN E AND RESID 19:48 )	E	19 - 48
35	X-RAY DIFFRACTION	35	( CHAIN E AND RESID 49:73 )	E	49 - 73
36	X-RAY DIFFRACTION	36	( CHAIN E AND RESID 74:90 )	E	74 - 90
37	X-RAY DIFFRACTION	37	( CHAIN E AND RESID 91:106 )	E	91 - 106
38	X-RAY DIFFRACTION	38	( CHAIN E AND RESID 107:156 )	E	107 - 156
39	X-RAY DIFFRACTION	39	( CHAIN E AND RESID 157:176 )	E	157 - 176
40	X-RAY DIFFRACTION	40	( CHAIN E AND RESID 177:208 )	E	177 - 208
41	X-RAY DIFFRACTION	41	( CHAIN E AND RESID 209:220 )	E	209 - 220
42	X-RAY DIFFRACTION	42	( CHAIN E AND RESID 221:231 )	E	221 - 231
43	X-RAY DIFFRACTION	43	( CHAIN F AND RESID 16:21 )	F	16 - 21
44	X-RAY DIFFRACTION	44	( CHAIN F AND RESID 22:34 )	F	22 - 34
45	X-RAY DIFFRACTION	45	( CHAIN F AND RESID 35:52 )	F	35 - 52
46	X-RAY DIFFRACTION	46	( CHAIN F AND RESID 53:98 )	F	53 - 98
47	X-RAY DIFFRACTION	47	( CHAIN G AND RESID 19:90 )	G	19 - 90
48	X-RAY DIFFRACTION	48	( CHAIN G AND RESID 91:106 )	G	91 - 106
49	X-RAY DIFFRACTION	49	( CHAIN G AND RESID 107:156 )	G	107 - 156
50	X-RAY DIFFRACTION	50	( CHAIN G AND RESID 157:199 )	G	157 - 199
51	X-RAY DIFFRACTION	51	( CHAIN G AND RESID 200:231 )	G	200 - 231
52	X-RAY DIFFRACTION	52	( CHAIN H AND RESID 16:35 )	H	16 - 35
53	X-RAY DIFFRACTION	53	( CHAIN H AND RESID 36:65 )	H	36 - 65
54	X-RAY DIFFRACTION	54	( CHAIN H AND RESID 66:82 )	H	66 - 82
55	X-RAY DIFFRACTION	55	( CHAIN H AND RESID 83:102 )	H	83 - 102
56	X-RAY DIFFRACTION	56	( CHAIN I AND RESID 20:23 )	I	20 - 23
57	X-RAY DIFFRACTION	57	( CHAIN I AND RESID 24:73 )	I	24 - 73
58	X-RAY DIFFRACTION	58	( CHAIN I AND RESID 74:106 )	I	74 - 106
59	X-RAY DIFFRACTION	59	( CHAIN I AND RESID 107:157 )	I	107 - 157
60	X-RAY DIFFRACTION	60	( CHAIN I AND RESID 158:175 )	I	158 - 175
61	X-RAY DIFFRACTION	61	( CHAIN I AND RESID 176:195 )	I	176 - 195
62	X-RAY DIFFRACTION	62	( CHAIN I AND RESID 196:216 )	I	196 - 216
63	X-RAY DIFFRACTION	63	( CHAIN I AND RESID 217:231 )	I	217 - 231
64	X-RAY DIFFRACTION	64	( CHAIN J AND RESID 15:21 )	J	15 - 21
65	X-RAY DIFFRACTION	65	( CHAIN J AND RESID 22:34 )	J	22 - 34
66	X-RAY DIFFRACTION	66	( CHAIN J AND RESID 35:82 )	J	35 - 82
67	X-RAY DIFFRACTION	67	( CHAIN J AND RESID 83:95 )	J	83 - 95
68	X-RAY DIFFRACTION	68	( CHAIN K AND RESID 19:23 )	K	19 - 23
69	X-RAY DIFFRACTION	69	( CHAIN K AND RESID 24:50 )	K	24 - 50

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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