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Yorodumi- PDB-6x61: Crystal structure of the N-terminal thioredoxin domain of SasA in... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6x61 | |||||||||
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Title | Crystal structure of the N-terminal thioredoxin domain of SasA in complex with the N-terminal CI domain of KaiC from Thermosynchococcus elongatus | |||||||||
Components |
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Keywords | TRANSCRIPTION/TRANSFERASE / Transcription regulator / complex / circadian clock / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION-TRANSFERASE complex | |||||||||
Function / homology | Function and homology information histidine phosphotransfer kinase activity / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / Hydrolases; Acting on acid anhydrides; Acting on acid anhydrides to facilitate cellular and subcellular movement / regulation of circadian rhythm / circadian rhythm / kinase activity / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase ...histidine phosphotransfer kinase activity / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / Hydrolases; Acting on acid anhydrides; Acting on acid anhydrides to facilitate cellular and subcellular movement / regulation of circadian rhythm / circadian rhythm / kinase activity / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / identical protein binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Thermosynechococcus elongatus (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.2 Å | |||||||||
Authors | Swan, J.A. / Tripathi, S.M. / Partch, C.L. | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: Science / Year: 2021 Title: Reconstitution of an intact clock reveals mechanisms of circadian timekeeping. Authors: Chavan, A.G. / Swan, J.A. / Heisler, J. / Sancar, C. / Ernst, D.C. / Fang, M. / Palacios, J.G. / Spangler, R.K. / Bagshaw, C.R. / Tripathi, S. / Crosby, P. / Golden, S.S. / Partch, C.L. / LiWang, A. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6x61.cif.gz | 782 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6x61.ent.gz | 659.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6x61.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6x61_validation.pdf.gz | 545.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6x61_full_validation.pdf.gz | 576.2 KB | Display | |
Data in XML | 6x61_validation.xml.gz | 67.2 KB | Display | |
Data in CIF | 6x61_validation.cif.gz | 89.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x6/6x61 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x6/6x61 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5jwoS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 27738.166 Da / Num. of mol.: 6 / Fragment: N-terminal CI domain / Mutation: R41A, K173A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Thermosynechococcus elongatus (bacteria) Strain: BP-1 / Gene: kaiC, tlr0483 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: Q79V60, non-specific serine/threonine protein kinase #2: Protein | Mass: 12629.217 Da / Num. of mol.: 6 / Fragment: N-terminal thioredoxin domain / Mutation: P16A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Thermosynechococcus elongatus (bacteria) Strain: BP-1 / Gene: sasA, tlr0029 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q8DMT2, histidine kinase #3: Chemical | ChemComp-PO4 / Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.77 Å3/Da / Density % sol: 67.41 % / Description: flat plates |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 1.26 M NaH2PO4, 0.54 M K2HPO4 (pH unadjusted), 0.1 M Glycine pH 10.5, 0.2 M Li2SO4, 22 degrees C |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 23-ID-D / Wavelength: 1.0331 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Mar 11, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0331 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.2→49.05 Å / Num. obs: 53267 / % possible obs: 98.8 % / Redundancy: 2.9 % / CC1/2: 0.95 / Rmerge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 5.5 |
Reflection shell | Resolution: 3.2→3.3 Å / Rmerge(I) obs: 0.75 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 4635 / CC1/2: 0.58 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5JWO Resolution: 3.2→49.049 Å / SU ML: 0.45 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 27.69 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.2→49.049 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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