+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6x5w | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Peptide-bound structure of Marinomonas primoryensis peptide-binding domain | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | PROTEIN BINDING / peptide-binding domain / protein-binding domain | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Guo, S. / Davies, P.L. | ||||||
資金援助 | 1件
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: Molecular basis for a bacterial adhesins peptide-binding module 著者: Davies, P.L. / Guo, S. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 360 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 258.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 445.8 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 449.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 25.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 39 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
単位格子 |
|
-
要素
-タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 52963.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
---|---|
#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 525.510 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-非ポリマー , 4種, 543分子 ![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/1PE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/1PE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-CA / #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-1PE / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.78 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 4.6 詳細: ~0.1 M calcium chloride, ~0.1 M sodium acetate (pH 4.6), ~30% (w/v) PEG 400 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97949 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→55.54 Å / Num. obs: 138852 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 19.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.146 / Net I/σ(I): 16.22 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.83 Å / Rmerge(I) obs: 0.809 / Num. unique obs: 51767 / % possible all: 94.4 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5k8g 解像度: 1.8→55.54 Å / SU ML: 0.2103 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.24 / 位相誤差: 23.6832 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.08 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→55.54 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|