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万見
- PDB-6x5p: Discovery of Hydroxy Pyrimidine Factor IXa Inhibitors -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6x5p
タイトルDiscovery of Hydroxy Pyrimidine Factor IXa Inhibitors
要素(Coagulation factor ...) x 2
キーワードBLOOD CLOTTING / SERINE PROTEASE / ZYMOGEN / HYDROLASE / GLYCOPROTEIN / HYDROXYLATION / PHOSPHOPROTEIN / SULFATION / HEMOSTASIS / HEMOPHILIA / XASE-LIKE VARIANT / COMMUNICATION CHANNEL / GAMMA-CARBOXYGLUTAMIC ACID / EGF-LIKE DOMAIN / DISEASE MUTATION
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective F9 secretion / Defective gamma-carboxylation of F9 / coagulation factor IXa / Defective F9 activation / Defective factor IX causes thrombophilia / Defective cofactor function of FVIIIa variant / Defective F9 variant does not activate FX / zymogen activation / Extrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Protein hydroxylation ...Defective F9 secretion / Defective gamma-carboxylation of F9 / coagulation factor IXa / Defective F9 activation / Defective factor IX causes thrombophilia / Defective cofactor function of FVIIIa variant / Defective F9 variant does not activate FX / zymogen activation / Extrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Protein hydroxylation / Gamma-carboxylation of protein precursors / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Golgi lumen / blood coagulation / collagen-containing extracellular matrix / endopeptidase activity / endoplasmic reticulum lumen / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidase S1A, coagulation factor VII/IX/X/C/Z / Coagulation factor-like, Gla domain superfamily / Laminin / Coagulation Factor Xa inhibitory site / Laminin / EGF-like domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. ...Peptidase S1A, coagulation factor VII/IX/X/C/Z / Coagulation factor-like, Gla domain superfamily / Laminin / Coagulation Factor Xa inhibitory site / Laminin / EGF-like domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Vitamin K-dependent carboxylation/gamma-carboxyglutamic (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain superfamily / Vitamin K-dependent carboxylation domain. / Gla domain profile. / Domain containing Gla (gamma-carboxyglutamate) residues. / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain / Ribbon / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / Chem-UQD / Coagulation factor IX
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.997 Å
データ登録者Jayne, C.L. / Andreani, T. / Chan, T. / Chelliah, M.V. / Clasby, M.C. / Dwyer, M. / Eagen, K.A. / Fried, S. / Greenlee, W.J. / Guo, Z. ...Jayne, C.L. / Andreani, T. / Chan, T. / Chelliah, M.V. / Clasby, M.C. / Dwyer, M. / Eagen, K.A. / Fried, S. / Greenlee, W.J. / Guo, Z. / Hawes, B. / Hruza, A. / Ingram, R. / Keertikar, K.M. / Neelamkavil, S. / Reichert, P. / Xia, Y. / Chackalamannil, S.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2020
タイトル: Discovery of hydroxy pyrimidine Factor IXa inhibitors.
著者: Jayne, C.L. / Andreani, T. / Chan, T.Y. / Chelliah, M.V. / Clasby, M.C. / Dwyer, M. / Eagen, K.A. / Fried, S. / Greenlee, W.J. / Guo, Z. / Hawes, B. / Hruza, A. / Ingram, R. / Keertikar, K.M. ...著者: Jayne, C.L. / Andreani, T. / Chan, T.Y. / Chelliah, M.V. / Clasby, M.C. / Dwyer, M. / Eagen, K.A. / Fried, S. / Greenlee, W.J. / Guo, Z. / Hawes, B. / Hruza, A. / Ingram, R. / Keertikar, K.M. / Neelamkavil, S. / Reichert, P. / Xia, Y. / Chackalamannil, S.
履歴
登録2020年5月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Coagulation factor IX
B: Coagulation factor IX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2539
ポリマ－32,9472
非ポリマー1,3067
水3,189177
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2620 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area13150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.547, 100.547, 97.799
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

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Coagulation factor ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Coagulation factor IX / Christmas factor / Plasma thromboplastin component / PTC


分子量: 26104.703 Da / 分子数: 1 / 変異: A138R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F9 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00740, coagulation factor IXa
#2: タンパク質 Coagulation factor IX / Christmas factor / Plasma thromboplastin component / PTC


分子量: 6841.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F9 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00740, coagulation factor IXa

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非ポリマー , 4種, 184分子

#3: 化合物 ChemComp-UQD / 3-chloro-4-{[5-hydroxy-6-(4-methylphenyl)pyrimidin-4-yl]amino}benzene-1-carboximidamide


分子量: 353.806 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H16ClN5O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 177 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.21 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: 0.1 M CITRIC ACID, 20% PEG 6000 / PH範囲: 5.2 - 6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2008年12月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. obs: 30718 / % possible obs: 88.7 % / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 21.925
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.542 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique obs: 1531 / Rsym value: 0.542 / % possible all: 90

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
HKL-2000v1.98.6データ削減
HKL-2000v1.98.6データスケーリング
autoBUSTER位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.997→26.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU R Cruickshank DPI: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.163 / SU Rfree Blow DPI: 0.15 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.146
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2393 1407 -RANDOM
Rwork0.2066 ---
obs0.2081 29388 84.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 54.93 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.9812 Å20 Å20 Å2
2---2.9812 Å20 Å2
3---5.9624 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.28 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.997→26.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2189 0 89 177 2455
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0084569HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg18223HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1353SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes775HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2356HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion292SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3574SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.83
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion13.94
LS精密化 シェル解像度: 2→2.01 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274 32 -
Rwork0.3 --
obs0.2983 588 80.14 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7538-0.00050.99241.9515-0.01662.8305-0.01540.0422-0.06950.0422-0.0408-0.1661-0.0695-0.16610.0562-0.12340.02440.0143-0.02750.026-0.079131.041211.197218.4628
29.4502-3.90590.25615.8482-0.07173.07730.0962-0.5269-0.1486-0.5269-0.2160.8178-0.14860.81780.11980.0375-0.05910.12610.380.18510.169650.034416.37884.0799
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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