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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6x4l | ||||||
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タイトル | PANK3 complex structure with compound PZ-3565 | ||||||
![]() | Pantothenate kinase 3 | ||||||
![]() | TRANSFERASE / PANK / Substrate / Complex / Pantothenate kinase | ||||||
機能・相同性 | ![]() Coenzyme A biosynthesis / vitamin binding / acetyl-CoA binding / pantothenate kinase / pantothenate kinase activity / coenzyme A biosynthetic process / phosphorylation / protein homodimerization activity / ATP binding / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | White, S.W. / Yun, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: LipE guided discovery of isopropylphenyl pyridazines as pantothenate kinase modulators. 著者: Sharma, L.K. / Yun, M.K. / Subramanian, C. / Tangallapally, R. / Jackowski, S. / Rock, C.O. / White, S.W. / Lee, R.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 187.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 121.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 965.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 967 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 42125.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 6種, 106分子 ![](data/chem/img/UOS.gif)
![](data/chem/img/ANP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ANP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-UOS / | ||||
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#3: 化合物 | ChemComp-ANP / | ||||
#4: 化合物 | ChemComp-MG / | ||||
#5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-CL / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.25 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: PEG 4000, ammonium acetate, citrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.004 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. obs: 26579 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 37.91 Å2 / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 20.4 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.978 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 1872 / CC1/2: 0.69 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5KPR 解像度: 2→40.05 Å / SU ML: 0.2146 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.4266 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 50.05 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→40.05 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -30.1427493583 Å / Origin y: -7.8847024441 Å / Origin z: 5.2611589444 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: (chain 'A' and resid 11 through 369) |