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- PDB-6x45: SARS-CoV2 spike glycoprotein N-terminal heptad repeat domain + SA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6x45
タイトルSARS-CoV2 spike glycoprotein N-terminal heptad repeat domain + SARS-CoV2(QEYKKEKE)
要素(Spike protein S2') x 2
キーワードVIRAL PROTEIN / Coronavirus / COVID-19 / SARS-CoV-2 / spike / antiviral
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / structural constituent of virion ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Kreitler, D.F. / Outlaw, V.K. / Gellman, S.H.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)F32GM122263 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI114736 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Engineered peptides potently block entry of SARS-CoV-2 into human airway cells
著者: Outlaw, V.K. / Yu, Z. / Kreitler, D.F. / Bovier, F. / Porotto, M. / Moscona, A. / Gellman, S.H.
履歴
登録2020年5月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: Spike protein S2'
D: Spike protein S2'
C: Spike protein S2'
F: Spike protein S2'
B: Spike protein S2'
A: Spike protein S2'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,4366
ポリマ－30,4366
非ポリマー00
水1448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization, Formation of helical assembly detected by circular dichroism spectroscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14540 Å2
ΔGint-133 kcal/mol
Surface area12600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.543, 54.458, 80.119
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Spike protein S2' / S glycoprotein / E2 / Peplomer protein / spike glycoprotein C-terminal heptad repeat domain (QEYKKEKE)


分子量: 4172.749 Da / 分子数: 3
変異: G1171Q, Q1180E, K1181Y, D1184K, R1185K, N1187E, N1192K, N1194E
由来タイプ: 合成
詳細: This compound is derived from the SARS-CoV2 spike glycoprotein C-terminal heptad repeat domain residues 1168-1203 with substitutions G1171Q, Q1180E, K1181Y, D1184K, R1185K, N1187E, N1192K, ...詳細: This compound is derived from the SARS-CoV2 spike glycoprotein C-terminal heptad repeat domain residues 1168-1203 with substitutions G1171Q, Q1180E, K1181Y, D1184K, R1185K, N1187E, N1192K, N1194E. It is acetylated at the N-terminus and amidated at the C-terminus.
由来: (合成) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
参照: UniProt: P0DTC2
#2: タンパク質 Spike protein S2' / S glycoprotein / E2 / Peplomer protein / spike glycoprotein N-terminal heptad repeat domain


分子量: 5972.696 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
詳細: This compound is derived from the SARS-CoV2 spike glycoprotein N-terminal heptad repeat domain residues 912-966. It is acetylated at the N-terminus and amidated at the C-terminus.
由来: (合成) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
参照: UniProt: P0DTC2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.9 % / 解説: 3D bricks
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: Peptide solution: Lyophilized TFA salt dissolved in 1% w/v beta-D-octylglucoside; HRN (4 mg/mL), HRC-QEYKKEKE (3 mg/mL) Well solution: 0.1 M Tris pH 7.8, 26% w/v PEG3350, 0.3 M MgCl2 Drop: 1 ...詳細: Peptide solution: Lyophilized TFA salt dissolved in 1% w/v beta-D-octylglucoside; HRN (4 mg/mL), HRC-QEYKKEKE (3 mg/mL) Well solution: 0.1 M Tris pH 7.8, 26% w/v PEG3350, 0.3 M MgCl2 Drop: 1 uL peptide solution, 1 uL well solution Reservoir: 150 uL in VDXm plate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.920087 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月6日
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.920087 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→80.12 Å / Num. obs: 12351 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 54.79 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.096 / Rsym value: 0.088 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 2.2→2.27 Å / 冗長度: 6.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 1047 / CC1/2: 0.475 / Rpim(I) all: 0.666 / Rrim(I) all: 1.705 / Rsym value: 1.565 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
autoPROC1.0.5データスケーリング
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6LXT

6lxt


解像度: 2.2→45.04 Å / SU ML: 0.327 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.8919
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2784 1217 9.88 %
Rwork0.2429 11096 -
obs0.2463 12313 99.07 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 88.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→45.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1976 0 0 8 1984
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00231979
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.36482667
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0343335
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0011344
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.2173738
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.290.40371330.32841208X-RAY DIFFRACTION99.19
2.29-2.390.35941290.31207X-RAY DIFFRACTION99.33
2.39-2.520.2861350.27781205X-RAY DIFFRACTION99.33
2.52-2.680.30551320.26611236X-RAY DIFFRACTION99.27
2.68-2.880.27791330.2511208X-RAY DIFFRACTION99.63
2.88-3.170.281380.24481232X-RAY DIFFRACTION99.13
3.17-3.630.25741420.23391235X-RAY DIFFRACTION99.42
3.63-4.570.24141370.20421251X-RAY DIFFRACTION99
4.58-45.040.29351380.25481314X-RAY DIFFRACTION97.58
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 14.4060869838 Å / Origin y: 5.33483149575 Å / Origin z: 37.9270700186 Å
111213212223313233
T0.360476346831 Å20.021519463561 Å2-0.00233446670149 Å2-0.370406411045 Å20.013953937288 Å2--0.409330566609 Å2
L0.59000476506 °2-0.63492824488 °20.261145016993 °2-1.47931587103 °2-0.529893780002 °2--2.18644754555 °2
S0.0668264732655 Å °-0.137161724678 Å °0.0342339623568 Å °0.242356343076 Å °0.0833005994134 Å °0.334631692406 Å °-0.168109846833 Å °-0.139319661059 Å °0.0297763634219 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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