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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6x41 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of inactive enzymatic binary toxin component from Clostridium difficile | ||||||
![]() | CdtA | ||||||
![]() | TOXIN / RIBOSYLTRANSFERASE / CDTA | ||||||
機能・相同性 | Binary exotoxin A, clostridial type / ADP ribosyltransferase / ADP-ribosyltransferase exoenzyme / Toxin-related mono-ADP-ribosyltransferase (TR mART) core domain profile. / extracellular region / CdtA![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pozharski, E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of inactive enzymatic binary toxin component from Clostridium difficile 著者: Pozharski, E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 181.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 142.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 450.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 457.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 32 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 44.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 49536.766 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: cdtA / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.21 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2M Li2SO4, 1.2M NaH2PO4, 0.8M K2HPO4, 0.1M Glycine pH 10.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年1月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.36→39.36 Å / Num. obs: 49282 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.6 % / CC1/2: 0.991 / Net I/σ(I): 4.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.36→2.44 Å / 冗長度: 5.7 % / Num. unique obs: 4452 / CC1/2: 0.362 / % possible all: 99.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2WN5 解像度: 2.36→33.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU R Cruickshank DPI: 0.276 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.279 / SU Rfree Blow DPI: 0.219 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.22
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原子変位パラメータ | Biso max: 102.71 Å2 / Biso mean: 55.75 Å2 / Biso min: 29.23 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.35 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.36→33.66 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.36→2.38 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 51
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