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万見
- PDB-6x3i: NNAS Fc mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6x3i
タイトルNNAS Fc mutant
要素Immunoglobulin gamma-1 heavy chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Antibody Fc / glycan engineering
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / complement activation, classical pathway / antigen binding / antibacterial humoral response / blood microparticle / extracellular exosome / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain ...Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-mannopyranose / Immunoglobulin gamma-1 heavy chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.268 Å
データ登録者Wei, R. / Zhou, Y.F.
引用ジャーナル: Mabs / 年: 2020
タイトル: Engineered Fc-glycosylation switch to eliminate antibody effector function.
著者: Zhou, Q. / Jaworski, J. / Zhou, Y. / Valente, D. / Cotton, J. / Honey, D. / Boudanova, E. / Beninga, J. / Rao, E. / Wei, R. / Mauriac, C. / Pan, C. / Park, A. / Qiu, H.
履歴
登録2020年5月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Immunoglobulin gamma-1 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6233
ポリマ－25,0181
非ポリマー6052
水64936
1
A: Immunoglobulin gamma-1 heavy chain
ヘテロ分子

A: Immunoglobulin gamma-1 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,2466
ポリマ－50,0372
非ポリマー1,2094
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area3350 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area22830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.091, 142.504, 75.235
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: 抗体 Immunoglobulin gamma-1 heavy chain / Immunoglobulin gamma-1 heavy chain NIE


分子量: 25018.336 Da / 分子数: 1 / 断片: Fc / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DOX5
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-BMA / beta-D-mannopyranose / beta-D-mannose / D-mannose / mannose / β-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.92 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 30% polyethylene glycol 1500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.268→50 Å / Num. obs: 13336 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Χ2: 1.046 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
2.27-2.356.80.97113051.0431100
2.35-2.457.30.76113051.0541100
2.45-2.567.40.5613091.0861100
2.56-2.697.40.40213211.0921100
2.69-2.867.40.26213161.0581100
2.86-3.087.40.18213221.0021100
3.08-3.397.30.1113291.0171100
3.39-3.887.30.07513341.031100
3.88-4.896.80.06613581.055199.9
4.89-506.60.05214371.017199.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIXdev_1839精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3AVE

3ave


解像度: 2.268→48.925 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.25 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.221 651 4.89 %
Rwork0.1783 12665 -
obs0.1803 13316 99.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 185.16 Å2 / Biso mean: 71.0965 Å2 / Biso min: 30.78 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.268→48.925 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1662 0 39 36 1737
Biso mean--108.31 53.9 -
残基数----209
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0151751
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0592382
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043268
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005303
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.568662
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.2685-2.44360.34051330.2587245099
2.4436-2.68950.26581400.22862494100
2.6895-3.07870.27191330.21352509100
3.0787-3.87850.23821240.19132542100
3.8785-48.9250.1711210.14672670100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.76560.02220.47842.06580.16780.1704-0.11670.32120.2719-0.20210.3020.6609-0.8052-0.4156-0.15060.69160.14510.00330.54660.16190.465612.851117.58866.7108
24.504-1.49690.45172.80620.03851.5309-0.31470.20070.588-0.00880.23950.4058-0.9696-0.5254-0.0131.09320.1022-0.16030.82620.20560.918511.711631.75744.11
32.2513-0.39980.27381.9625-0.83142.1225-0.2882-0.07250.83130.17630.2073-0.2258-1.1897-0.07730.00520.93150.0447-0.13860.52370.03540.598618.722624.70219.9991
44.303-0.1718-0.82072.05540.03222.4035-0.21710.5321-0.8274-0.0831-0.05980.05890.31490.00020.20170.38590.00790.0650.4206-0.07880.47545.4141-5.421312.1632
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 236 through 264 )A236 - 264
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 265 through 301 )A265 - 301
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 302 through 336 )A302 - 336
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 337 through 444 )A337 - 444

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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