+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6x2d | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure of DNase I Domain of Ribonuclease E from Vibrio cholerae | ||||||
要素 | Ribonuclease EリボヌクレアーゼE | ||||||
キーワード | RNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 リボヌクレアーゼE / ribonuclease E activity / tRNA processing / mRNA catabolic process / RNA nuclease activity / 転写後修飾 / RNA endonuclease activity / cytoplasmic side of plasma membrane / rRNA processing / tRNA binding ...リボヌクレアーゼE / ribonuclease E activity / tRNA processing / mRNA catabolic process / RNA nuclease activity / 転写後修飾 / RNA endonuclease activity / cytoplasmic side of plasma membrane / rRNA processing / tRNA binding / rRNA binding / magnesium ion binding / zinc ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Vibrio cholerae serotype O1 (コレラ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å | ||||||
データ登録者 | Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Dubrovska, I. / Wiersum, G. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal Structure of DNase I Domain of Ribonuclease E from Vibrio cholerae. 著者: Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Dubrovska, I. / Wiersum, G. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6x2d.cif.gz | 102.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6x2d.ent.gz | 78.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6x2d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x2/6x2d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x2/6x2d | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 2vrtS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12974.358 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Vibrio cholerae serotype O1 (strain ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961) (コレラ菌) 株: ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961 / 遺伝子: rne, VC_2030 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): (DE3)magic / 参照: UniProt: Q9KQG8, リボヌクレアーゼE #2: 化合物 | ChemComp-IOD / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.4 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Protein: 7.9 mg/ml, 0.01M Tris pH 8.3; Screen: PACT (F3), 0.2M Sodium iodide, 0.1M Bis-Tris propane pH 6.5, 20% (w/v) PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2020年3月17日 / 詳細: Be |
放射 | モノクロメーター: DIAMOND (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97872 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→30 Å / Num. obs: 17863 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 34.1 Å2 / CC1/2: 0.985 / CC star: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.097 / Rsym value: 0.088 / Χ2: 1.466 / Net I/σ(I): 21.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.759 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Num. unique obs: 897 / CC1/2: 0.927 / CC star: 0.981 / Rpim(I) all: 0.339 / Rrim(I) all: 0.833 / Rsym value: 0.759 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2vrt 解像度: 1.85→29.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 9.97 / SU ML: 0.142 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.169 / ESU R Free: 0.15 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 103.88 Å2 / Biso mean: 43.735 Å2 / Biso min: 27.73 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.85→29.41 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.852→1.9 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|