PDB-6wzq: Structure of SARS-CoV-2 Nucleocapsid dimerization domain, P21 form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6wzq

タイトル

Structure of SARS-CoV-2 Nucleocapsid dimerization domain, P21 form

要素

Nucleoprotein

キーワード

VIRAL PROTEIN / SARS-CoV-2 / COVID-19 / nucleocapsid / RNA binding

機能・相同性

機能・相同性情報

: / response to host immune response / viral RNA genome packaging / negative regulation of interferon-beta production / poly(U) RNA binding / Maturation of nucleoprotein / intracellular membraneless organelle / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / MHC class I protein binding / CD28 dependent PI3K/Akt signaling ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Ye, Q. / Corbett, K.D.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2020
タイトル: Architecture and self-assembly of the SARS-CoV-2 nucleocapsid protein.
著者: Ye, Q. / West, A.M.V. / Silletti, S. / Corbett, K.D.

履歴

登録	2020年5月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年5月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年6月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2020年6月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.3	2020年9月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.4	2021年4月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.5	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6wzq.cif.gz	340.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6wzq.ent.gz	232.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6wzq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6wzq_validation.pdf.gz	467.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6wzq_full_validation.pdf.gz	469.7 KB	表示
XML形式データ	6wzq_validation.xml.gz	24 KB	表示
CIF形式データ	6wzq_validation.cif.gz	35.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wz/6wzq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wz/6wzq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6wzoC 6wxoS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7c22-1 7c22-2 2cjr-3 7de1-d 2cjr-2 7ce0-2 6wji-3 6xc0-2 6wzo-1 7ce0-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.15785/SBGRID/786 / データの種類: diffraction image data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Nucleoprotein

B: Nucleoprotein

C: Nucleoprotein

D: Nucleoprotein

ヘテロ分子

62.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Nucleoprotein

B: Nucleoprotein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
31.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Nucleoprotein

D: Nucleoprotein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.146, 43.546, 74.233
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 94.870, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Nucleoprotein / Nucleocapsid protein / Protein N 分子量: 15590.458 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DTC9
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 493 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 33.05 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 100 mM Tris-HCl pH 8.5, 50 mM Ammonium Sulfate, and 38% polyethylene glycol (PEG) 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.45→74 Å / Num. obs: 80163 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 21.34 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.058 / R_rim(I) all: 0.063 / Net I/σ(I): 16
反射シェル	解像度: 1.45→1.47 Å / R_merge(I) obs: 0.802 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 3906 / CC_1/2: 0.796 / R_rim(I) all: 0.877

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6WXO

6wxo

解像度: 1.45→73.97 Å / SU ML: 0.144 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.31 / 位相誤差: 20.7015
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1802	3919	4.89 %
R_work	0.1673	76201	-
obs	0.168	80120	98.71 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.45→73.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3637	0	30	493	4160

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	3785
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.922	5127
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0804	527
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0081	675
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.7018	1401

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.45-1.46	0.3096	117	0.2888	2404	X-RAY DIFFRACTION	88.89
1.46-1.48	0.2992	137	0.2632	2689	X-RAY DIFFRACTION	97.55
1.48-1.5	0.2664	125	0.2502	2698	X-RAY DIFFRACTION	97.08
1.5-1.52	0.2693	137	0.236	2577	X-RAY DIFFRACTION	96.34
1.52-1.55	0.2817	155	0.2236	2764	X-RAY DIFFRACTION	99.56
1.55-1.57	0.2249	115	0.2181	2710	X-RAY DIFFRACTION	99.65
1.57-1.59	0.2455	123	0.2057	2751	X-RAY DIFFRACTION	99.76
1.59-1.62	0.2063	132	0.1921	2768	X-RAY DIFFRACTION	99.62
1.62-1.65	0.232	141	0.1901	2707	X-RAY DIFFRACTION	99.41
1.65-1.68	0.2143	145	0.1893	2757	X-RAY DIFFRACTION	99.83
1.68-1.71	0.22	124	0.1859	2736	X-RAY DIFFRACTION	99.51
1.71-1.74	0.2623	147	0.1927	2722	X-RAY DIFFRACTION	99.38
1.74-1.78	0.2105	118	0.1899	2722	X-RAY DIFFRACTION	99.51
1.78-1.82	0.1969	141	0.186	2768	X-RAY DIFFRACTION	99.22
1.82-1.87	0.2338	151	0.1745	2681	X-RAY DIFFRACTION	99.02
1.87-1.92	0.1956	130	0.1718	2733	X-RAY DIFFRACTION	99.1
1.92-1.98	0.1892	149	0.1664	2715	X-RAY DIFFRACTION	98.59
1.98-2.04	0.1989	150	0.167	2722	X-RAY DIFFRACTION	98.93
2.04-2.11	0.1896	148	0.1629	2673	X-RAY DIFFRACTION	98.46
2.11-2.2	0.1768	122	0.1645	2803	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.2-2.3	0.1699	136	0.1571	2771	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.3-2.42	0.1784	155	0.159	2726	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.42-2.57	0.1941	148	0.1682	2769	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.57-2.77	0.1953	156	0.1709	2754	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.77-3.05	0.1884	124	0.1651	2756	X-RAY DIFFRACTION	99.55
3.05-3.49	0.1696	136	0.1647	2773	X-RAY DIFFRACTION	98.78
3.49-4.39	0.1345	155	0.1384	2726	X-RAY DIFFRACTION	97.07
4.39-73.97	0.1576	202	0.162	2826	X-RAY DIFFRACTION	99.61

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.01576948675	-0.0941243664726	-0.294917011816	3.99894203844	0.362921731617	1.39013326583	0.0642687264618	-0.130679751902	-0.0515859345092	0.604098270551	-0.090859416885	-0.338483007913	0.147046858358	0.0766123420097	0.00957111972791	0.206504227629	-0.0274869832256	-0.079274118031	0.192728940123	0.0174145967159	0.166272130023	7.22151199101	4.13202298754	24.3224027882
2	0.654641368744	0.291219280298	0.239469992076	2.90681147633	0.102363864237	1.69324692187	0.0222082915473	0.0280441186102	0.0413881381806	-0.218335696102	-0.0841535767024	-0.0798322691966	-0.127594408714	0.0606709779477	0.0621914693563	0.146479577778	0.00721182967641	-0.0108038236305	0.170674730582	0.00731871779271	0.145917576636	5.56390463163	14.8145560665	11.0529991376
3	0.454376588577	0.0922926193934	-0.350013870036	3.39913555213	0.0809363615675	0.895034413008	0.0120124786707	0.075250548451	0.0171716598769	-0.350341410811	-0.0369446395428	-0.0848344433507	-0.073814156328	-0.071794262428	0.0299173602329	0.154488536431	0.00467434337626	0.0146366528629	0.196488591729	0.000524603811429	0.176592807651	-34.4150702259	20.2820538434	25.2684199618
4	1.30473023224	-0.247933986522	0.143969109929	2.69605643183	-0.0333914798821	1.45704923325	-0.0208273356127	0.192374807353	-0.0800662312043	-0.970450642195	0.0130373896529	-0.659273595031	-0.0295682106903	0.205870907958	0.0255880357265	0.381662224673	-0.00325313915339	0.225649951341	0.233953740601	-0.0243991158581	0.293965686468	-25.2641382337	9.72846737148	15.1021751224

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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