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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6wzq | ||||||
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タイトル | Structure of SARS-CoV-2 Nucleocapsid dimerization domain, P21 form | ||||||
要素 | Nucleoprotein | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / SARS-CoV-2 / COVID-19 / nucleocapsid / RNA binding | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cytoplasmic capsid assembly / response to host immune response / viral RNA genome packaging / negative regulation of interferon-beta production / Maturation of nucleoprotein / intracellular non-membrane-bounded organelle / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / MHC class I protein binding / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways ...cytoplasmic capsid assembly / response to host immune response / viral RNA genome packaging / negative regulation of interferon-beta production / Maturation of nucleoprotein / intracellular non-membrane-bounded organelle / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / MHC class I protein binding / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / protein sequestering activity / VEGFR2 mediated vascular permeability / molecular condensate scaffold activity / NOD1/2 Signaling Pathway / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / MHC class I protein complex / Interleukin-1 signaling / RNA stem-loop binding / Interferon alpha/beta signaling / PIP3 activates AKT signaling / viral capsid / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / viral nucleocapsid / host cell Golgi apparatus / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host extracellular space / Induction of Cell-Cell Fusion / Attachment and Entry / host cell perinuclear region of cytoplasm / ribonucleoprotein complex / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / protein homodimerization activity / RNA binding / extracellular region / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å | ||||||
データ登録者 | Ye, Q. / Corbett, K.D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2020 タイトル: Architecture and self-assembly of the SARS-CoV-2 nucleocapsid protein. 著者: Ye, Q. / West, A.M.V. / Silletti, S. / Corbett, K.D. #1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2020 タイトル: Architecture and self-assembly of the SARS-CoV-2 nucleocapsid protein. 著者: Ye, Q. / West, A.M.V. / Silletti, S. / Corbett, K.D. #2: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2020 タイトル: Architecture and self-assembly of the SARS-CoV-2 ucleocapsid protein 著者: Ye, Q. / West, A.M.V. / Silletti, S. / Corbett, K.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6wzq.cif.gz | 340.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6wzq.ent.gz | 232.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6wzq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6wzq_validation.pdf.gz | 467.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6wzq_full_validation.pdf.gz | 469.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6wzq_validation.xml.gz | 24 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6wzq_validation.cif.gz | 35.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wz/6wzq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wz/6wzq | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6wzoC 6wxoS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
実験データセット #1 | データ参照: 10.15785/SBGRID/786 / データの種類: diffraction image data |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15590.458 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DTC9 #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.05 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 100 mM Tris-HCl pH 8.5, 50 mM Ammonium Sulfate, and 38% polyethylene glycol (PEG) 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.45→74 Å / Num. obs: 80163 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 21.34 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rrim(I) all: 0.063 / Net I/σ(I): 16 |
反射 シェル | 解像度: 1.45→1.47 Å / Rmerge(I) obs: 0.802 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 3906 / CC1/2: 0.796 / Rrim(I) all: 0.877 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6WXO 解像度: 1.45→73.97 Å / SU ML: 0.144 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.31 / 位相誤差: 20.7015 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.5 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.45→73.97 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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