PDB-6wzo: Structure of SARS-CoV-2 Nucleocapsid dimerization domain, P1 form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6wzo

タイトル

Structure of SARS-CoV-2 Nucleocapsid dimerization domain, P1 form

要素

Nucleoprotein

キーワード

VIRAL PROTEIN / SARS-CoV-2 / COVID-19 / nucleocapsid / RNA binding

機能・相同性

機能・相同性情報

cytoplasmic capsid assembly / viral RNA genome packaging / response to host immune response / negative regulation of interferon-beta production / Maturation of nucleoprotein / intracellular non-membrane-bounded organelle / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / MHC class I protein binding / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.42 Å

データ登録者

Ye, Q. / Corbett, K.D.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2020
タイトル: Architecture and self-assembly of the SARS-CoV-2 nucleocapsid protein.
著者: Ye, Q. / West, A.M.V. / Silletti, S. / Corbett, K.D.

履歴

登録	2020年5月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年5月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年6月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2020年6月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.3	2020年9月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.4	2021年4月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.5	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6wzo.cif.gz	326.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6wzo.ent.gz	222.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6wzo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6wzo_validation.pdf.gz	436.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6wzo_full_validation.pdf.gz	437.2 KB	表示
XML形式データ	6wzo_validation.xml.gz	24 KB	表示
CIF形式データ	6wzo_validation.cif.gz	36 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wz/6wzo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wz/6wzo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6wzqC 2gibS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6wji-2 6wji-3 7de1-d 4f84-d 6wji-1 7c22-2 7c22-1 6wzq-1 7ce0-2 3o35-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.15785/SBGRID/785 / データの種類: diffraction image data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Nucleoprotein

B: Nucleoprotein

C: Nucleoprotein

D: Nucleoprotein

54.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Nucleoprotein

B: Nucleoprotein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
27.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Nucleoprotein

D: Nucleoprotein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.718, 50.061, 69.337
Angle α, β, γ (deg.)	106.499, 90.094, 97.145
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

#1: タンパク質	Nucleoprotein / Nucleocapsid protein / Protein N 分子量: 13532.190 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DTC9
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 618 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.85 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 100 mM Sodium acetate pH 4.5, 50 mM Sodium/potassium tartrate, and 34% polyethylene glycol PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.42→66.43 Å / Num. obs: 96446 / % possible obs: 91.1 % / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 18 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_rim(I) all: 0.046 / Net I/σ(I): 16.8
反射シェル	解像度: 1.42→1.44 Å / R_merge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 3939 / CC_1/2: 0.957 / R_rim(I) all: 0.363

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2GIB

2gib

解像度: 1.42→66.43 Å / SU ML: 0.1297 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.16 / 位相誤差: 20.042
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1732	4733	4.91 %
R_work	0.1573	91660	-
obs	0.1581	96393	91.06 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.83 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.42→66.43 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3491	0	0	618	4109

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0073	3591
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8882	4858
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0783	499
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0073	643
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	25.7187	1338

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.42-1.43	0.2432	97	0.2533	2579	X-RAY DIFFRACTION	75.59
1.43-1.45	0.2492	129	0.2314	2428	X-RAY DIFFRACTION	73.2
1.45-1.47	0.2776	150	0.2248	2906	X-RAY DIFFRACTION	85.22
1.47-1.49	0.2365	175	0.2101	2952	X-RAY DIFFRACTION	89.45
1.49-1.51	0.2172	147	0.2008	2990	X-RAY DIFFRACTION	88.52
1.51-1.53	0.2228	156	0.1902	3077	X-RAY DIFFRACTION	91.92
1.53-1.55	0.2383	141	0.1884	3081	X-RAY DIFFRACTION	91.46
1.55-1.57	0.1846	168	0.1805	3072	X-RAY DIFFRACTION	91.84
1.57-1.6	0.2032	160	0.1701	3091	X-RAY DIFFRACTION	92.33
1.6-1.62	0.1705	166	0.1682	3071	X-RAY DIFFRACTION	91.73
1.62-1.65	0.1901	180	0.1603	3099	X-RAY DIFFRACTION	93.98
1.65-1.68	0.1645	139	0.1585	3163	X-RAY DIFFRACTION	91.8
1.68-1.71	0.2089	146	0.1636	3110	X-RAY DIFFRACTION	93.43
1.71-1.75	0.2029	165	0.1696	3115	X-RAY DIFFRACTION	91.98
1.75-1.79	0.1941	145	0.1748	3125	X-RAY DIFFRACTION	92.82
1.79-1.83	0.1979	168	0.1693	3096	X-RAY DIFFRACTION	92.07
1.83-1.87	0.1975	154	0.1641	2999	X-RAY DIFFRACTION	90.55
1.87-1.93	0.1711	188	0.1546	3001	X-RAY DIFFRACTION	89.96
1.93-1.98	0.1816	155	0.1611	2706	X-RAY DIFFRACTION	81.09
1.98-2.05	0.183	170	0.163	3212	X-RAY DIFFRACTION	95.86
2.05-2.12	0.1951	171	0.1507	3199	X-RAY DIFFRACTION	96.2
2.12-2.2	0.1689	167	0.156	3222	X-RAY DIFFRACTION	95.2
2.2-2.3	0.1544	163	0.147	3199	X-RAY DIFFRACTION	95.35
2.3-2.43	0.1755	151	0.1492	3237	X-RAY DIFFRACTION	95.52
2.43-2.58	0.1642	168	0.1502	3208	X-RAY DIFFRACTION	95.88
2.58-2.78	0.1605	168	0.157	3172	X-RAY DIFFRACTION	94.86
2.78-3.06	0.1696	166	0.1528	3138	X-RAY DIFFRACTION	93.92
3.06-3.5	0.1791	167	0.1633	3086	X-RAY DIFFRACTION	92.28
3.5-4.41	0.145	163	0.1409	3081	X-RAY DIFFRACTION	91.77
4.41-66.43	0.1583	150	0.1473	3245	X-RAY DIFFRACTION	96.2

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.07718430743	0.380279567877	0.131705806943	0.577528185095	-0.224375376418	1.28079098511	-0.0113465753639	-0.130123160074	0.0919652955371	0.0401137417039	-0.0180654015505	-0.015636193225	-0.0524757719948	-0.00826936384505	0.0315416334022	0.162379284766	0.0110834462002	0.00249290250531	0.100346578766	-0.0186727903078	0.147273027645	-3.09608718966	15.7686016847	-0.78477096852
2	1.9601201344	0.0305497736793	0.0344797434323	0.369778765485	-0.0930860869208	1.33798411177	-0.097836819679	0.198232882668	0.121017047423	-0.0309864822947	0.0494014619535	0.0533517273225	-0.0356839951797	-0.122560356434	0.0501786292991	0.168728321117	-0.00800682158886	-0.002486152185	0.154628104276	0.00628777883347	0.172808333923	-14.6291567225	15.4241687481	-13.6150394079
3	1.83518867208	-0.0252795652283	0.0223912374019	0.531414237224	-0.0614561504167	1.72230739344	-0.0859132328228	-0.171147860472	-0.0941681776955	0.0255994287499	0.0490772673054	0.0731759148965	0.0234709874386	-0.157489583431	0.0404314305738	0.144962874692	0.0017063792631	-0.000160850578738	0.136797690321	0.00653113980328	0.143653020761	0.646279781638	38.9611691225	28.6343092606
4	1.85760505045	-0.181803496156	-0.212482607603	0.614864204037	-0.186512971979	1.57649171942	-0.0184047448982	0.0989003156414	-0.107504448546	-0.0308587437585	-0.0175086393631	-0.0507831644936	0.0533243513352	0.0381465908398	0.0445566494308	0.15533681165	-0.00835281569169	-0.00330225294441	0.111763142526	-0.0165613926668	0.151699094231	12.1897950974	38.6566487137	15.6900012927

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)