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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6wzl | ||||||
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タイトル | LY3041658 Fab bound to CXCL7 | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM / CXCR1 / CXCR2 / neutrophil / NAP-2 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Macaca fascicularis (カニクイザル) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.29 Å | ||||||
データ登録者 | Durbin, J.D. / Druzina, Z. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mabs タイトル: Discovery and characterization of a neutralizing pan-ELR+CXC chemokine monoclonal antibody. 著者: Boyles, J.S. / Beidler, C.B. / Strifler, B.A. / Girard, D.S. / Druzina, Z. / Durbin, J.D. / Swearingen, M.L. / Lee, L.N. / Kikly, K. / Chintharlapalli, S. / Witcher, D.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6wzl.cif.gz | 203.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6wzl.ent.gz | 159.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6wzl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6wzl_validation.pdf.gz | 682.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6wzl_full_validation.pdf.gz | 686.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6wzl_validation.xml.gz | 35.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6wzl_validation.cif.gz | 51.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wz/6wzl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wz/6wzl | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 EF
#4: タンパク質 | 分子量: 7684.054 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Macaca fascicularis (カニクイザル) 遺伝子: EGM_14415 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2K5UVV0, UniProt: G7P5K7*PLUS |
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-抗体 , 3種, 4分子 ABDC
#1: 抗体 | 分子量: 24269.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) | ||
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#2: 抗体 | 分子量: 23416.926 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #3: 抗体 | | 分子量: 24251.984 Da / 分子数: 1 / Fragment: pyroglutamic acid at N-terminus / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
-非ポリマー , 2種, 207分子
#5: 化合物 | ChemComp-PG6 / |
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#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.52 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 25% PEG 3000, 100mM Hepes pH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97931 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97931 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.29→60.79 Å / Num. obs: 51050 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 15.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.29→2.42 Å / Rmerge(I) obs: 0.608 / Num. unique obs: 6892 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: Internal 解像度: 2.29→45.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU R Cruickshank DPI: 0.277 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.261 / SU Rfree Blow DPI: 0.194 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.2
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原子変位パラメータ | Biso max: 121.77 Å2 / Biso mean: 45.21 Å2 / Biso min: 20.64 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.3 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.29→45.34 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.29→2.31 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
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