PDB-6wyh: Crystal structure of Human H-chain Ferritin variant 157C Delta C-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6wyh

タイトル

Crystal structure of Human H-chain Ferritin variant 157C Delta C-star Modified with a RAFT Agent Soaked in an Acrylate Solution

要素

Ferritin heavy chain

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Ferritin / Polymer / Hydrogel / Polymer Integrated Crystals / Crystal Hydrogel Hybrids / RAFT Polymerization

機能・相同性

機能・相同性情報

iron ion sequestering activity / ferritin complex / Scavenging by Class A Receptors / negative regulation of ferroptosis / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / ferroxidase / autolysosome / ferroxidase activity / intracellular sequestering of iron ion / negative regulation of fibroblast proliferation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.22 Å

データ登録者

Bailey, J.B. / Zhang, L.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2020
タイトル: Anisotropic Dynamics and Mechanics of Macromolecular Crystals Containing Lattice-Patterned Polymer Networks.
著者: Han, K. / Bailey, J.B. / Zhang, L. / Tezcan, F.A.

履歴

登録	2020年5月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年11月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年11月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6wyh.cif.gz	375 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6wyh.ent.gz	253.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6wyh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6wyh_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6wyh_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	6wyh_validation.xml.gz	34.5 KB	表示
CIF形式データ	6wyh_validation.cif.gz	50.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wy/6wyh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wy/6wyh	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6wyfC 6wygC 7k26C 6b8fS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5jkl-1 7k3v-d 7jgn-2 4mjy-1 3np2-1 4p18-d 3es3-1 5n27-1 4dyy-1 3ajq-1 6h6t-2 3wvu-1 7k26-1 2iu2-1 6iaf-1 3f39-1 7jgm-1 6l58-1 4zjk-1 4my7-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (14) #237 - 2019年9月ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL) 類似性 (1) #114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ferritin heavy chain

B: Ferritin heavy chain

C: Ferritin heavy chain

D: Ferritin heavy chain

ヘテロ分子

86.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ferritin heavy chain

B: Ferritin heavy chain

C: Ferritin heavy chain

D: Ferritin heavy chain

ヘテロ分子

x 6

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
519 kDa, 24 ポリマー
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タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_555	-y,x-y,z	1
crystal symmetry operation	3_555	-x+y,-x,z	1
crystal symmetry operation	4_555	y,x,-z	1
crystal symmetry operation	5_555	x-y,-y,-z	1
crystal symmetry operation	6_555	-x,-x+y,-z	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	128.880, 128.880, 291.810
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32
Space group name Hall	R32"
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z #3: -x+y,-x,z #4: x-y,-y,-z #5: -x,-x+y,-z #6: y,x,-z #7: x+1/3,y+2/3,z+2/3 #8: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3 #9: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3 #10: x-y+1/3,-y+2/3,-z+2/3 #11: -x+1/3,-x+y+2/3,-z+2/3 #12: y+1/3,x+2/3,-z+2/3 #13: x+2/3,y+1/3,z+1/3 #14: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3 #15: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3 #16: x-y+2/3,-y+1/3,-z+1/3 #17: -x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/3 #18: y+2/3,x+1/3,-z+1/3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	D-203- CA
2	1	D-204- CA
3	1	B-487- HOH
4	1	D-421- HOH
5	1	D-443- HOH

#1: タンパク質	Ferritin heavy chain / Ferritin H subunit / Cell proliferation-inducing gene 15 protein 分子量: 21059.211 Da / 分子数: 4 / 変異: K86Q, C90E, C102A, C130A, K157C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FTH1, FTH, FTHL6, OK/SW-cl.84, PIG15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02794, ferroxidase
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物	ChemComp-RFT / butyl 1-{[2-(2,5-dioxopyrrolidin-1-yl)ethyl]amino}-2-methyl-1-oxopropan-2-yl carbonotrithioate 分子量: 376.558 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₁₅H₂₄N₂O₃S₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 695 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.57 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 5 uL reservoir + 5 uL of 25 uM 157C delta C-star Human H-chain Ferritin in 15 mM HEPES, pH 7.0 against reservoir of 500 uL 50 mM MES, pH 6.5, 6 mM calcium chloride; crystals soaked in 1 M ...詳細: 5 uL reservoir + 5 uL of 25 uM 157C delta C-star Human H-chain Ferritin in 15 mM HEPES, pH 7.0 against reservoir of 500 uL 50 mM MES, pH 6.5, 6 mM calcium chloride; crystals soaked in 1 M sodium acrylate, 50 mM calcium chloride, 25 mM MES, pH 6.5

結晶

マシュー密度: 2.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.57 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 5 uL reservoir + 5 uL of 25 uM 157C delta C-star Human H-chain Ferritin in 15 mM HEPES, pH 7.0 against reservoir of 500 uL 50 mM MES, pH 6.5, 6 mM calcium chloride; crystals soaked in 1 M ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月24日
放射	モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.22→97.27 Å / Num. obs: 46081 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 20.66 Å² / CC_1/2: 0.972 / Net I/σ(I): 4.4
反射シェル	解像度: 2.22→2.29 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 4179 / CC_1/2: 0.571 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 6B8F

6b8f

解像度: 2.22→97.27 Å / SU ML: 0.2767 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.0813
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2452	4643	10.21 %
R_work	0.1932	40828	-
obs	0.1985	45471	98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.22→97.27 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5612	0	53	695	6360

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0035	5812
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6133	7862
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.039	826
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0033	1052
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.8631	782

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.22-2.25	0.4891	114	0.5268	1189	X-RAY DIFFRACTION	85.5
2.25-2.27	0.6616	137	0.5576	1163	X-RAY DIFFRACTION	85.02
2.27-2.3	0.4839	142	0.4541	1243	X-RAY DIFFRACTION	90.94
2.3-2.33	0.3132	124	0.2547	1380	X-RAY DIFFRACTION	98.69
2.33-2.36	0.2629	133	0.2129	1398	X-RAY DIFFRACTION	98.84
2.36-2.39	0.2807	135	0.1964	1374	X-RAY DIFFRACTION	99.54
2.39-2.43	0.2631	154	0.2019	1376	X-RAY DIFFRACTION	99.8
2.43-2.46	0.3251	179	0.2114	1335	X-RAY DIFFRACTION	99.87
2.46-2.5	0.2786	170	0.1971	1375	X-RAY DIFFRACTION	99.55
2.5-2.54	0.2759	161	0.1998	1365	X-RAY DIFFRACTION	99.48
2.54-2.59	0.2321	147	0.1907	1374	X-RAY DIFFRACTION	99.8
2.59-2.63	0.278	154	0.1936	1374	X-RAY DIFFRACTION	99.74
2.63-2.68	0.2943	154	0.1993	1372	X-RAY DIFFRACTION	99.09
2.68-2.74	0.2678	154	0.2006	1360	X-RAY DIFFRACTION	98.44
2.74-2.8	0.2698	153	0.2033	1372	X-RAY DIFFRACTION	99.35
2.8-2.86	0.2802	168	0.1999	1362	X-RAY DIFFRACTION	99.22
2.86-2.93	0.2264	146	0.1894	1386	X-RAY DIFFRACTION	99.67
2.93-3.01	0.2646	133	0.1847	1398	X-RAY DIFFRACTION	99.35
3.01-3.1	0.2591	146	0.1837	1386	X-RAY DIFFRACTION	99.8
3.1-3.2	0.2456	168	0.1757	1362	X-RAY DIFFRACTION	99.67
3.2-3.32	0.223	171	0.1714	1382	X-RAY DIFFRACTION	99.81
3.32-3.45	0.2239	181	0.1736	1338	X-RAY DIFFRACTION	98.96
3.45-3.61	0.2214	176	0.1584	1378	X-RAY DIFFRACTION	98.67
3.61-3.8	0.2176	158	0.1713	1355	X-RAY DIFFRACTION	98.25
3.8-4.03	0.191	160	0.1461	1379	X-RAY DIFFRACTION	98.91
4.03-4.35	0.1666	153	0.1231	1401	X-RAY DIFFRACTION	99.81
4.35-4.78	0.1738	173	0.1209	1381	X-RAY DIFFRACTION	98.92
4.78-5.47	0.1692	160	0.1402	1388	X-RAY DIFFRACTION	98.47
5.48-6.9	0.1973	165	0.1784	1412	X-RAY DIFFRACTION	99
6.9-97.27	0.2127	174	0.1862	1470	X-RAY DIFFRACTION	97.86

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.00064794731	0.745576402953	0.189412769462	1.23805583617	0.0207322197283	-0.0372635595077	0.0536113747207	-0.265334006835	0.0275739049037	0.271633864265	-0.0590893284076	-0.068541727359	-0.00805031648562	-0.0139089241856	-0.034132525494	0.293963494043	0.0127577976437	-0.0223864214319	0.270595403169	-0.0538935816492	0.169769852321	1.66475103249	23.2561798688	46.4413565872
2	8.24520790176	3.9156867622	-6.28595064699	2.12629229886	-3.32427630435	4.92478801768	-0.372428684906	0.466575222278	-0.357673593193	0.13746271005	0.24904238978	-0.242881109579	0.248213511692	-0.405616178292	0.0796996522684	0.299234099325	0.00105313699234	-0.0163560820727	0.254338634958	-0.0710739466843	0.183274253585	2.35631110643	19.4115476177	39.9540191494
3	1.08650011011	-0.0552670855421	-0.733051460389	0.547583518047	-0.248181367692	0.669379480728	-0.0115937924688	-0.303200887509	-0.0570448768041	0.270259470261	2.7839053013E-5	-0.110460260325	0.0299014513769	0.00160165363373	0.00709485354944	0.385184271631	0.00276232559318	-0.0370963482125	0.393431320762	-0.041307896295	0.204984182242	4.88059749414	18.6768654701	50.6184409599
4	4.60151721692	2.69173826289	-5.21770584741	3.92637877756	-5.13342997788	7.6332226351	-0.011358510272	-0.0462486783236	0.314307682104	0.285351715696	0.142113177325	0.0438522346402	-0.0233955753912	-0.200323970971	-0.067045630556	0.278259538875	0.0281529369326	-0.0419629347624	0.217500890767	-0.071094302291	0.168025134005	22.8257879029	17.7822828307	38.766321993
5	1.64334271446	-0.831836155031	0.512124339289	1.41327763814	-0.306603931337	0.51445060279	-0.165390950063	-0.0820153383316	0.425873555021	0.189271798726	0.071668827361	-0.133850598438	-0.186801979821	0.0150831043684	0.0939676610894	0.229467410752	-0.0443908573434	0.0160731419071	0.152829201505	-0.0389377964982	0.400831010364	20.5360398107	47.9749056516	5.56964634349
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'D' and (resid 5 through 48 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'D' and (resid 49 through 76 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'D' and (resid 77 through 137 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'D' and (resid 138 through 176 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 4 through 48 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 49 through 76 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 77 through 137 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 138 through 176 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 4 through 13 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 14 through 48 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 49 through 76 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 77 through 137 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 138 through 176 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'A' and (resid 4 through 48 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'A' and (resid 49 through 76 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'A' and (resid 77 through 123 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'A' and (resid 124 through 137 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'A' and (resid 138 through 176 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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