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- PDB-6wyh: Crystal structure of Human H-chain Ferritin variant 157C Delta C-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wyh
タイトルCrystal structure of Human H-chain Ferritin variant 157C Delta C-star Modified with a RAFT Agent Soaked in an Acrylate Solution
要素Ferritin heavy chain
キーワードOXIDOREDUCTASE / Ferritin / Polymer / Hydrogel / Polymer Integrated Crystals / Crystal Hydrogel Hybrids / RAFT Polymerization
機能・相同性
機能・相同性情報


iron ion sequestering activity / ferritin complex / negative regulation of ferroptosis / Scavenging by Class A Receptors / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / ferroxidase / autolysosome / ferroxidase activity / negative regulation of fibroblast proliferation / ferric iron binding ...iron ion sequestering activity / ferritin complex / negative regulation of ferroptosis / Scavenging by Class A Receptors / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / ferroxidase / autolysosome / ferroxidase activity / negative regulation of fibroblast proliferation / ferric iron binding / autophagosome / Iron uptake and transport / ferrous iron binding / tertiary granule lumen / iron ion transport / ficolin-1-rich granule lumen / intracellular iron ion homeostasis / immune response / iron ion binding / negative regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ferritin iron-binding regions signature 1. / Ferritin iron-binding regions signature 2. / Ferritin, conserved site / Ferritin / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain ...Ferritin iron-binding regions signature 1. / Ferritin iron-binding regions signature 2. / Ferritin, conserved site / Ferritin / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-RFT / Ferritin heavy chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.22 Å
データ登録者Bailey, J.B. / Zhang, L.
引用
ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2020
タイトル: Anisotropic Dynamics and Mechanics of Macromolecular Crystals Containing Lattice-Patterned Polymer Networks.
著者: Han, K. / Bailey, J.B. / Zhang, L. / Tezcan, F.A.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 2012
タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine.
著者: Afonine, P.V. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Moriarty, N.W. / Mustyakimov, M. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Zwart, P.H. / Adams, P.D.
履歴
登録2020年5月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.02024年12月25日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / pdbx_entry_details ...atom_site / pdbx_entry_details / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferritin heavy chain
B: Ferritin heavy chain
C: Ferritin heavy chain
D: Ferritin heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,58225
ポリマ－84,2374
非ポリマー2,34521
水12,520695
1
A: Ferritin heavy chain
B: Ferritin heavy chain
C: Ferritin heavy chain
D: Ferritin heavy chain
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)519,492150
ポリマ－505,42124
非ポリマー14,071126
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z1
Buried area98960 Å2
ΔGint-1076 kcal/mol
Surface area144800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)128.880, 128.880, 291.810
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Space group name HallR32"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z
#4: x-y,-y,-z
#5: -x,-x+y,-z
#6: y,x,-z
#7: x+1/3,y+2/3,z+2/3
#8: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3
#9: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3
#10: x-y+1/3,-y+2/3,-z+2/3
#11: -x+1/3,-x+y+2/3,-z+2/3
#12: y+1/3,x+2/3,-z+2/3
#13: x+2/3,y+1/3,z+1/3
#14: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3
#15: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3
#16: x-y+2/3,-y+1/3,-z+1/3
#17: -x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/3
#18: y+2/3,x+1/3,-z+1/3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-203-

CA

21D-204-

CA

31B-487-

HOH

41D-421-

HOH

51D-443-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Ferritin heavy chain / Ferritin H subunit / Cell proliferation-inducing gene 15 protein


分子量: 21059.211 Da / 分子数: 4 / 変異: K86Q, C90E, C102A, C130A, K157C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FTH1, FTH, FTHL6, OK/SW-cl.84, PIG15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02794, ferroxidase
#2: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物
ChemComp-RFT / butyl 1-{[2-(2,5-dioxopyrrolidin-1-yl)ethyl]amino}-2-methyl-1-oxopropan-2-yl carbonotrithioate


分子量: 376.558 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C15H24N2O3S3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 695 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.57 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 5 uL reservoir + 5 uL of 25 uM 157C delta C-star Human H-chain Ferritin in 15 mM HEPES, pH 7.0 against reservoir of 500 uL 50 mM MES, pH 6.5, 6 mM calcium chloride; crystals soaked in 1 M ...詳細: 5 uL reservoir + 5 uL of 25 uM 157C delta C-star Human H-chain Ferritin in 15 mM HEPES, pH 7.0 against reservoir of 500 uL 50 mM MES, pH 6.5, 6 mM calcium chloride; crystals soaked in 1 M sodium acrylate, 50 mM calcium chloride, 25 mM MES, pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月24日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.22→97.27 Å / Num. obs: 46081 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 20.66 Å2 / CC1/2: 0.972 / Net I/σ(I): 4.4
反射 シェル解像度: 2.22→2.29 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 4179 / CC1/2: 0.571 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6B8F

6b8f


解像度: 2.22→97.27 Å / SU ML: 0.2767 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.0813
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2452 4643 10.21 %
Rwork0.1932 40828 -
obs0.1985 45471 98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 31.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.22→97.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5612 0 53 695 6360
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00355812
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.61337862
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039826
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00331052
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.8631782
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.22-2.250.48911140.52681189X-RAY DIFFRACTION85.5
2.25-2.270.66161370.55761163X-RAY DIFFRACTION85.02
2.27-2.30.48391420.45411243X-RAY DIFFRACTION90.94
2.3-2.330.31321240.25471380X-RAY DIFFRACTION98.69
2.33-2.360.26291330.21291398X-RAY DIFFRACTION98.84
2.36-2.390.28071350.19641374X-RAY DIFFRACTION99.54
2.39-2.430.26311540.20191376X-RAY DIFFRACTION99.8
2.43-2.460.32511790.21141335X-RAY DIFFRACTION99.87
2.46-2.50.27861700.19711375X-RAY DIFFRACTION99.55
2.5-2.540.27591610.19981365X-RAY DIFFRACTION99.48
2.54-2.590.23211470.19071374X-RAY DIFFRACTION99.8
2.59-2.630.2781540.19361374X-RAY DIFFRACTION99.74
2.63-2.680.29431540.19931372X-RAY DIFFRACTION99.09
2.68-2.740.26781540.20061360X-RAY DIFFRACTION98.44
2.74-2.80.26981530.20331372X-RAY DIFFRACTION99.35
2.8-2.860.28021680.19991362X-RAY DIFFRACTION99.22
2.86-2.930.22641460.18941386X-RAY DIFFRACTION99.67
2.93-3.010.26461330.18471398X-RAY DIFFRACTION99.35
3.01-3.10.25911460.18371386X-RAY DIFFRACTION99.8
3.1-3.20.24561680.17571362X-RAY DIFFRACTION99.67
3.2-3.320.2231710.17141382X-RAY DIFFRACTION99.81
3.32-3.450.22391810.17361338X-RAY DIFFRACTION98.96
3.45-3.610.22141760.15841378X-RAY DIFFRACTION98.67
3.61-3.80.21761580.17131355X-RAY DIFFRACTION98.25
3.8-4.030.1911600.14611379X-RAY DIFFRACTION98.91
4.03-4.350.16661530.12311401X-RAY DIFFRACTION99.81
4.35-4.780.17381730.12091381X-RAY DIFFRACTION98.92
4.78-5.470.16921600.14021388X-RAY DIFFRACTION98.47
5.48-6.90.19731650.17841412X-RAY DIFFRACTION99
6.9-97.270.21271740.18621470X-RAY DIFFRACTION97.86
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.000647947310.7455764029530.1894127694621.238055836170.0207322197283-0.03726355950770.0536113747207-0.2653340068350.02757390490370.271633864265-0.0590893284076-0.068541727359-0.00805031648562-0.0139089241856-0.0341325254940.2939634940430.0127577976437-0.02238642143190.270595403169-0.05389358164920.1697698523211.6647510324923.256179868846.4413565872
28.245207901763.9156867622-6.285950646992.12629229886-3.324276304354.92478801768-0.3724286849060.466575222278-0.3576735931930.137462710050.24904238978-0.2428811095790.248213511692-0.4056161782920.07969965226840.2992340993250.00105313699234-0.01635608207270.254338634958-0.07107394668430.1832742535852.3563111064319.411547617739.9540191494
31.08650011011-0.0552670855421-0.7330514603890.547583518047-0.2481813676920.669379480728-0.0115937924688-0.303200887509-0.05704487680410.2702594702612.7839053013E-5-0.1104602603250.02990145137690.001601653633730.007094853549440.3851842716310.00276232559318-0.03709634821250.393431320762-0.0413078962950.2049841822424.8805974941418.676865470150.6184409599
44.601517216922.69173826289-5.217705847413.92637877756-5.133429977887.6332226351-0.011358510272-0.04624867832360.3143076821040.2853517156960.1421131773250.0438522346402-0.0233955753912-0.200323970971-0.0670456305560.2782595388750.0281529369326-0.04196293476240.217500890767-0.0710943022910.16802513400522.825787902917.782282830738.766321993
51.64334271446-0.8318361550310.5121243392891.41327763814-0.3066039313370.51445060279-0.165390950063-0.08201533833160.4258735550210.1892717987260.071668827361-0.133850598438-0.1868019798210.01508310436840.09396766108940.229467410752-0.04439085734340.01607314190710.152829201505-0.03893779649820.40083101036420.536039810747.97490565165.56964634349
69.09345402039-6.354516817685.627797154464.19949386298-3.771657774053.239119782810.373491235667-0.53222248432-0.404168545463-0.2718170791420.160633606550.5642073519910.287804905045-0.273809969898-0.5297359223310.176049175526-0.0501800252421-0.002728278772010.209476226120.01822023422260.39339884527218.126078564640.2372351126.07424311888
71.02341760464-0.7587842024650.3615930907240.704017442699-0.3237881742130.489028694503-0.0641293691485-0.1440763437770.2171004214330.09251428737530.084715205064-0.0858428674792-0.1262918840010.0209580351732-0.0135382400770.222913598677-0.0458113735019-0.002041635458180.177564987617-0.05603939935810.40368806421318.625375149249.794319366712.1572976099
85.6528601104-6.86301162605-0.3340547505289.07754765289-0.1310169757781.493174234280.02918837226430.02283550026830.3813178230960.0734675216168-0.149457409038-0.196338422770.0493036038976-0.01031831146450.1338373111290.134514865171-0.05083253028540.01639220336890.180113156084-0.02362730922390.26266110392326.747703705832.930933723422.996403513
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'D' and (resid 5 through 48 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'D' and (resid 49 through 76 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'D' and (resid 77 through 137 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D' and (resid 138 through 176 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 4 through 48 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 49 through 76 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 77 through 137 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 138 through 176 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 4 through 13 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 14 through 48 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 49 through 76 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 77 through 137 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 138 through 176 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'A' and (resid 4 through 48 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'A' and (resid 49 through 76 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'A' and (resid 77 through 123 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'A' and (resid 124 through 137 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'A' and (resid 138 through 176 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る