PDB-6wy8: Tcur3481-Tcur3483 steroid ACAD

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6wy8

タイトル

Tcur3481-Tcur3483 steroid ACAD

要素

(Acyl-CoA dehydrogenase domain protein ...) x 2

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Steroid degradation / Acyl-CoA acyl dehydrogenase / flavin

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on the CH-CH group of donors / acyl-CoA dehydrogenase activity / flavin adenine dinucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermomonospora curvata (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Kimber, M.S. / Stirling, A.J. / Seah, S.Y.K.

資金援助

カナダ, 2件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2020
タイトル: A Key Glycine in Bacterial Steroid-Degrading Acyl-CoA Dehydrogenases Allows Flavin-Ring Repositioning and Modulates Substrate Side Chain Specificity.
著者: Stirling, A.J. / Gilbert, S.E. / Conner, M. / Mallette, E. / Kimber, M.S. / Seah, S.Y.K.

履歴

登録	2020年5月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年3月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6wy8.cif.gz	723.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6wy8.ent.gz	494.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6wy8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6wy8_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6wy8_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	6wy8_validation.xml.gz	63.2 KB	表示
CIF形式データ	6wy8_validation.cif.gz	93 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wy/6wy8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wy/6wy8	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6wy9C 4x28S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6wy9-1 3oib-2 3gfb-d 3swo-d 5zw2-1 4kto-d 5wti-d 3t3o-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Acyl-CoA dehydrogenase domain protein Tcur3481

B: Acyl-CoA dehydrogenase domain protein Tcur3483

C: Acyl-CoA dehydrogenase domain protein Tcur3481

D: Acyl-CoA dehydrogenase domain protein Tcur3483

ヘテロ分子

168 kDa, 4 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.620, 138.610, 147.030
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁
Space group name Hall	P22ab(z,x,y)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x,-y+1/2,z+1/2

-
Acyl-CoA dehydrogenase domain protein ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質	Acyl-CoA dehydrogenase domain protein Tcur3481 分子量: 38102.945 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermomonospora curvata (strain ATCC 19995 / DSM 43183 / JCM 3096 / NBRC 15933 / NCIMB 10081 / Henssen B9) (バクテリア) 株: ATCC 19995 / DSM 43183 / JCM 3096 / NBRC 15933 / NCIMB 10081 / Henssen B9 遺伝子: Tcur_3481 / プラスミド: pBTLT7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D1AB76
#2: タンパク質	Acyl-CoA dehydrogenase domain protein Tcur3483 分子量: 44364.227 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermomonospora curvata (strain ATCC 19995 / DSM 43183 / JCM 3096 / NBRC 15933 / NCIMB 10081 / Henssen B9) (バクテリア) 株: ATCC 19995 / DSM 43183 / JCM 3096 / NBRC 15933 / NCIMB 10081 / Henssen B9 遺伝子: Tcur_3483 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D1AB78

#1: タンパク質

Acyl-CoA dehydrogenase domain protein Tcur3481

分子量: 38102.945 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Thermomonospora curvata (strain ATCC 19995 / DSM 43183 / JCM 3096 / NBRC 15933 / NCIMB 10081 / Henssen B9) (バクテリア)
株: ATCC 19995 / DSM 43183 / JCM 3096 / NBRC 15933 / NCIMB 10081 / Henssen B9
遺伝子: Tcur_3481 / プラスミド: pBTLT7 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D1AB76

#2: タンパク質

Acyl-CoA dehydrogenase domain protein Tcur3483

分子量: 44364.227 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Thermomonospora curvata (strain ATCC 19995 / DSM 43183 / JCM 3096 / NBRC 15933 / NCIMB 10081 / Henssen B9) (バクテリア)
株: ATCC 19995 / DSM 43183 / JCM 3096 / NBRC 15933 / NCIMB 10081 / Henssen B9
遺伝子: Tcur_3483 / プラスミド: pET28a / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D1AB78

-
非ポリマー , 6種, 1015分子

#3: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#4: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1002 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.03 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 30% (w/v) PEG 5000 MME, and 0.1 M MES

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年8月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→48.52 Å / Num. obs: 91651 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.7 % / B_iso Wilson estimate: 24.69 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_rim(I) all: 0.148 / R_sym value: 0.135 / Net I/σ(I): 11.83
反射シェル	解像度: 2.1→2.15 Å / 冗長度: 5.8 % / Num. unique obs: 6694 / CC_1/2: 0.833 / R_sym value: 0.872 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4X28

4x28

解像度: 2.1→48.52 Å / SU ML: 0.1976 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.8793

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1933	4582	5 %
R_work	0.1496	87025	-
obs	0.1518	91607	99.59 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.63 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→48.52 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11242	0	174	1002	12418

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0113	11830
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0558	16144
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0606	1809
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	2096
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.8626	9333

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.12	0.2751	151	0.2182	2873	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.12-2.15	0.275	151	0.1954	2859	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.15-2.18	0.2471	150	0.1916	2861	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.18-2.2	0.2389	153	0.185	2893	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.2-2.23	0.2495	150	0.1716	2855	X-RAY DIFFRACTION	99.87
2.23-2.26	0.2465	153	0.1759	2906	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.26-2.29	0.2285	150	0.1652	2855	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.29-2.33	0.2569	152	0.1672	2892	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.33-2.37	0.2274	150	0.1601	2849	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.37-2.4	0.2045	154	0.1629	2925	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.4-2.45	0.2347	151	0.1635	2866	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.45-2.49	0.2145	152	0.1661	2884	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.49-2.54	0.2253	152	0.1629	2890	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.54-2.59	0.2198	153	0.1595	2900	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.59-2.65	0.2115	152	0.1495	2892	X-RAY DIFFRACTION	99.87
2.65-2.71	0.1805	151	0.1476	2869	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.71-2.77	0.2039	154	0.1494	2910	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.77-2.85	0.2265	152	0.1584	2901	X-RAY DIFFRACTION	99.87
2.85-2.93	0.2036	153	0.1586	2902	X-RAY DIFFRACTION	99.84
2.93-3.03	0.2078	152	0.1565	2889	X-RAY DIFFRACTION	99.8
3.03-3.14	0.2163	154	0.1491	2922	X-RAY DIFFRACTION	99.77
3.14-3.26	0.1754	152	0.1516	2890	X-RAY DIFFRACTION	99.51
3.26-3.41	0.199	152	0.1493	2890	X-RAY DIFFRACTION	99.35
3.41-3.59	0.1672	155	0.1415	2931	X-RAY DIFFRACTION	99.64
3.59-3.82	0.1649	153	0.1235	2908	X-RAY DIFFRACTION	99.29
3.82-4.11	0.1515	153	0.1172	2915	X-RAY DIFFRACTION	99.22
4.11-4.52	0.135	155	0.1171	2950	X-RAY DIFFRACTION	99.23
4.52-5.18	0.1576	155	0.1249	2942	X-RAY DIFFRACTION	98.6
5.18-6.52	0.1945	155	0.1638	2956	X-RAY DIFFRACTION	98.42
6.52-48.52	0.1696	162	0.1538	3050	X-RAY DIFFRACTION	96.89

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.03143172058	1.30558848019	3.13025720376	3.05240436534	1.35449132436	6.03379669644	0.33604811347	0.133226368947	-1.4873223134	-0.149143631862	0.0135080762221	-0.063131854788	0.153714040105	-0.427574334616	-0.286068992685	0.253210663991	0.0222589169538	0.00354980043627	0.257264884504	-0.0805326338959	0.394508343812	-20.0919432913	9.71966104609	23.3338318934
2	3.10249879213	0.457951616112	1.62668532986	2.71112280544	1.8328914156	5.95571701027	-0.0647861814756	0.142733564721	-0.128233755716	-0.114529964769	0.144511388047	-0.14057493413	0.0719475097485	0.270934443134	-0.0903735781452	0.164034076511	0.0214903387598	0.0150321600603	0.113078495489	-0.0358932764688	0.288512962253	-10.4749175969	18.8971383584	24.0222754124
3	0.965063386098	-0.995066494901	0.220269159598	2.25962137425	-0.6983459773	0.927994886319	-0.0290438948223	0.211845449709	0.0939271476862	-0.258976463762	0.0316234611789	-0.172835385663	-0.0744267696359	0.050101365979	-0.0578327129643	0.232282751014	-0.0355347337299	0.0453719984506	0.242819719373	-0.052931661774	0.292190710282	-13.5798626947	30.4430473024	15.0020095587
4	2.24130563688	-0.316688815253	0.508407545928	2.06420204584	-2.21003709431	5.49846158235	-0.0202222043942	0.379931429682	-0.10169589307	-0.231766798832	0.0118695159844	-0.17281765227	-0.0407029699593	0.114973820404	-0.00728873374847	0.223436339342	-0.0414760805627	0.0817602074484	0.217431478767	-0.0663736551063	0.235984931686	-10.1177294287	40.9104668412	14.7820887169
5	0.578000398795	0.156430049232	-0.292466931407	0.567485389903	-0.552056523818	2.05301751435	0.0137489198392	0.00974920339128	-0.0833984572285	-0.0379631607077	0.0853611095072	-0.0205380291818	0.0740361927111	-0.00436739667324	-0.0718674331167	0.154623041311	0.0233070289833	0.00984890625651	0.181416053586	-0.0405203389765	0.229433877234	-19.9519462635	25.7281085422	31.7891431677
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27	1.96165901373	1.32146915459	0.677999394317	6.22962953626	1.13828226098	1.84682835054	0.139566911667	-0.383126107562	-0.0344224323309	0.412300274763	-0.217889531344	-0.0417636186624	0.0825388469136	-0.0430024175795	0.0749332804618	0.186820307575	-0.0184697162161	-0.00541581202352	0.304982776539	0.0228877227315	0.171433712966	-11.3591836717	33.997819927	72.0572483038
28	3.00864495004	1.13949266486	-0.516085338144	3.41997286061	-1.22173720929	2.9059529592	0.174653279814	-0.230896035236	-0.322865631089	0.214913097015	-0.0577407127503	-0.0124794467769	0.162855417628	-0.129685238827	-0.115643643016	0.205129670007	-0.0314184607368	-0.0378987329125	0.212616942018	0.0220812692399	0.208685941089	-9.84560334246	22.7800553341	71.0188997661
29	1.62629384703	-0.53154649984	-0.284554345751	1.50054874289	-1.04777635049	4.94393782811	0.0216421339583	-0.299499587579	-0.0929658250673	0.159697730609	0.0689744591872	0.0663333508351	0.133293313279	-0.105356339525	-0.0128617545468	0.213664285346	-0.0413613015905	-0.046306837476	0.224361980172	-0.00465773864844	0.226403317248	-11.4996160373	24.6158662772	70.6069160093
30	1.15751953923	0.290577437753	-0.132437508744	1.60492576653	-1.90525811585	2.61097120879	0.0128502480199	-0.0958595668157	-0.0355660851732	0.0231614430361	-0.0853199799738	-0.0459015390041	0.00953684147473	0.189591533163	0.0377043838599	0.254842117523	-0.00362335920003	0.0351321027375	0.201009547295	-0.061450001211	0.301211865676	-24.6951132926	47.7467015157	45.6185188365
31	1.08465502392	0.281681389142	-0.250916869939	0.802227035071	-1.08159957822	8.12813344747	-0.032208558873	-0.104462451215	0.0619900706102	0.0813285024201	-0.0111295093377	-0.0487942341977	-0.0148685824048	-0.324463621865	0.035185508619	0.158115642264	0.0161754234024	0.0115204133356	0.186116201482	-0.0253239234252	0.238627214188	-33.3578360085	45.8735270001	49.3232168128
32	2.07638950466	0.894897484727	-1.48173229876	1.10170763083	-0.557782011665	2.21956906151	0.022158794733	-0.140294835828	-0.113457769948	0.115485197555	-0.0465653628757	-0.117901224541	-0.101501219341	0.0793529616098	-0.0216255546728	0.15525760264	0.0107017166661	-0.0237301294233	0.142383513281	-0.0239671757147	0.201401893418	-23.2370479837	38.2300398925	47.3757335607
33	8.13411402317	2.65238304527	-6.3100397265	5.69931642916	1.44648331226	7.49504424721	0.120184980737	-0.421076213815	-0.324552985858	0.277844301005	-0.175501062337	-0.146212941723	0.285631663855	-0.0495705495954	0.130140995826	0.280785981991	0.0299473559475	-0.0334226729145	0.297851753487	0.0407540329344	0.210015761755	-38.0428964553	26.0516536513	61.2207861472

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 23 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 24 through 81 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 82 through 136 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 137 through 191 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 192 through 259 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 260 through 294 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 295 through 342 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 343 through 363 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 1 through 82 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 83 through 172 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 173 through 238 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 239 through 271 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 272 through 301 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 302 through 366 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 367 through 384 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 1 through 23 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 24 through 81 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 82 through 136 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 137 through 191 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 192 through 259 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 260 through 294 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 295 through 342 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 343 through 364 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 1 through 23 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 24 through 82 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 83 through 104 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 105 through 134 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 135 through 172 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 173 through 238 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 239 through 271 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resid 272 through 300 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'D' and (resid 301 through 366 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'D' and (resid 367 through 384 )

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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