PDB-6wxq: Crystal structure of CRISPR-associated transcription factor Csa3 ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6wxq

タイトル

Crystal structure of CRISPR-associated transcription factor Csa3 complexed with cA4

要素

CRISPR-associated transcription factor Csa3 (Type I-A)
cyclic tetraadenylate

キーワード

TRANSCRIPTION / CARF domain / wHTH / ring nuclease / second messenger

機能・相同性

機能・相同性情報

Rossmann fold - #11700 / CRISPR locus-related putative DNA-binding protein Csa3 / Csa3 CRISPR-associated Rossmann-like domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Saccharolobus solfataricus (古細菌)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Xia, P. / Dutta, A. / Parashar, V.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: Structural basis of cyclic oligoadenylate binding to the transcription factor Csa3 outlines cross talk between type III and type I CRISPR systems.
著者: Xia, P. / Dutta, A. / Gupta, K. / Batish, M. / Parashar, V.

履歴

登録	2020年5月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年11月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年3月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	6wxq_full_validation.pdf.gz	475.5 KB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wx/6wxq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wx/6wxq	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2wteS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6w11-d 2wte-d 1dcp-1 5wkl-1 5rgw-1 2fmy-2 7adw-1 5zqg-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: CRISPR-associated transcription factor Csa3 (Type I-A)

A: CRISPR-associated transcription factor Csa3 (Type I-A)

E: cyclic tetraadenylate

ヘテロ分子

57.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.793, 118.830, 64.046
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-439- HOH

#1: タンパク質	CRISPR-associated transcription factor Csa3 (Type I-A) / Csa3 分子量: 28148.857 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharolobus solfataricus (古細菌) 遺伝子: SSOP1_1568 / プラスミド: pBB75 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: A0A157T189
#2: RNA鎖	cyclic tetraadenylate 分子量: 1271.866 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 284 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.34 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8 詳細: 0.1 M potassium sulfate, 0.1 M sodium potassium phosphate, pH 5.8, 16% PEG3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 93.15 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS-II

/ ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.92009 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月17日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.92009 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 36695 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8 % / R_merge(I) obs: 0.092 / R_pim(I) all: 0.034 / R_rim(I) all: 0.098 / Χ²: 1.017 / Net I/σ(I): 9.5 / Num. measured all: 293709

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.05-2.09	7.4	0.371	1810	0.924	0.144	0.399	1.023	99.9
2.09-2.12	7.5	0.328	1786	0.94	0.127	0.353	1.03	100
2.12-2.16	7.4	0.288	1787	0.955	0.112	0.309	1.043	100
2.16-2.21	7.2	0.284	1852	0.947	0.111	0.306	1.054	99.9
2.21-2.26	6.9	0.258	1780	0.953	0.105	0.279	1.047	99.9
2.26-2.31	7.1	0.229	1807	0.965	0.091	0.247	1.03	100
2.31-2.37	7.8	0.208	1800	0.975	0.078	0.223	1.01	100
2.37-2.43	7.5	0.187	1833	0.981	0.072	0.2	1.007	99.9
2.43-2.5	7.6	0.172	1810	0.982	0.066	0.185	1.021	100
2.5-2.58	8.5	0.163	1820	0.985	0.059	0.173	1.007	99.9
2.58-2.68	8.5	0.146	1823	0.987	0.053	0.155	1.025	100
2.68-2.78	8.6	0.135	1818	0.991	0.048	0.143	0.985	100
2.78-2.91	8.6	0.12	1836	0.992	0.043	0.128	0.985	99.9
2.91-3.06	8.7	0.105	1827	0.994	0.037	0.111	1.029	100
3.06-3.25	8.6	0.094	1832	0.995	0.034	0.1	1.05	100
3.25-3.51	8.6	0.081	1841	0.995	0.029	0.087	0.999	100
3.51-3.86	8.3	0.075	1850	0.996	0.027	0.08	1.029	100
3.86-4.42	7.6	0.062	1882	0.997	0.024	0.066	1.034	100
4.42-5.56	8.5	0.056	1884	0.998	0.02	0.06	1.006	100
5.56-50	9.1	0.045	2017	0.999	0.016	0.048	0.961	99.8

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	4.86 Å	39.61 Å
Translation	4.86 Å	39.61 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1-3660	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2WTE

2wte

解像度: 2.05→37.64 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 18.25 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2052	1827	5 %
R_work	0.16	34699	-
obs	0.1622	36526	99.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 85 Å² / B_iso mean: 30.8537 Å² / B_iso min: 9.65 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.05→37.64 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3315	0	112	284	3711
B_iso mean	-	-	27.47	36.45	-
残基数	-	-	-	-	419

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.05-2.11	0.2206	136	0.1731	2594	2730	99
2.11-2.17	0.2113	139	0.1634	2629	2768	100
2.17-2.24	0.2204	140	0.1605	2653	2793	100
2.24-2.32	0.1914	137	0.1584	2614	2751	100
2.32-2.41	0.1873	139	0.1517	2643	2782	100
2.41-2.52	0.2157	139	0.1679	2635	2774	100
2.52-2.65	0.2083	141	0.1703	2677	2818	100
2.65-2.82	0.2323	138	0.1775	2634	2772	100
2.82-3.04	0.2229	140	0.1803	2661	2801	100
3.04-3.34	0.2249	141	0.1708	2680	2821	100
3.34-3.82	0.1972	143	0.1611	2696	2839	100
3.82-4.82	0.1833	142	0.127	2722	2864	100
4.82-37.64	0.1973	152	0.1621	2861	3013	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.339	0.7431	-0.7846	1.7642	-0.2976	3.3609	-0.0415	-0.0775	-0.5561	0.0042	0.0001	-0.1864	0.1157	0.0711	0.0365	0.1895	-0.0059	-0.0162	0.1082	0.0115	0.3058	-21.679	13.556	-25.156
2	1.4742	-0.2277	0.5666	1.9734	0.5891	0.7145	0.042	-0.2012	-0.7611	0.096	-0.0716	0.0466	0.241	-0.1143	0.0402	0.2904	-0.0424	-0.0481	0.1141	0.0871	0.4623	-28.327	6.207	-20.335
3	2.3324	-0.7958	0.2424	4.6006	0.6895	2.9254	-0.1572	-0.5124	-0.6523	0.1931	0.0873	-0.0423	0.4559	0.276	0.0271	0.2203	-0.0532	-0.0369	0.2149	0.0712	0.3484	-25.679	10.952	-14.851
4	5.8241	-3.2956	-2.1428	4.5924	1.4178	4.1767	-0.2089	-1.0214	-0.005	0.5454	0.1602	-0.0402	0.3982	0.038	0.0408	0.2774	-0.0596	-0.0541	0.4054	0.0426	0.1467	-26.302	21.276	-6.505
5	2.5808	-0.1441	0.55	1.4645	0.2579	0.9097	-0.0416	-0.3599	-0.2643	0.1769	0.0411	0.0166	-0.0923	-0.0818	-0.0101	0.1683	-0.0261	-0.0103	0.1529	0.0389	0.1062	-26.161	22.265	-17.523
6	3.8151	0.7943	1.5324	2.1777	0.4861	3.8024	0.0403	0.0654	-0.0179	-0.0027	-0.0527	-0.0813	-0.0975	0.1108	0.022	0.1151	-0.0077	0.0018	0.1183	-0.001	0.1547	-24.337	24.605	-25.478
7	2.5067	1.4268	1.251	5.1711	1.6284	2.0515	0.058	-0.1869	0.0374	0.1917	-0.0608	-0.2269	-0.3101	0.1327	0.0535	0.1655	-0.0244	-0.0096	0.1611	-0.0048	0.1213	-20.004	33.269	-22.433
8	3.2803	-0.0792	-0.3162	2.8882	-0.9887	4.7278	0.2069	-0.4628	0.4986	0.8147	-0.1515	-0.0582	-0.2231	0.0109	-0.0632	0.3406	-0.059	-0.0079	0.1805	-0.0652	0.2603	-15.386	51.409	-23.42
9	5.46	4.3173	1.6614	4.413	2.1249	2.9189	0.1377	-0.1651	0.9039	0.0665	-0.2861	-0.1874	-0.1573	0.0741	0.0693	0.246	-0.022	0.0172	0.159	0.031	0.4706	-7.785	56.784	-31.462
10	3.3964	1.9316	0.3428	5.7688	0.25	1.6225	0.0799	-0.0544	0.4135	0.1127	0.0337	-0.6322	-0.2006	0.3274	-0.083	0.1922	-0.0209	-0.0027	0.236	-0.0145	0.2764	-4.31	46.196	-26.636
11	5.0331	1.3045	-1.0147	3.1018	-2.2402	2.335	0.1408	0.3407	0.1501	-0.1424	-0.1562	-0.2198	-0.2365	-0.1338	-0.004	0.1905	-0.0161	-0.0029	0.116	0.0122	0.1623	-15.636	45.425	-31.641
12	3.3162	-0.3874	0.8452	0.7811	0.2589	1.3569	-0.0768	-0.1484	0.2629	0.0935	-0.0401	0.1242	-0.098	-0.1113	0.0951	0.1631	-0.0032	-0.0019	0.1326	-0.0203	0.1813	-47.651	35.338	-26.646
13	3.0769	-0.1211	-0.3884	1.714	0.6558	2.5057	0.0548	-0.2889	0.1604	0.1572	-0.1037	0.0961	-0.0028	-0.0796	0.0252	0.1332	-0.0068	0.0069	0.1744	-0.0217	0.1041	-35.598	34.477	-20.546
14	0.5561	0.0574	1.7326	0.6749	0.8088	5.5884	0.086	-0.1036	0.0752	0.2692	0.0355	-0.2008	-0.1831	-0.1091	-0.1186	0.3763	-0.0258	-0.0287	0.3885	-0.0251	0.2329	-25.832	34.969	5.86

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN B AND RESID 1:28 )	B	1 - 28
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN B AND RESID 29:55 )	B	29 - 55
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN B AND RESID 56:70 )	B	56 - 70
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN B AND RESID 71:84 )	B	71 - 84
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN B AND RESID 85:110 )	B	85 - 110
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND RESID 111:127 )	B	111 - 127
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 128:140 )	B	128 - 140
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 141:157 )	B	141 - 157
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN B AND RESID 158:172 )	B	158 - 172
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN B AND RESID 173:186 )	B	173 - 186
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN B AND RESID 187:211 )	B	187 - 211
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN A AND RESID 1:70 )	A	1 - 70
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN A AND RESID 71:127 )	A	71 - 127
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN A AND RESID 128:212 )	A	128 - 212

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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